一、肝硬化患者发生的肝细胞癌差异表达基因文库的构建及初步筛选（论文文献综述）
张景媛[1]（2021）在《基于生物信息学的茵陈蒿汤和茵栀黄颗粒抑制肝脏炎癌转化机制研究》文中研究说明研究背景病毒性肝炎的慢性感染可能会进一步导致肝硬化、肝癌的发生。在临床疾病的诊疗过程中,慢性乙（丙）型肝炎——肝硬化——肝细胞癌是常见的疾病发展转化规律。这种疾病发展转化规律可视为典型的“炎癌转化”过程。茵陈蒿汤出自东汉张仲景所着的《伤寒论》,由茵陈、栀子、大黄组成,是中医治疗湿热黄疸的主方。茵栀黄颗粒是以茵陈蒿汤为基础方,经组方加减制成的现代药物剂型。该组方由茵陈、栀子、黄芩和金银花4味中药提取物所组成,具有清热解毒、利湿退黄的功效。现代药理学研究结果表明茵陈蒿汤对肝胆具有显着的保护作用,还具有抑制肝纤维化和抗肿瘤的作用。由于中药组方成分复杂,茵陈蒿汤和茵栀黄颗粒具体的作用机制难以阐释清楚。从网络的角度分析茵陈蒿汤作用的多成分、多靶点、多通路的协同作用,有助于为进一步开展茵陈蒿汤的基础实验研究以及对茵栀黄颗粒应用范围拓展提供合理的参考和借鉴。由此可见,应用整合生物信息学方法研究乙（丙）型肝炎导致的肝脏炎癌转化关键基因和作用机制,以及茵陈蒿汤和茵栀黄颗粒抑制乙（丙）型肝炎导致的肝脏炎癌转化机制具有重要学术意义及临床价值。研究目的本研究应用生物信息学分析方法,旨在分析乙（丙）型肝炎导致的肝脏炎癌转化关键基因和作用机制。从网络的角度全面地分析茵陈蒿汤抑制乙（丙）型肝炎导致的肝脏炎癌转化多成分、多靶点、多通路的协同作用,希冀为进一步开展茵陈蒿汤的基础实验研究提供参考和借鉴。此外,本研究基于生物信息学的方法,希冀为茵栀黄颗粒抑制乙（丙）型肝炎导致的肝脏炎癌转化作用机制进行预测,为进一步拓展药物的应用范围提供参考和借鉴。研究方法1.生物信息学分析在GEO数据库中获取符合筛选要求的基因芯片数据集,使用limma包对筛选的基因芯片数据集进行差异表达分析,得到差异表达基因相关数据。使用STRING数据库对差异表达基因进行蛋白互作分析,得到相关联的蛋白信息,在Cytoscape软件中构建蛋白互作网络。Cytoscape软件中的MCODE插件可以在庞大的基因网络中进行聚类构建功能模块。对关键的差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,获取差异基因在多个层面中的功能注释。此外,使用KM plotter、GEPIA等数据网站对分析得到的关键差异表达基因进行生存分析、表达水平分析、关联性分析等。2.网络药理学和分子对接分析通过检索数据库收集有关茵陈蒿汤和茵栀黄颗粒相关化学成分的研究文献,将茵陈蒿汤和茵栀黄颗粒的化学成分导入PubChem数据库,获得中药化学成分简化分子线性输入规范信息（SMILES）,将其导入SuperPred、SwissTargetPrediction等数据库中获取化合物的已知或预测靶点。将以上数据在Cytoscape中进行Merge合并,获得茵陈蒿汤和茵栀黄颗粒抑制乙（丙）型肝炎导致的肝脏炎癌转化潜在靶点。将潜在靶点在STRING数据库中进一步分析,获取潜在靶点的蛋白质相互作用关系,构建蛋白质相互作用网络。MCODE、CytoHubba等插件可以用于对潜在靶点的蛋白互作网络进行模块分析。此外,使用DAVID数据库对关键的潜在靶点进行GO和KEGG富集分析。使用Autodock软件对关键的潜在靶点进行分子对接验证。从PubChem数据库下载小分子药物的化学结构,转变为mo12格式文件,添加电荷后,保存为pdbqt文件。在PDB数据库中进行蛋白构象筛选并下载pdb格式的文件,删除水分子,分离原配体小分子等,并进行加氢、加电荷等操作。之后确定活性口袋的位置。PDB数据库里包括实验确定的生物大分子（蛋白质,DNA,RNA）的原子级三维结构。Autodock Vina被应用于对配体和受体进行对接运算。根据在Autodock软件操作中确定的Grid Box坐标与盒子大小进行分析运算,根据结合自由能对成分进行筛选排序。最后,在Pymol软件中对对接得到的受体——配体复合物进行可视化分析。研究结果1.生物信息学分析结果在乙型肝炎炎癌转化作用机制的研究中,通过基因表达谱GEO数据集和TCGA数据的综合分析,筛选得到了乙型肝炎炎癌转化的22个重叠差异表达基因。对22个重叠的差异基因进行GO和KEGG富集分析。GO条目显示重叠差异基因富集在细胞分裂、有丝分裂姐妹染色单体分离和细胞核条目上。KEGG通路富集结果显示,重叠的差异基因主要富集在卵母细胞减数分裂通路和细胞周期通路。该研究鉴定了 5个关键基因（CDK1,MAD2L1,CCNA2,PTTG1,NEK2）。此外,构建了由 PTTG1、MAD2L1、RRM2、TPX2、CDK1、NEK2、DEPDC1和ZWINT组成的预后基因标记,它们在预测总生存期方面表现良好。在丙型肝炎炎癌转化作用机制的研究中,通过基因表达谱GEO数据集筛选出1个丙型肝炎相关肝硬化和丙型肝炎相关肝细胞癌基因表达谱芯片数据集。整合分析发现6个与肝细胞癌发病机制及预后密切相关的关键基因:CCNA2、CCNB1、CCNB2、CDC20、CDK1、TOP2A。6个关键基因与肝细胞癌患者生存时间呈负相关,核心基因之间的表达水平呈正相关。关键模块中差异基因的GO条目显示,在生物过程中主要富集在染色体分离等条目上,在分子功能中主要富集在细胞周期蛋白依赖性激酶活性等条目上,在细胞成分上主要富集在纺锤体等条目上。KEGG通路结果显示,差异基因主要富集在细胞周期、孕酮介导的卵母细胞成熟、卵母细胞减数分裂、细胞衰老等通路上。2.网络药理学和分子对接分析结果在茵陈蒿汤抑制乙（丙）型肝炎导致的肝脏炎癌转化机制研究中,通过TCMSP检索得到茵陈蒿汤中44个有效成分。将有效成分对应的SMILES值导入Superpred和SwissTargetPrediction数据库中预测得到510个靶点。使用Cytoscape进行网络构建,结果发现茵陈蒿汤在抑制乙型肝炎和丙型肝炎的过程中,存在共同靶点MMP2。茵陈蒿汤在干预乙型肝炎及其炎癌转化过程中,CDK1和TOP2A可能发挥了重要的作用。在茵陈蒿汤抑制乙型肝炎炎癌转化和丙型肝炎肝硬化转化至肝细胞癌的过程中,AURKA、CCNB2、CCNB1、CDK1、TOP2A可能都发挥了重要的作用。KEGG通路富集显示,模块1、2和4关键基因主要富集在了孕酮介导的卵母细胞成熟通路、卵母细胞减数分裂通路、p53信号通路等上。而模块3的关键基因富集在JAK-STAT信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂抗性通路、丙型肝炎通路等上。这可能与模块3的数据来源为疾病数据库有关,说明我们的研究在数据来源上还存在一定的局限性。在茵栀黄颗粒治疗乙型肝炎机制研究中,茵栀黄颗粒的化合物从中国知网和PubMed数据库中获得,通过搜索Superpred、SwissTargetPrediction数据库预测化合物对应的靶点。乙型肝炎病毒的靶点数据来自TTD、PharmGKB和DisGeNET数据库。对上述数据使用Cytoscape 3.7.1进行可视化分析。生物网络确定了 13个潜在靶点。分子对接验证结果表明,CDK6、CDK2、TP53和BRCA1可能与乙肝治疗密切相关。此外,GO和KEGG分析表明,茵栀黄颗粒治疗乙型肝炎可能与转录的正调节、基因表达的正调节、乙型肝炎通路和病毒致癌通路有关。在茵栀黄颗粒抑制乙（丙）型肝炎导致的肝脏炎癌转化机制研究中,首先在中国知网和PubMed中搜索茵栀黄颗粒的成分,然后通过搜索Superpred、SwissTargetPrediction数据库预测化合物及其对应的靶点。乙（丙）型肝炎导致的肝脏炎癌转化的差异基因从TTD、PharmGKB及GEO数据库中获得。使用Cytoscape构建化合物——预测靶点网路和关键模块网络。研究结果发现茵栀黄颗粒在治疗乙型肝炎和丙型肝炎中存在共同的靶点MMP2;茵栀黄颗粒抑制乙型肝炎及其炎癌转化以及丙型肝炎肝硬化转化至肝细胞癌过程中,CDK1和TOP2A可能发挥了重要的作用。KEGG通路富集显示,模块1、2和4关键基因主要富集在了孕酮介导的卵母细胞成熟通路和卵母细胞减数分裂通路上。研究结论本研究综合运用网络药理学和生物信息学方法,在系统层面揭示了茵陈蒿汤和茵栀黄颗粒抑制乙（丙）型肝炎导致的肝脏炎癌转化的化学成分、作用靶点和信号通路。初步阐释了茵陈蒿汤和茵栀黄颗粒抑制乙（丙）型肝炎导致的肝脏炎癌转化作用机制可能与协同调控多个关键靶点和通路有关。本研究可为中药治疗肝脏炎癌转化的作用机制研究提供线索和思路,为进一步开展茵陈蒿汤和茵栀黄颗粒抑制肝脏炎癌转化基础实验研究以及促进茵陈蒿汤和茵栀黄颗粒在临床的合理应用提供参考和借鉴。
