导读:本文包含了表达序列标签数据库论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:结球大白菜,软腐病,基因表达序列标签,基因芯片
表达序列标签数据库论文文献综述
张松贺[1]（2006）在《结球大白菜表达序列标签数据库构建与软腐病菌胁迫下的基因表达分析》一文中研究指出结球大白菜(Brassica rapa L．ssp．pekinensis)，原产于我国，是我国北方重要蔬菜之一，广泛种植在东亚地区。结球大白菜软腐病是由软腐病菌(Erwinia carotovorasubsp．carotovora)引起的，是结球大白菜叁大病害之一，造成结球大白菜大量减产和品质下降。目前生产上高抗软腐病品种资源少，加之对结球大白菜抗病机制认识的匮乏，从而严重影响了抗软腐病育种工作进程。为从分子水平研究和理解结球大白菜抗软腐病的分子机制，本文通过对受软腐病菌感染的结球大白菜SSH cDNA文库进行大规模测序、构建ESTs(基因表达序列标签)数据库、开发数据库管理软件和制作cDNA芯片，对结球大白菜抗软腐病基因表达谱进行了分析。在此基础上，研究了木质素的合成在结球大白菜防卫软腐病反应中的变化。研究的主要结果如下：1、结球大白菜ESTs数据的获取与分析本研究对已构建的SSH cDNA文库进行测序，获取了5，242条高质量ESTs，连同实验室以前所测的部分序列，最终共获得了6，282条ESTs。经利用DNAStar6.0的SeqmanⅡsoftware进行序列拼接分析，将6，282条ESTs生成2，975个序列簇(UniESTs)，其中包括1，173条contigs(片段重迭群)和1，802条singletons(单序列)。通过BLAST(x)分析对UniESTs在本地化的非冗余数据库中(下载自NCBI站点)进行了功能注释，然后根据推测功能进行分类．功能已知部分有1，978条，分为11类，其中包含UniESTs数目较多的几个类别是：基础代谢基因426个(14.33％)，防卫和胁迫相关基因262个(8.81％)，物质运输相关基因247个(8.30％)，能量代谢基因183个(6.16％)，信号转导有关基因179个(6.02％)和次生代谢基因160个(5.38％)。在功能未知部分中，与当前非冗余数据库中已知基因生物学相似性不显着的有485个(16.31％)，包括49 uniESTs结果为无纪录发现(no hits found)，可能是新基因序列；512条uniESTs虽然与其它基因有生物学相似性，但是其基因功能未知，需要深入研究。对文库中基因的出现频次进行统计，发现有61个(2.05％)基因的ESTs出现频次大于10次，主要由光合作用和防卫反应相关基因组成。前者包括捕光叶绿素a／b结合蛋白、氧气释放蛋白复合体、NADPH氧化还原酶和核酮糖-1，5-二磷酸羧化酶等基因；后者包括几丁质酶、热休克蛋白、衰老相关蛋白、防卫素和PR4蛋白等基因。2、结球大白菜ESTs数据库的构建及相关程序的开发为了加速数据分析进程，本研究应用Phred、DNAstar等生物信息学软件以及我们自己开发的PERL程序和ESTs数据转换软件Convert对结球大白菜SSH cDNA中的ESTs数据进行了整理和分析，然后构建了专门存放结球大白菜ESTs信息的数据库，开发了结球大白菜数据库管理软件Genemaster和数据库网站查询系统。该数据库存放ESTs数据格式与GenBank中dbEST数据库的相似。这一数据分析管理系统的建立为ESTs数据的搜集、整理、分析、储存、管理和利用提供了方便。3、cDNA芯片的制作与抗软腐病基因表达谱分析为了检测结球大白菜受软腐病侵染过程中基因表达变化，本文对所获取的软腐病菌感染的结球大白菜SSH cDNA文库的6，282条ESTs和结球叶片cDNA文库的2，372条ESTs进行拼接分析后，从中挑选出4，128条ESTs，用于制备结球大白菜cDNA芯片；并利用基因芯片检测在接种软腐病后6个时间点的结球大白菜基因表达变化。结果显示，共有913(22.11％)个基因被检测到差异表达，其中有488个基因上调表达，309个下调表达，116个基因在不同时间点上调或下调表达．不同接种时间差异表达的基因数目也有变化，从0.5小时到2小时为上升期，在6小时开始下降，然后，随着时间的延长表达的基因数目逐渐减少，尤其在接种后24小时的上调和下调表达基因数目仅为接种后2小时的1／2和1／4。这说明侵染的前6小时结球大白菜对寄主植物的调控比较剧烈，该时期是结球大白菜对软腐病菌防卫反应重要的调控期。通过聚类分析将表达基因分为四大类型，第一类，如光合系统相关基因，在接种后2小时明显上调表达其它时间点逐渐下调或差异不显着，提示光合效率逐渐下降可能与活性氧的破坏相关；第二类，如细胞衰老相关基因、几丁质酶类和过氧化氢酶基因，在接种后半小时表达上调表达