郑超然[2]（2021）在《Sigma1R对大鼠脊髓运动神经元的功能影响及肝细胞癌中SNHG1基因调控网络的研究》文中研究说明肌萎缩性脊髓侧索硬化症（Amyotrophiclateral sclerosis,ALS）,是一种影响脊髓和大脑运动神经元（Motorneuron,MN）的神经退行性疾病。其特征是在疾病过程中患者上（UMN）、下（LMN）运动神经元发生退行性变性,可导致多个脑区（包括大脑皮层运动区、脑干和脊髓部分）中的运动神经元丧失功能,进而影响肌力、呼吸、吞咽等功能,最终致使患者瘫痪以及死亡。ALS引起的神经元功能障碍导致的突触传递异常,神经元兴奋-抑制平衡失衡对于神经元影响深远,因此,了解在ALS病程中脊髓运动神经元是如何受到影响,能否通过其他途径来弥补以改变疾病的病程,能为推进疾病治疗方法的进步提供思路。Sigma1R是一种较小的（仅28 KDa）、高度保守的跨膜蛋白,位于运动神经元突触后C-终末的下池（Subsurfacecisternae）,通常特异性地在线粒体相关膜（MAM）区域的内质网膜上富集。在动物体内,Sigma1R选择性高表达于神经系统,尤其是脊髓的运动神经元中。研究显示Sigma1R的缺失突变可导致一种被称为ALS16的神经退行性疾病或者其它类似的运动神经元缺陷。此外,即使在非Sigma1R突变的病例中,Sigma1R也被发现参与ALS的发病。我们认为,Sigma1R在神经系统中可能参与介导神经发生等一系列过程的调节,并广泛参与疾病病程中的各种细胞过程。我们的前期实验已经验证Sigma1R敲除的大鼠表现出神经损伤相关的表型,随后我们分离大鼠背部的脊髓,采用RNA-seq技术进行对照组（野生型组）和基因敲除组（Sigma1RKnockout组）的转录组学研究。最终得到在Sigma1R-/-中上调的基因为551个,下调的基因为674个。通过Sigma1R敲除后上调基因的KEGG功能富集分析我们发现HVP感染过程和PI3K-Akt信号通路相关基因功能的富集。通过Sigma1敲除后分析下调基因的KEGG功能富集发现钙信号通路和γ-氨基丁酸等相关功能的富集。通过Sigma1R敲除后上调基因的GO功能富集分析我们发现,神经元鞘和轴突鞘相关功能的富集。通过Sigma1R敲除后下调基因的GO功能富集分析可以检测到大量神经递质和突触相关功能的富集。在对Sigma1R敲除对大鼠脊髓运动神经元的影响进行研究的过程中,我们以脊髓腹角运动神经元的数量作为体现相应的脊髓目标脑区的功能受损程度的重要指标。尼氏染色结果显示,在敲除Sigma1R基因后,大鼠脊髓运动神经元在六月龄时就已经存在数量减少,细胞体积萎缩的现象,该现象会随着年龄的增加而愈趋严重,在一年龄时神经元的数量显着降低,神经元的胞体体积也显着降低,提示敲除Sigma1R基因后,大鼠脊髓运动神经元会发生进行性的退行,这种现象可能是Sigma1R基因参与神经退行性疾病的病理生理过程的重要证据之一。通过对突触囊泡糖蛋白（SV2B）的标记显示,在敲除Sigma1R基因后,大鼠脊髓运动神经元胞体上的兴奋性突触连接数量显着减少,其原因可能与神经元的数量整体减少有关;同时神经元的突触发生和损伤修复功能的弱化也有可能导致神经元突触末梢的发育和维持发生障碍,从而无法将兴奋性突触的数量维持在原本的水平。随后我们使用透射电镜方法对脊髓运动神经元突触的超微结构进行了观察,结果显示,在敲除Sigma1R基因后,大鼠脊髓运动神经元突触中突触前活性带的长度没有显着变化,突触间隙变宽,突触后致密区显着增厚,提示Sigma1R敲除对神经元突触前释放递质的能力影响不大,但会使突触可塑性降低。电生理技术是研究神经元生理学活动的直接手段。通过对急性分离脊髓脑片进行膜片钳记录,我们得出以下结论,Sigma1R敲除大鼠和野生型大鼠相比:（1）脊髓腹角运动神经元的兴奋性明显增高,静息膜电位明显降低,膜电阻无显着变化,被给予电流刺激之后所产生的动作电位的最大幅度明显增高。（2）动作电位的幅度略小,峰型更宽,复极化所需要的时间更长,并且后超极化电位更小,指示钾离子流出过程的减慢。（3）激发动作电位的频率普遍更高,指示Sigma1R敲除能使神经元更易兴奋,且兴奋水平更高。（4）PSC频率显着更高,说明在正常生理条件下其囊泡释放的数量更多,提示更频繁的突触前活动;而PSC的幅度在两者间没有显着差异,说明两者在正常生理条件下突触后受体水平方面差别不大。（5）mEPSC频率略高于野生型,说明在没有动作电位的作用下其囊泡释放的数量更多,提示更频繁的突触前活动;mEPSC幅度显着升高,说明缺失Sigma1R基因的神经元的兴奋性突触后受体水平和反应能力的升高;电流峰面积更大,说明突触后对信号接受能力更强。在上述研究之外,我们对肝细胞性肝癌（HCC）患者的GDC数据进行了整理和挖掘,寻找其中关键的lncRNA-miRNA-mRNA网络和竞争性内源RNA（ceRNA）。我们发现SNHG1在HCC患者中过表达。SNHG1的上调与几种主要生物学功能的富集有关,包括细胞增殖,转录和蛋白质结合。小核仁RNA宿主基因1（SNHG1）,E2F8（E2F转录因子8）,FANCE（FA互补组E）和LMNB2（编码lamin B2）的表达趋势相似。在与SNHG1相关的网络中,SNHG1（对数秩p值=0.0643）,E2F8（对数秩p值=0.000048）,FANCE（对数秩p值=0.00125）和LMNB2（对数秩p）的高表达水平值=0.0392)与低生存率显着相关。单细胞分析表明,E2F8可能参与肿瘤发生或癌症发展。
胡博[3]（2021）在《长链非编码RNA CYTOR通过调节miR-125b-5p/KIAA1522轴影响肝细胞癌增殖、凋亡和细胞周期的机制研究》文中指出背景:肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）是一种原发性肝脏恶性肿瘤,在世界范围内发病率高、治疗效果欠佳。随着靶向治疗药物如索拉非尼、伦伐替尼,以及免疫治疗药物如免疫检查点抑制剂的出现,其预后得到一定的改善,但5年生存率仍旧不高。竞争性内源性RNA（competing endogenous RNA,ceRNA）揭示了RNA间相互作用的新机制,即以长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）为主的非编码RNA通过竞争性共享微小RNA（microRNA,miRNA）来调节mRNA（messenger RNA,信使RNA）的表达,这种调节机制在癌症的发病机理中扮演了重要的角色。但是,ceRNA在HCC中的功能作用及调节机制仍未被完全解释,新的ceRNA调控轴亟待探究。lncRNA CYTOR是一种已被证实在多种肿瘤中发挥促进细胞增殖、迁移等作用的非编码基因,并可作为多种miRNA的内源性海绵。然而,lncRNACYTOR作为ceRNA在HCC发生、发展中的作用及调控网络目前仍不十分清楚。因此,本研究以lncRNACYTOR为起点,探索ceRNA调节机制在HCC中的应用。材料与方法:通过检索癌症基因组图谱数据库（The Cancer Genome Atlas,TCGA）,获得人类HCC的lncRNA、mRNA和miRNA数据集表达数据和相应临床信息。下载基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus database,GEO）数据库中GSE62232和GSE84402的HCC相关RNA数据用于后续验证。借助在线数据分析工具,分析lncRNA CYTOR在多种肿瘤类型及HCC相关数据集中的表达情况。借助R语言分析lncRNA CYTOR在TCGA数据库中HCC肿瘤组织及癌旁正常肝组织中的差异表达情况,以及其表达水平与TCGA数据库HCC患者总生存期（overall survival,OS）之间的关系。分析lncRNA CYTOR与常用临床病理参数,如性别、年龄、肿瘤分级、临床分期和T、N、M分期之间的关联性,并进一步整合这些参数,通过单因素及多因素Cox回归分析探究lncRNA CYTOR独立预测患者预后的能力。之后,识别TCGA数据库HCC样品中差异表达的miRNA,同时使用ENCORI软件（starbase3.0）预测目标lncRNA的靶向的miRNA,选择差异分析中表达下调的miRNA与预测的miRNA做交集后得出候选miRNA。同理,基于TCGA数据库分析HCC样品中差异表达的mRNA,并基于ENCORI软件使用6个数据库（PITA、miRNAmap、DIANA-microT、miRanda、PicTar 和 TargetScan）预测候选 miRNA 靶向的mRNA,选择差异分析中表达上调的mRNA与预测的mRNA做交集后得出候选的mRNA。使用基因集富分析（Gene Set Enrichment Analysis,GSEA）来识别与所筛选出的mRNA高表达相关的基因集和通路途径,探索其潜在的功能。结果:lncRNACYTOR在多种癌症的肿瘤组织（如结肠癌、肾透明细胞癌、膀胱尿路上皮癌等）及多个HCC相关数据集中（如GSE54236、GSE64041、GSE36376等）相较于癌旁组织表达上调。在TCGA数据库中,与癌旁正常组织相比,HCC组织中的lncRNACYTOR表达水平显着增高（P<0.001）;且高表达患者组的OS较低表达患者组显着缩短（P<0.001）。临床病理参数关联性分析显示,lncRNACYTOR的表达水平与病理分级（Grade）显着相关,且G2与G1（P<0.01）、G3与G2（P<0.05）、G3与G1（P<0.001）和G4与G1（P<0.05）之间存在显着性差异;该基因在临床Ⅱ期（StageⅡ）的表达水平较临床Ⅰ期（StageⅠ）显着上调（P<0.001）,在T2期及T4期的表达水平较T1期显着上调（P<0.001;P<0.05）。独立预后分析表明lncRNA可独立于上述临床参数来预测HCC患者的预后（P<0.05）。ENCORI软件分析得出miR-125b-5p可作为lncRNA CYTOR的靶向miRNA,后续6个数据库综合分析得出KIAA1522及PODXL可作为miR-125b-5p的候选靶向mRNA。对二者进行差异分析、生存分析及与miR-125b-5p的相关分析后,选择KIAA1522作为目标靶向mRNA。相较于癌旁组织,KIAA1522在GSE62232和GSE84402的HCC组织中表达显着上调（P<0.001）。GSEA富集分析结果表明,cell cycle信号通路、adherens junction信号通路、Notch信号通路、mTOR信号通路、Wnt信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路、apoptosis信号通路和tight junction信号通路相关的基因集在高KIAA1522表达的表型中显着富集。结论:探究lncRNA的表达情况、生物学功能,构建新的lncRNA/miRNA/mRNA调控轴是研究HCC发病机制的有效手段。lncRNA在HCC组织中表达水平显着上调,与多种临床病理参数相关,且可作为HCC患者潜在的预后生物标志物。此外,lncRNA CYTOR可通过靶向miR-125b-5p进而调节KIAA1522的表达参与HCC的发生发展。背景:肝细胞癌（hepatocellular carcinoma,HCC）是一种由多种病因引起肿瘤,目前仍是人类最常见、最致命的恶性肿瘤之一。因此,寻找新的、临床上有效的HCC诊断及预后生物标志物至关重要。本实验的主要目的是基于第一部分生物信息学分析的结果,探索长链非编码RNA（long non-coding RNA,lncRNA）CYTOR、微小RNA（microRNA,miRNA）miR-125b-5p 以及蛋白编码信使 RNA（messenger RNA,mRNA）KIAA1522的靶向调控作用及该调控轴在HCC发生、发展中的作用。材料与方法:通过脂质体将目的基因相关载体转染至正常肝细胞（HHL-5）及几种HCC细胞（SK-Hep-1、Hep3b和Huh-7）后,采用实时荧光定量聚合酶链式反应（real time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR）检测 HCC 细胞中 lncRNA CYTOR、miR-125b-5p和KIAA1522的表达,并筛选实验细胞。免疫组化检测KIAA1522在HCC组织及癌旁正常组织中的表达情况。采用双荧光素酶报告基因检测试验证实lncRNA CYTOR、miR-125b-5p和KIAA1522间的调控关系。之后,利用CCK-8细胞增殖毒性检测试剂盒（Cell Counting Kit-8,CCK-8）检测不同转染条件下HCC细胞的增殖情况,采用流式细胞仪分析转染后HCC细胞周期的变化,使用脱氧核糖核苷酸末端转移酶介导的缺口末端标记法（terminal-deoxynucleotidy l transferase mediated nick end labeling,TUNEL）观察转染后 HCC 细胞的凋亡情况;并通过蛋白免疫印迹实验（western blot,WB）分析检测细胞增殖、细胞周期、细胞凋亡等相关蛋白的表达。结果:转染后,相较于HHL-5细胞,Hep3b细胞中上述基因的表达均是最为显着的,故选择Hep3b细胞进行下一步实验。双荧光素酶报告基因检测实验的结果显示miR-125b-5p mimic+CYTOR-wt 共转染组和miR-125b-5p mimic+KIAA1522-wt 共转染组Hep3b细胞的荧光素酶活性显着降低;lncRNA CYTOR可直接作用于miR-125b-5p,而miR-125b-5p可直接靶向KIAA1522。CCK-8实验结合WB检测结果显示敲低lncRNACYTOR抑制了 HCC细胞的增殖,并下调了 Ki-67和PCNA的蛋白表达;抑制miR-125b-5p或KIAA1522的过度表达则促进了细胞的增殖并上调了 Ki-67和PCNA的蛋白表达。流式细胞仪分析结合WB检测结果显示敲低lncRNA CYTOR 降低了 S期及G2/M期比值,下调了 cyclin D1及cyclin E等蛋白的表达而上调了 p21表达;抑制miR-125b-5p或KIAA1522的过度表达则升高了 S期及G2/M期比值,并上调了 cyclin D1等蛋白的表达并下调了 p21表达。TUNEL细胞凋亡检测结合WB检测提示敲低lncRNA CYTOR可促进Hep3b细胞凋亡,下调Bcl-2的表达同时上调 Bax 的表达及 cleaved caspase3/caspase 3、cleaved caspase9/caspase 9;而抑制miR-125b-5p或KIAA1522的过表达则抑制Hep3b细胞凋亡,上调Bcl-2的表达并下调 Bax 的表达及 cleaved caspase 3/caspase 3、cleaved caspase 9/caspase 9。结论:综上所述,HCC中过表达的lncRNA CYTOR可通过靶向抑制miR-125b-5p进而上调KIAA1522的表达水平,促进HCC细胞增殖、影响细胞周期并抑制细胞凋亡。本研究为肝细胞癌的发生机制注入了新的见解。
黄成[4]（2020）在《基于生物信息学分析的肝细胞癌易感生物靶点筛选》文中认为目的:挖掘肝细胞癌基因芯片数据,筛选出肝细胞癌相关的易感生物靶点分子,初步探索肝细胞癌发生发展过程中的生物功能富集通路,构建肝细胞癌的疾病模块并进行功能分析,为肝细胞癌患者的病因研究与早期诊断提供依据。方法:（1）从GEO数据库中检索出肝细胞癌基因芯片数据集GSE14520,数据来自平台GPL3921。该数据集为人类来源的全基因组RNA表达芯片,共选取225例肝细胞癌组织标本和220例癌旁正常组织标本进行后续研究。（2）利用GEO2R在线分析平台对基因芯片数据进行标准化处理,以|log2FC|>1、P.adjust<0.05为标准筛选肝细胞癌差异表达基因。（3）利用DAVID在线分析工具对筛选出的前250位肝细胞癌差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。（4）应用String在线分析平台构建差异表达基因的蛋白-蛋白交互作用网络,并利用Cytoscape3.6.1软件对蛋白交互作用网络进行可视化分析,使用Cytoscape软件中的MCODE应用程序对蛋白交互作用网络进行疾病模块化分析,利用DAVID在线分析平台对疾病模块中的差异基因进行生物通路富集分析,得到各个模块所代表的生物学功能。（5）使用CytoHubba对蛋白质相互作用网络进行核心基因筛选,并根据连通度（Degree）大小进行排序,筛选出核心基因。（6）通过前期的生物信息学分析和文献数据库检索,对得到的肝细胞癌易感基因与疾病发生发展之间的关系进行Meta分析,综合分析既往研究,达到生物信息学研究补充和验证的目的,以期更全面的得到易感基因与肝细胞癌发生发展之间关系的分析结果。结果:（1）对GSE14520数据集进行分析,利用GEO2R筛选得到排序前250位的肝细胞癌差异表达基因,其中上调基因122个,下调基因128个。（2）GO功能生物过程分析显示肝细胞癌差异表达基因在有丝分裂细胞周期过程、细胞周期过程、细胞分裂、有丝分裂细胞周期相变、细胞对锌离子的反应、细胞周期调控、核分裂,染色体组织通路等过程中发挥作用;KEGG富集通路显示肝细胞癌差异基因在矿物质吸收、细胞周期、DNA复制、视黄醇代谢、代谢途径、药物代谢-其他酶、咖啡因代谢、卵母细胞减数分裂、药物代谢-细胞色素P450及其对异生物的代谢通路等生物途径中起调节作用。（3）构建PPI网络,共得到195个基因,通过CytoHubba对PPI网络进行核心基因筛选,提示CDK1（Degree Score=63）、RFC4（Degree Score=59）、CDC20（Degree Score=58）和CCNB1（Degree Score=57）等基因可能在肝细胞癌的发生过程中起到重要的调节作用。（4）通过Cytoscape3.6.1软件的MCODE应用程序进行网络模块分析显示,共有四个主要的疾病模块,其中MCODE得分最高的疾病模块A（MCODE Score=41.143）主要与细胞周期、DNA复制、卵母细胞减数分裂、孕酮介导的卵母细胞成熟、p53信号通路和人类T淋巴细胞白血病病毒Ⅰ型感染通路相关。（5）通过Meta分析,中国人群CYP2E1基因型频率分布与患肝细胞癌风险增加无统计学关联,合并OR=0.67（95%CI:0.39,1.14）,Z=1.48,P=0.14;中国人群PTTG1高表达与患肝细胞癌风险增加有关,且这种关联具有统计学意义,合并OR=7.94（95%CI:1.22,51.85）,Z=2.16,P=0.03。结论:（1）肝细胞癌的发生发展可能与细胞周期和有丝分裂的异常进程相关,其中CDK1、RFC4、CDC20和CCNB1等基因可能在肝细胞癌的进展中起着较重要作用,可作为肝细胞癌后续研究潜在的易感生物靶点。（2）PTTG1基因高表达可能是肝细胞癌发生发展的危险因素。
孔娟[5]（2020）在《CMTM4在肝细胞癌发生发展中的作用及机制研究》文中研究表明目的:通过检测肝细胞癌（HCC）患者癌与癌旁组织中CMTM4的表达情况,探讨肝细胞癌患者临床病理特征及预后与CMTM4的表达之间的关系;通过体外的细胞功能学实验,明确CMTM4改变对肝癌细胞的生物学特性的影响;通过分析CMTM4与上皮间质转化（EMT）相关因子在肝癌组织及细胞中表达的相关性,阐明CMTM4参与HCC侵袭转移的调控机制。方法:选取75例肝细胞癌及对应的癌旁组织,采用免疫组织化学技术（IHC）检测CMTM4蛋白的表达情况,卡方检验分析HCC患者各临床病理特征及预后与CMTM4表达的相关关系;通过实时荧光定量PCR（q RT-PCR）法检测CMTM4在肝癌细胞株的表达,通过质粒转染并构建CMTM4过表达和沉默细胞株;运用CCK-8、平板克隆检测细胞增殖,流式细胞仪进行细胞凋亡和细胞周期检测,划痕实验、transwell实验检测细胞迁移及侵袭能力的改变;通过q RT-PCR法检测CMTM4表达改变后,EMT相关因子在肝癌细胞株表达的改变;并采用免疫组化技术检测166例HCC癌及癌旁组织中EMT相关因子的表达,卡方检验分析肝癌组织中EMT相关因子表达情况,Spearman相关法分析肝癌组织中CMTM4与EMT相关因子表达的相关性。结果:（1）CMTM4在HCC组织中阳性表达较癌旁明显下调（P<0.05）,且其表达与HCC患者肿瘤大小、临床分期、TNM分期、肿瘤远处转移等密切相关,为HCC患者的独立预后因素（OR=2.433,95%CI=1.057-5.786,P<0.05）。（2）CMTM4在肝癌细胞中低表达;与对照组细胞相比,CMTM4过表达后,细胞增殖下降、单克隆形成能力降低、迁移和侵袭能力下降,细胞周期停滞在G2/M期,细胞凋亡增加。而进行CMTM4干扰后,细胞增殖、单克隆形成、迁移和侵袭能力均增强,G1期细胞数增加,G2/M期细胞数减少,细胞凋亡降低。（3）与对照组细胞相比,CMTM4干扰后,上皮因子（E-cadherin、β-catenin）在肝癌细胞表达增加,间质因子（N-cadherin、Vimentin、ZEB1）表达降低;而CMTM4过表达后这些上皮因子表达降低,间质因子表达升高,提示CMTM4基因可以抑制肝癌细胞发生上皮-间质转化（EMT）。此外,上皮因子（E-cadherin、β-catenin）在肝癌组织中表达显着低于癌旁组织（P<0.05）,EMT间质因子（N-cadherin、Vimentin、ZEB1）表达在肝癌组织中显着高于癌旁组织（P<0.05）,且肝癌组织中CMTM4与EMT相关因子表达之间存在相关关系（相关系数分别是r=0.563,r=0.609,r=0.338,r=0.0.055,r=-0.128）。结论:（1）肝细胞癌中CMTM4低表达,并与肝细胞癌患者肿瘤远处转移及预后不良相关。（2）在肝癌细胞株Huh-7和Hep3B细胞中,CMTM4差异表达可显着改变肝癌细胞增殖、侵袭、迁移的能力,并影响细胞的周期和凋亡进程。（3）肝癌细胞株中CMTM4表达改变可引起EMT相关因子的改变。且肝癌组织中CMTM4的表达与EMT相关因子表达之间存在相关关系。提示肝癌中低表达的CMTM4通过诱导EMT进程促进HCC的转移。
朱红波[6]（2020）在《影像基因组学预测肝细胞癌根治术后病人预后的应用研究》文中研究说明目的1、基于CT的影像组学Nomogram模型术前对肝细胞癌（Hepatocellular carcinoma,HCC）根治术后早期复发（≤2年）进行精准预测,应用基因所代表的生物学功能提高影像组学模型的可解释性。2、构建HCC无复发生存的影像组学和基因组学预后模型,探索多组学联合模型预测效能的增益作用。方法第一部分:预测早期复发队列,共纳入262名接受根治手术的HCC患者（训练集=214人,验证集=48人）。Pyradiomics软件从术前CT图像的3D肿瘤靶体积提取影像组学特征。应用倾向评分匹配和LASSO-Logistic等算法对特征进行可重复性评价、去冗余、降维和构建组学标签。多变量logistic回归筛选独立风险因子并建立Nomogram模型。分析和验证模型的预测效能和临床应用价值。第二部分:预测无复发生存队列,共纳入TCGA&TCIA数据库中符合条件的33例HCC患者,应用LASSO-Cox等算法分别构建影像组学和基因组学预后标签。多变量Cox筛选独立预后因子并建立Nomogram模型。分析三个模型的预测效能并比较影像组学和基因组学联合的效能互补性。最后对两部分的影像组学模型包含的特征与WGCNA聚类的基因模块构建相关性,应用基因模块内基因所富集的生物学功能对影像特征的预测性能进行直观解释。结果第一部分:从1665个影像组学特征中筛选30个特征构建影像组学标签,影像组学标签与无复发生存时间和总生存时间显着相关（P<0.001）。多变量logistic回归鉴定AFP、肿瘤大小、肿瘤数目和影像组学标签为关键风险因子并构建Nomogram模型,该模型在训练集（AUC 0.800）和验证集（AUC 0.785）均表现良好的预测和校正效能,并且显着优于临床Nomogram（训练集AUC 0.716,P=0.001;验证集AUC 0.654,P=0.039）。通过决策曲线分析证实模型的临床实用性。第二部分:从1665个影像组学特征筛选9个特征构建影像组学标签;从20531个基因中筛选6个构建基因组学标签。单变量Cox回归鉴定性别、酒精性肝病、AFP、LRP1B突变、基因组学标签和影像组学标签与无复发生存显着相关（P<0.05）。多变量Cox回归鉴定基因组学标签和影像组学标签为独立风险因子并构建Nomogram模型。影像组学标签、基因组学标签和联合Nomogram均具有良好的预测效能（C-index分别为0.866、0.896和0.921）,并且联合Nomogram预测效能显着优于单一组学标签（P<0.05）。应用GO和KEGG结果显示与影像组学特征显着相关的基因模块内基因主要富集在免疫反应、血管形成、细胞粘附、细胞增殖等生物学功能通路。结论影像组学模型、基因组学模型作为HCC患者预后生物标志物具有高效预测效能,影像组学特征、基因数据和临床特征具有预测效能互补性,联合模型优于单一模型预测效能。影像组学特征具有预测HCC患者预后作用可能与介导肿瘤侵袭性行为相关。
徐贺龙[7]（2020）在《利用加权基因共表达网络（WGCNA）筛选及鉴定肝细胞癌干细胞相关基因的研究》文中指出目的通过加权基因共表达网络（Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）方法研究肝细胞癌（Hepatocellular carcinoma,HCC）中肝癌干细胞（Liver cancer stem cells,LSCS）相关基因的表达及其与预后的相关性。方法（1）从公共数据库癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）中下载HCC转录组测序（RNA-seq）数据及临床病理学资料,从CELL网站下载并整理肿瘤干细胞干性指数（mRNA stemness indices,mRNAsi）表,分析mRNAsi与HCC临床病理因素及预后的关系。（2）利用加权基因共表达网络从肝癌差异基因中筛选与LSCS相关的关键模块,截取关键模块的hub基因进行功能注释（GO分析）及信号通路富集分析（KEGG分析）,通过在线数据库STRING构建hub基因编码蛋白质相互作用网络（protein protein interaction network,PPI）,从PPI中筛选关键基因。（3）对关键基因进行表达差异分析及表达相关性分析。（4）通过在线数据库人类蛋白质图谱（The Human Protein Atlas,HPA）查找并统计关键基因编码蛋白在HCC肿瘤组织及肝脏正常组织中免疫组化染色结果,验证关键基因表达差异。（5）利用在线数据库生存曲线绘制仪（Kaplan-Meier plotter）进行生存分析,利用肝细胞癌综合分子数据库（HCCBD）中数据集验证生存分析结果。（6）收集44例HCC组织样本进行免疫组织化学染色,进一步验证关键基因CCNB1在HCC和癌旁组织中的表达差异及其表达与临床病理因素相关性。结果（1）HCC组织中的mRNAsi得分显着高于正常肝组织（P<0.001）,mRNAsi与高病理学等级之间存在正相关（P=0.006）,高mRNAsi组的HCC患者死亡率高于低mRNAsi组（P=0.006）。（2）WGCNA网络筛选蓝色模块为LCSC相关模块,从中截取24个hub基因,通过GO分析结果显示,hub基因主要参与有丝分裂姐妹染色单体分离、核染色体分离、核分裂、DNA构象变化等生物过程。KEGG分析结果显示,hub基因富集在细胞周期、错配修复、卵母细胞减数分裂、DNA复制等信号通路,PPI结果表明hub基因编码蛋白质之间有很强的相互作用（P<0.001）。（3）本研究筛选了10个与LSCS相关的关键基因（包括CCNB1、CDC20、CDCA8、NDC80、KIF20A、CDC45、KIF15、MCM2、TTK及NCAPG）,与正常肝组织样本相比,10个关键基因在HCC组织中均呈现高表达（P<0.001）,在转录水平上也有很强的共表达关系（相关系数均>0.70）。（4）人类蛋白质图谱鉴定关键基因均为癌症相关基因且在HCC组织中高表达（缺NCD80数据）。（5）k-m plotter数据库生存分析及HCCDB数据集验证结果均表明10个关键基因均与肝癌患者的预后相关,高表达组预后总生存时间（Overall Survival,OS）显着低于低表达组（P<0.05）。（6）免疫组化结果证实CCNB1在HCC中高表达且与肿瘤大小、肿瘤数目、有无肝硬化、Ki67表达量密切相关（P<0.05）,与其他病理学指标（AFP、分化程度、TNM分期、有无门静脉癌栓等）无明显相关性（P>0.05）。结论（1）mRNAsi在HCC的发生发展中起着重要作用,利用WGCNA筛选的与HCC-mRNAsi相关的10个关键基因（CCNB1、CDC20、CDCA8、NDC80、KIF20A、CDC45、KIF15、MCM2、TTK及NCAPG）在LSCS的干性维持中发挥重要作用,有望作为抑制HCC干细胞特性的治疗靶标及预后标志物。（2）CCNB1在HCC组织中高表达,并且与HCC的肿瘤大小、肿瘤数量、有无肝硬化及Ki67表达百分比有关,提示CCNB1可能在肝细胞癌的进展和转移过程中发挥重要作用,CCNB1可能成为HCC的重要分子标记物及肝细胞癌治疗的潜在靶点。
王维伟[8]（2020）在《LncRNA BZRAP1-AS1介导THBS1甲基化在肝细胞癌血管生成中的机制研究》文中研究指明背景:肝细胞癌是最常见的原发性肝癌,死亡率很高。长链非编码RNA（LncRNA）最近已出现作为癌症发展和进程中的调节剂,并可作为新的治疗靶标。在本研究中,我们旨在探讨LncRNA BZRAP1-AS1与肝细胞癌血管生成的关系。方法:采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测临床肝细胞癌组织样本及肝细胞癌细胞系中LncRNA BZRAP1-AS1的表达情况;荧光原位杂交（FISH）、核质分离法检测BZRAP1-AS1在肝细胞癌细胞内的定位;小管形成实验显示体外血管生成情况;鸡胚绒毛尿囊膜（CAM）血管生成试验显示体内血管生成情况。qRT-PCR检测基因表达表达,甲基化特异性PCR（MSP）、亚硫酸盐修饰测序法（BSP）、RNA Pull-down、RNA免疫共沉淀（RIP）、双荧光素酶报告基因实验、染色质免疫共沉淀（ChIP）检测BZRAP1-AS1、DNMT3b、THBS1的相互作用关系。采用BALB/C裸鼠构建肝癌细胞移植瘤模型;苏木素伊红（HE）染色观察肿瘤组织病理学改变;免疫组织化学染色、免疫荧光染色技术检测体内血管生成情况。结果:LncRNA BZRAP1-AS1在肝细胞癌组织及肝细胞癌细胞系中高表达,FISH、核质分离结果显示BZRAP1-AS1主要定位于细胞核。小管形成实验、CAM实验显示过表达BZRAP1-AS1提高血管生成能力;进一步探讨其机制发现,qRT-PCR结果显示过表达BZRAP1-AS1下调THBS1 mRNA,甲基化转移酶抑制剂5-Aza可减弱这种作用;MSP、BSP结果显示过表达BZRAP1-AS1增加THBS1甲基化程度;RIP、RNA Pull-down的结果显示BZRAP1-AS1与DNMT3b相互结合;双荧光素酶报告基因实验和ChIP结果显示BZRAP1-AS1、DNMT3b可富集在THBS1启动子区。在肝癌荷瘤体内模型中,HE染色结果显示过表达BZRAP1-AS1移植瘤组织血管增多;免疫组织化学染色、免疫荧光染色结果显示过表达BZRAP1-AS1移植瘤瘤体微血管密度增加、CD31表达水平增加。结论:长链非编码RNA BZRAP1-AS1与DNMT3b相互作用并将DNMT3b募集到THBS1启动子,导致CPG位点高甲基化和基因沉默,正向调控肝细胞癌的血管生成。
张帅[9]（2019）在《非酒精性脂肪性肝病相关miRNA差异表达谱的初步分析和功能研究》文中指出背景非酒精性脂肪性肝病（nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD）已成为全球最常见的慢性肝病,然而其确切发病机制仍未明确,非侵入性特异标记物仍未找到,特效药物仍未研发。研究表明,作为表观遗传学重要组成部分的miRNA在NAFLD发生发展、诊断及治疗中有着重要意义,特别是外泌体miRNA受到了磷脂双层结构保护而较游离miRNA稳定性更好,但迄今为止人血外泌体miRNA在NAFLD中差异表达谱及作用特点研究尚少。目的筛选NAFLD患者血清外泌体miRNA差异表达谱,研究脂肪肝患者血清外泌体与动物模型肝组织miRNA表达异同,并进行靶基因预测及生物信息学分析,初步探索miRNA在NAFLD发生发展、诊断及治疗中的意义。方法（1）各取4例人口学特征相近的中重度NAFLD和健康人血清行外泌体提取及鉴定,Illumina高通量测序筛选出miRNA差异表达谱,对差异表达最显着的4条miRNA按轻度NAFLD、中重度NAFLD和Control每组各20例行qRT-PCR验证。（2）高脂饲料（HFD）喂养C57 BL/6小鼠构建NAFLD动物模型,分别于4周、8周、12周留取HFD组和CTL组小鼠血和肝脏标本,行血生化、肝脏病理及以上4条miRNA相对表达量的检测。（3）对以上4条miRNA取TargetScan、miRanda、Mireap靶基因预测结果交集与miRTarBase数据库结果进行并集作为最终预测结果,并进行靶基因的GO（Gene Ontology）分析和基于KEGG的pathway富集分析。结果（1）初步筛选出NAFLD和Control具有显着性差异（P<0.05）且差异表达在2倍以上血清外泌体miRNA共19条,其中上调8条,下调11条。（2）hsa-miR-122-5p、hsa-miR-146b-5p、hsa-miR-197-3p 相对表达量:NAFLD 中重度组>NAFLD轻度组>Control 组;hsa-miR-483-3p 相对表达量:NAFLD 组（轻度/中重度）>Control 组,NAFLD轻度组与中重度组间无显着性差异。（3）高脂饲料喂养8周小鼠部分肝细胞出现散在脂肪滴,喂养12周出现弥漫性脂肪变,呈以小泡性为主的混合性脂肪变性。（4）喂养12周时小鼠肝组织miRNA相对表达量:mmu-miR-122-5p（HFD组<CTL组）,mmu-miR-146b-5p（HFD 组>CTL组）,mmu-miR-483-3p 无显着性差异。（5）4条miRNA行靶基因预测共得到2623个靶基因;GO功能分析显示靶基因在分子功能、细胞组分、生物过程有广泛的注释;靶基因显着富集的pathway共84条,从20条与NAFLD最密切的通路中筛选出与至少10条通路都相关的靶基因共5个,即PIK3R2,AKT2,AKT3,MAPK1,NFKB1。结论（1）血清外泌体 hsa-miR-122-5p、hsa-miR-146b-5p、hsa-miR-197-3p、hsa-miR-483-3p在鉴定NAFLD与健康人群中意义不同,均参与脂肪代谢和多种肝脏疾病的发生发展。（2）高脂饲料喂养C57BL/6小鼠12周可构建成熟的NAFLD模型。（3）mmu-miR-122-5p、mmu-miR-146b-5p在小鼠肝脏脂肪变性过程中可能起重要作用。（4）这4条miRNA有望作为无创诊断NAFLD的生物标志物和特异性治疗的新靶点。
廖锡文[10]（2019）在《乙肝相关性原发性肝细胞癌切除术后行TACE致ALT，AST变化相关的单核苷酸多态性特征筛查及验证》文中研究指明研究内容:本研究分为五部分进行研究:1.乙肝相关性原发性肝细胞癌切除术后行TACE致ALT,AST变化的临床病理特征和预后分析及全外显子单核苷酸多态性特征筛查。2.乙肝相关性原发性肝细胞癌切除术后行TACE致ALT,AST变化的候选单核苷酸多态性位点高尔基体SNAP受体复合物成员 2（golgi SNAP receptor complex member 2,GOSR2）-rs 197922 的二期队列验证。3.基于全基因组数据集对GOSR2基因在原发性肝细胞癌中的临床应用价值及分子机制研究.4.乙肝相关性原发性肝细胞癌GOSR2表达水平和rs197922的临床病理特征及预后分析。5.GOSR2基因在原发性肝细胞癌中的生物学功能鉴定及其在正常肝细胞系中与ALT,AST的调控关系研究。目的:本研究尝试通过GWAS方法对广西乙肝相关性原发性肝细胞癌切除术后行TACE致ALT,AST变化的全外显子单核苷酸多态性特征进行筛查,并分析其临床病理特征和预后。材料方法:收集49例在广西医科大学第一附属医院行肝切除术的乙肝相关性原发性肝细胞癌患者,且术后行TACE术。根据患者TACE术前和术后ALT和AST的变化进行分组,对这些患者癌组织进行全外显子芯片扫描并进行全外显子关联分析。结果:根据患者TACE术前和术后ALT和AST的变化进行全外显子关联分析,我们筛选了 1247个P<0.05的候选SNPs位点。通过ICSNPathway分析我们共鉴定出17个具有影响通路改变的SNPs位点（包括rs75387493,rs2271683,rs1 1768465,rs8207,rs28365927,rs1344642,rs1863704,rs10160013,rs4036,rs2235324,rs17183814,rs7973658,rs34550074,rs3740168,rs197922,rs3 790525,rs41309181）,发现了 4条 SNP-Gene-Pathway的调控机制。通过生物信息学分析,利用GeneMANIA在线分析工具发现这些17个候选SNPs位点所在的基因与ALT和AST的编码基因具有共表达互作关系。通过GTEx数据库发现这17个SNPs中的高尔基体SNAP受体复合物成员 2（golgi SNAP receptor complex member 2,GOSR2）-rs197922在肝脏等多个正常组织中具有表达数量性状基因座关系。结论:本研究筛选出17个潜在具有SNP-Gene-Pathway调控潜力的SNPs,其中GOSR2-rs 197922位点可能参与调控血清ALT和AST。目的:本研究通过收集独立于一期GWAS队列的乙肝相关性原发性肝细胞癌患者进行全外显子关联分析结果的二期队列验证。材料方法:本研究收集于2014年至2017年在广西医科大学第一附属医院肝胆外科行肝脏肿瘤切除手术且术后行TACE术的乙肝相关性原发性肝细胞癌患者的癌组织,通过Sanger法对这些患者进行高尔基体SNAP受体复合物成员 2（golgi SNAP receptor complex member 2,GOSR2）-rs197922位点进行基因分型,分析候选位点与TACE术前术后血清ALT和AST变化的关系。结果:二期验证队列共纳入88例乙肝相关性原发性肝细胞癌接受肝切除术后行TACE治疗的患者,其中rs197922位点的基因型分布如下:AA基因型23例,AG基因型43例和GG基因型22例。通过卡方检验和Ligistic回归分析,我们未能观察到rs197922基因型分布与乙肝相关性原发性肝细胞癌患者肝切除术后接受TACE治疗后血清ALT和AST的变化相关。结论:由于纳入二期验证队列的乙肝相关性原发性肝细胞癌患者TACE化疗药物方案的改变,我们未能观察到rs197922位点的基因型与TACE术后ALT和AST水平变化显着相关。目的:本研究的目的是基于GEO和TCGA数据库中原发性肝细胞癌的全基因组数据集对高尔基体SNAP受体复合物成员2（golgi SNAP receptor complex member 2,GOSR2）基因的临床意义进行探索,及利用生物信息学方法对该基因在HCC中的分子机制进行分析。材料与方法:本研究分别纳入GSE14520和TCGA的212个和370个原发性肝细胞癌患者。通过诊断ROC和生存分析探索GOSR2基因的临床应用价值。随后基于全基因组数据对GOSR2进行差异表达基因、共表达基因和基因集富集分析等生物信息学方法探索其潜在的分子机制。结果:通过GSE14520和TCGA队列的验证,我们发现GOSR2基因在原发性肝细胞癌癌组织中表达量上调,高表达GOSR2基因的原发性肝细胞癌患者具有较短的无复发生存时间和总生存时间。通过比较高、低表达GOSR2基因的原发性肝细胞癌患者之间的全基因组表达谱数据,筛选两组之间的差异表达基因和进行基因集富集分析,以及GOSR2的共表达基因,以及通过生物信息学方法进行富集发现GSOR2可能通过调控细胞增殖、周期、NF-kB和Wnt等信号通路参与原发性肝细胞癌生物学行为的调控。结论:GOSR2可能具有作为原发性肝细胞癌诊断和预后生物标志物的潜力。其生物学功能可能涉及细胞增殖和周期等信号通路的调控。目的:本研究通过评估高尔基体SNAP受体复合物成员2（golgi SNAP receptor complex member 2,GOSR2）免疫组化表达量和rs197922的基因型分布探索他们作为乙肝相关性原发性肝细胞癌生物标志物的潜在临床应用价值,同时分析rs197922在乙肝相关性原发性肝细胞癌中的表达数量性状基因座（expression Quantitative Trait Loci,eQTL）特性。材料方法:本研究通过免疫组化方法对乙肝相关性原发性肝细胞癌患者的癌组织进行GOSR2基因的免疫组化染色,以及对rs197922位点进行基因分型,比较不同GOSR2基因表达量和不同rs197922基因型患者之间的临床病理特征和预后差异。结果:本研究纳入342例广西乙肝相关性原发性肝细胞癌患者,通过多因素生存分析比较,我们发现GOSR2基因免疫组化阴性和阳性染色患者的无瘤生存和总体生存时间的差异未达到统计学显着性。但是,我们发现rs197922位点的基因型在非根治性切除等亚组的原发性肝细胞癌患者中与预后显着相关。结论:本研究中我们观察到GOSR2基因免疫组化表达水平与乙肝相关性原发性肝细胞癌患者预后无关,但是我们发现到rs197922基因型分布在特定的乙肝相关性原发性肝细胞癌亚组中具有作为预后分子标志物的潜力。目的:本研究通过在肝癌细胞株中沉默高尔基体SNAP受体复合物成员2（golgi SNAP receptor complex member 2,GOSR2）基因探索其在原发性肝细胞癌中的生物学功能,并探索其在正常肝细胞中在TACE化疗药干预的条件下与ALT和AST的调控关系。材料方法:利用小干扰RNA（Small interfering RNA,siRNA）技术在肝癌细胞株（MHCC-97H,Hep-G2和HCC-M）和正常肝细胞株（HL-7702）中沉默GOSR2基因,通过Western Bllot,RT-PCR,细胞划痕、增殖、侵袭等实验验证GOSR2生物学功能。通过化疗药物（5-氟尿嘧啶,吡柔比星,顺铂和洛铂）干预探索GOSR2在正常肝细胞株中与ALT和AST的调控关系。结果:通过WB,RT-PCR验证siRNA在细胞株中的沉默GOSR2的效果,并通过细胞划痕、增殖、侵袭等实验证实在肝癌细胞株中抑制GOSR2基因的表达可以显着抑制肝癌细胞的迁移、增殖和侵袭能力。在正常肝细胞株中沉默GOSR2基因表达,我们未观察到经化疗药物干预后正常肝细胞株分泌ALT和AST有明显变化。结论:本研究证实GOSR2基因在肝细胞癌中可能起着一个癌基因的角色,但本研究并未观察到其表达量的变化与ALT和AST在正常肝细胞株中经化疗药干预后存在显着的直接调控关系。
二、肝硬化患者发生的肝细胞癌差异表达基因文库的构建及初步筛选（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、肝硬化患者发生的肝细胞癌差异表达基因文库的构建及初步筛选（论文提纲范文）
（1）基于生物信息学的茵陈蒿汤和茵栀黄颗粒抑制肝脏炎癌转化机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 文献综述 |
| 综述一 茵陈蒿汤溯源与研究进展 |
| 综述二 茵栀黄颗粒溯源与研究进展 |
| 综述三 肝脏炎癌转化的研究进展 |
| 参考文献 |
| 前言 |
| 第一章 肝脏炎癌转化的关键基因研究 |
| 第一节 基于生物信息学的乙型肝炎炎癌转化关键基因研究 |
| 1 资料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第二节 基于生物信息学的丙型肝炎炎癌转化关键基因研究 |
| 1 资料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第二章 茵陈蒿汤茵栀黄颗粒抑制肝脏炎癌转化机制研究 |
| 第一节 基于网络药理学的茵陈蒿汤抑制肝脏炎癌转化机制研究 |
| 1 资料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第二节 基于网络药理学的茵栀黄颗粒治疗乙型肝炎机制研究 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第三节 基于网络药理学的茵栀黄颗粒抑制肝脏炎癌转化机制研究 |
| 1 资料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 结语 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 在学期间主要研究成果 |
（2）Sigma1R对大鼠脊髓运动神经元的功能影响及肝细胞癌中SNHG1基因调控网络的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 论文创新点 |
| Sigma1R 对大鼠脊髓运动神经元的功能影响 |
| 第一章 背景概述 |
| 1.1 肌萎缩性脊髓侧索硬化症概述 |
| 1.2 Sigma1R概述 |
| 1.2.1 Sigma1R的发现及其分子药理学特征 |
| 1.2.2 Sigma1R的结构和定位 |
| 1.2.3 Sigma1R的分子功能 |
| 1.2.4 Sigma1R作为配体伴侣 |
| 1.2.5 Sigma1R的人类遗传学研究 |
| 1.3 Sigma1R与神经退行性疾病 |
| 1.4 ALS与脊髓运动神经元 |
| 1.5 转录组分析 |
| 1.6 电生理记录在研究神经元特性中的应用 |
| 1.6.1 动作电位 |
| 1.6.2 mEPSC微小兴奋性突触后电流 |
| 1.7 神经元功能与神经元膜表面各种通道的关系 |
| 第二章 Sigma1R敲除影响脊髓运动神经元的转录组分析及验证 |
| 引言 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 实验动物及分组 |
| 2.1.2 主要实验仪器及耗材 |
| 2.1.3 主要试剂 |
| 2.1.4 主要试剂配制和用具预处理 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 大鼠组织样本转录组测序分析 |
| 2.2.2 大鼠脊髓组织实时荧光定量PCR |
| 2.3 分析结果 |
| 2.3.1 数据产出及质控 |
| 2.3.2 差异基因分析 |
| 2.3.3 上调基因功能注释 |
| 2.3.4 下调基因功能注释 |
| 2.3.5 Quantitative Real-time PCR验证 |
| 2.4 小结与讨论 |
| 2.4.1 上调基因的KEGG富集功能促进神经损伤 |
| 2.4.2 下调基因的KEGG富集功能影响神经的兴奋和抑制过程 |
| 2.4.3 上调基因的GO富集功能增强神经元和外周神经发育 |
| 2.4.4 下调基因的GO富集功能影响神经递质水平和突触功能 |
| 第三章 Sigma1R敲除对大鼠脊髓运动神经元的影响 |
| 引言 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 实验动物及分组 |
| 3.1.2 主要实验仪器及耗材 |
| 3.1.3 主要试剂 |
| 3.1.4 主要试剂配制 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 实验动物的基因组提取 |
| 3.2.2 Sigma1R敲除对大鼠脊髓运动神经元数量的影响 |
| 3.2.3 Sigma1R敲除对大鼠脊髓运动神经元兴奋性突触数量的影响 |
| 3.2.4 Sigma1R敲除对大鼠脊髓运动神经元突触超微结构的影响 |
| 3.3 实验结果 |
| 3.3.1 Sigma1R敲除大鼠脊髓运动神经元数量和面积都存在变化 |
| 3.3.2 Sigma1R敲除大鼠脊髓运动神经元胞体兴奋性突触数量存在变化 |
| 3.3.3 Sigma1R敲除对脊髓运动神经元突触超微结构的影响 |
| 3.4 小结与讨论 |
| 第四章 Sigma1R敲除对大鼠脊髓运动神经元电生理学功能特性的影响 |
| 引言 |
| 4.1 材料 |
| 4.1.1 实验动物及分组 |
| 4.1.2 主要实验仪器及耗材 |
| 4.1.3 实验所需试剂配制 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 大鼠脊髓脑片的制备和细胞活力评估 |
| 4.3.2 Sigma1R敲除对大鼠脊髓运动神经元的基本电生理性质的影响 |
| 4.3.3 Sigma1R敲除对大鼠脊髓运动神经元动作电位的影响 |
| 4.3.4 Sigma1R敲除对大鼠脊髓运动神经元兴奋性特性的影响 |
| 4.3.5 Sigma1R敲除对大鼠脊髓运动神经元突触后电流(PSC)的影响 |
| 4.3.6 Sigma1R敲除对大鼠脊髓运动神经元m EPSC的影响 |
| 4.4 小结与讨论 |
| 总结与展望 |
| 肝细胞癌中SNHG1 的表达和基因调控网络的研究 |
| 第五章 背景概述 |
| 5.1 肝癌概述 |
| 5.1.1 肝癌的形成机制 |
| 5.1.2 肝癌相关的部分基因 |
| 5.1.3 肝癌的筛查 |
| 5.1.4 肝癌的治疗 |
| 5.2 肝癌发生与miRNA |
| 5.2.1 微小RNA |
| 5.2.2 miRNA沉默基因表达的机制 |
| 5.2.3 miRNA参与癌症发生的机制 |
| 第六章 肝细胞癌中SNHG1 的表达研究 |
| 引言 |
| 6.1 材料 |
| 6.1.1 主要数据库 |
| 6.1.2 主要软件 |
| 6.2 实验方法 |
| 6.2.1 数据下载和组织 |
| 6.2.2 基因表达分析 |
| 6.2.3 功能分析 |
| 6.2.4 代谢通路分析 |
| 6.3 实验结果 |
| 6.3.1 RNA在 HCC中的表达 |
| 6.3.2 差异表达基因的功能注释和富集分析 |
| 6.3.3 差异表达基因的功能调控网络 |
| 6.3.4 肝癌中差异表达基因所影响的代谢通路 |
| 6.4 小结与讨论 |
| 第七章 肝细胞癌中SNHG1 的基因调控网络的研究 |
| 引言 |
| 7.1 实验材料 |
| 7.1.1 主要数据库 |
| 7.1.2 主要软件 |
| 7.2 实验方法 |
| 7.2.1 数据下载和组织 |
| 7.2.2 ceRNA网络分析 |
| 7.2.3 单变量生存分析 |
| 7.2.4 单细胞分析 |
| 7.3 实验结果 |
| 7.3.1 肝癌中的生物相互作用网络 |
| 7.3.2 肝细胞癌共表达基因的单因素生存分析 |
| 7.3.3 血管内皮细胞和巨噬细胞SNHG1 相关mRNA的表达 |
| 7.4 小结与讨论 |
| 总结与展望 |
| 附表 |
| 参考文献 |
| 攻博期间发表的科研成果 |
| 致谢 |
（3）长链非编码RNA CYTOR通过调节miR-125b-5p/KIAA1522轴影响肝细胞癌增殖、凋亡和细胞周期的机制研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词表 |
| 第一部分: 应用生物信息学方法筛选新的肝细胞癌相关的lncRNA/miRNA/mRNA调控轴 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 第二章 材料与方法 |
| 第三章 结果 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 第二部分: lncRNA CYTOR/miR-125b-5p/KIAA1522调控轴在肝细胞癌细胞系中的作用 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 引言 |
| 第二章 材料与方法 |
| 第三章 结果 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 第三部分 非编码RNA在肝细胞癌发生与发展中的调节作用及临床应用(文献综述) |
| 第一章 引言 |
| 第二章 作为ceRNA的ncRNA及其它ncRNA在肝细胞癌发展中的可能作用及机制 |
| 第三章 ncRNA在HCC诊断及预后中的临床应用 |
| 第四章 结论、局限性和展望 |
| 参考文献 |
| 博士期间发表论文情况 |
| 致谢 |
（4）基于生物信息学分析的肝细胞癌易感生物靶点筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 主要英文缩略词表 |
| 1.前言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.1.1 肝细胞癌 |
| 1.1.2 基因芯片数据挖掘 |
| 1.2 研究目的及意义 |
| 1.3 研究内容 |
| 2.研究资料与方法 |
| 2.1 研究资料 |
| 2.1.1 基因数据库 |
| 2.1.2 生物信息分析软件 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.2.1 数据检索与标准化处理 |
| 2.2.2 肝细胞癌差异表达基因的筛选 |
| 2.2.3 GO功能富集分析和KEGG通路富集分析 |
| 2.2.4 肝细胞癌蛋白交互作用网络的构建 |
| 2.2.5 疾病模块的构建以及功能分析 |
| 2.2.6 核心基因筛选 |
| 2.2.7 中国人群肝细胞癌易感基因多态性的Meta分析 |
| 2.2.9 研究流程图 |
| 3.结果 |
| 3.1 肝细胞癌差异表达基因筛选结果 |
| 3.2 差异基因功能及通路富集分析结果 |
| 3.3 肝细胞癌蛋白交互作用网络分析结果 |
| 3.4 疾病模块构建以及功能分析结果 |
| 3.5 肝细胞癌核心基因筛选结果 |
| 3.6 核心基因编码蛋白三维结构及生物学功能 |
| 3.7 核心基因在肝细胞癌和癌旁组织中的表达情况 |
| 3.8 中国人群肝细胞癌易感基因多态性Meta分析结果 |
| 3.8.1 CYP2E1 基因多态性与肝细胞癌易感性Meta分析 |
| 3.8.2 PTTG1 基因与肝细胞癌易感性Meta分析 |
| 4.讨论 |
| 4.1 功能富集分析及网络分析 |
| 4.2 核心基因筛选 |
| 4.3 肝细胞癌易感基因多态性的Meta分析 |
| 4.4 发展与展望 |
| 4.5 研究的局限性 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间的研究成果 |
（5）CMTM4在肝细胞癌发生发展中的作用及机制研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 英汉缩略词对照表 |
| 前言 |
| 第一部分 CMTM4在肝细胞癌中的表达及临床意义 |
| 1 实验材料与方法 |
| 1.1 组织标本与临床资料 |
| 1.2 主要实验试剂 |
| 1.3 主要实验仪器与实验设备 |
| 1.4 主要溶液配制 |
| 1.5 实验方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 CMTM4在肝细胞癌和癌旁组织中的表达 |
| 2.2 CMTM4的表达与肝细胞癌患者临床病理特征的关系 |
| 2.3 CMTM4表达与肝细胞癌患者术后生存时间的关系 |
| 3 讨论 |
| 第二部分 CMTM4在肝癌细胞中的功能和机制 |
| 1 研究内容与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 试剂与材料 |
| 1.3 实验方法 |
| 1.4 统计学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 肝癌细胞株中CMTM4的表达情况 |
| 2.2 CMTM4差异表达肝癌细胞株的构建 |
| 2.3 CMTM4对肝癌细胞增殖能力的影响 |
| 2.4 CMTM4对肝癌细胞凋亡和周期的影响 |
| 2.5 CMTM4对肝癌细胞侵袭迁移能力的影响 |
| 2.6 CMTM4差异表达后肝癌细胞株中EMT相关因子的表达 |
| 2.7 肝细胞癌与癌旁组织中EMT相关因子的表达情况 |
| 2.8 肝癌组织中CMTM4与EMT相关因子表达的相关性分析 |
| 3 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 CMTM4与肿瘤的研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
| 攻读学位期间获得的基金项目 |
| 致谢 |
（6）影像基因组学预测肝细胞癌根治术后病人预后的应用研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一部分 影像组学术前预测肝细胞癌根治术后早期复发 |
| 引言 |
| 1 研究材料和方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 第二部分 影像基因组学预测肝细胞癌根治术后无复发生存 |
| 引言 |
| 1 材料和方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 中英文缩写索引 |
| 博士在读期间发表论文 |
| 致谢 |
（7）利用加权基因共表达网络（WGCNA）筛选及鉴定肝细胞癌干细胞相关基因的研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 中英文对照缩略表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 转录组学研究、R语言及公共数据库 |
| 1.2.1 转录组学技术 |
| 1.2.2 R语言开发及公共数据库 |
| 1.3 肿瘤干细胞与干性指数(mRNAsi)模型 |
| 1.4 加权基因共表达网络分析 |
| 第二章 材料和方法 |
| 2.1 数据获取及预处理 |
| 2.2 mRNAsi与临床病理及预后的相关性 |
| 2.3 HCC差异表达基因分析 |
| 2.4 WGCNA网络构建 |
| 2.4.1 去除离群样本 |
| 2.4.2 筛选软阈值 |
| 2.4.3 网络构建和模块划分 |
| 2.4.4 确定关键模块,鉴定hub基因并筛选关键基因 |
| 2.5 关键基因差异分析及相关性分析 |
| 2.6 人类蛋白质图谱验证关键基因 |
| 2.7 关键基因生存分析及验证 |
| 2.8 免疫组织化学染色验证关键基因 |
| 2.8.1 组化标本来源 |
| 2.8.2 主要试剂与仪器 |
| 2.8.3 免疫组化步骤 |
| 2.8.4 免疫组化结果判读 |
| 2.9 统计学方法 |
| 第三章 研究结果 |
| 3.1 mRNAsi与临床病理学特征及预后的相关性 |
| 3.2 HCC组织与正常肝组织差异表达基因筛选结果 |
| 3.3 WGCNA关键模块及hub基因的确定 |
| 3.4 hub基因的GO和 KEGG通路富集分析 |
| 3.5 hub基因PPI网络的可视化分析 |
| 3.6 关键基因差异分析及基因共表达分析 |
| 3.7 人类蛋白质图谱验证关键基因表达 |
| 3.8 在线Kaplan-Meier生存曲线分析及验证 |
| 3.9 免疫组织化学染色结果 |
| 第四章 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 第六章 局限和展望 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 在学期间的研究成果 |
| 致谢 |
（8）LncRNA BZRAP1-AS1介导THBS1甲基化在肝细胞癌血管生成中的机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词表 |
| 引言 |
| 第一部分LncRNA BZRAP1-AS1在肝细胞癌组织中的表达及其临床意义 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 统计学方法 |
| 2. 实验结果 |
| 2.1 LncRNA BZRAP1-AS1在肝癌组织中表达的临床意义 |
| 2.2 LncRNA BZRAP1-AS1在肝细胞癌细胞内的定位 |
| 2.3 LncRNA BZRAP1-AS1基因在肝细胞癌组织中高表达 |
| 3. 讨论 |
| 4. 结论 |
| 第二部分 LncRNA BZRAP1-AS1、DNMT3b、THBS1的相互作用关系 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 统计学方法 |
| 2. 结果 |
| 2.1 LncRNA BZRAP1-AS1与肝细胞癌的血管生成的关系 |
| 2.2 LncRNA BZRAP1-AS1与DNMT3b、THBS1之间的作用关系 |
| 3. 讨论 |
| 4. 结论 |
| 第三部分 LncRNA BZRAP1-AS1在体内对肝细胞癌进展的影响 |
| 1. 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 实验方法 |
| 1.3 统计学方法 |
| 2. 结果 |
| 2.1 LncRNA BZRAP1-AS1、DNMT、THBS1在肝细胞癌细胞系中的作用 |
| 2.2 LncRNA BZRAP1-AS1在体内促进肝细胞癌血管生成 |
| 3. 讨论 |
| 4. 结论 |
| 参考文献 |
| 综述: BZRAP1-AS1在恶性肿瘤中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 博士研究生期间发表的论文 |
| 致谢 |
（9）非酒精性脂肪性肝病相关miRNA差异表达谱的初步分析和功能研究（论文提纲范文）
| 英文缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 第一部分 NAFLD患者血清外泌体miRNA差异表达谱的筛选及验证 |
| 材料和方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 第二部分 相关miRNA在NAFLD动物模型肝脏表达情况 |
| 材料和方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 第三部分 相关miRNA的靶基因预测与生物信息学分析 |
| 材料和方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 缺点和不足 |
| 参考文献 |
| 文献综述 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士期间发表的文章 |
| 致谢 |
（10）乙肝相关性原发性肝细胞癌切除术后行TACE致ALT，AST变化相关的单核苷酸多态性特征筛查及验证（论文提纲范文）
| 个人简历 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 第一部分 乙肝相关性原发性肝细胞癌切除术后行TACE致ALT,AST变化的临床病理特征和预后分析及全外显子单核苷酸多态性特征筛查 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第二部分 乙肝相关性原发性肝细胞癌切除术后行TACE致ALT,AST变化的候选单核苷酸多态性位点GOSR2-rs197922的二期队列验证 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第三部分 基于全基因组数据集对GOSR2基因在原发性肝细胞癌中的临床应用价值及分子机制研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第四部分 乙肝相关性原发性肝细胞癌GOSR2表达水平和rs197922的临床病理特征及预后分析 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第五部分 GOSR2基因在原发性肝细胞癌中的生物学功能鉴定及其在正常肝细胞系中与ALT,AST的调控关系研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 附录 中英文缩略词表 |
| 附表 |
| 综述 基于TCGA多组学全基因组数据集筛选原发性肝细胞癌相关分子标志物的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的论文 |
四、肝硬化患者发生的肝细胞癌差异表达基因文库的构建及初步筛选（论文参考文献）
- [1]基于生物信息学的茵陈蒿汤和茵栀黄颗粒抑制肝脏炎癌转化机制研究[D]. 张景媛. 北京中医药大学, 2021
- [2]Sigma1R对大鼠脊髓运动神经元的功能影响及肝细胞癌中SNHG1基因调控网络的研究[D]. 郑超然. 武汉大学, 2021(02)
- [3]长链非编码RNA CYTOR通过调节miR-125b-5p/KIAA1522轴影响肝细胞癌增殖、凋亡和细胞周期的机制研究[D]. 胡博. 北京协和医学院, 2021(02)
- [4]基于生物信息学分析的肝细胞癌易感生物靶点筛选[D]. 黄成. 湖南师范大学, 2020(01)
- [5]CMTM4在肝细胞癌发生发展中的作用及机制研究[D]. 孔娟. 桂林医学院, 2020(03)
- [6]影像基因组学预测肝细胞癌根治术后病人预后的应用研究[D]. 朱红波. 南方医科大学, 2020(01)
- [7]利用加权基因共表达网络（WGCNA）筛选及鉴定肝细胞癌干细胞相关基因的研究[D]. 徐贺龙. 兰州大学, 2020(01)
- [8]LncRNA BZRAP1-AS1介导THBS1甲基化在肝细胞癌血管生成中的机制研究[D]. 王维伟. 郑州大学, 2020(02)
- [9]非酒精性脂肪性肝病相关miRNA差异表达谱的初步分析和功能研究[D]. 张帅. 中国人民解放军医学院, 2019(03)
- [10]乙肝相关性原发性肝细胞癌切除术后行TACE致ALT，AST变化相关的单核苷酸多态性特征筛查及验证[D]. 廖锡文. 广西医科大学, 2019(08)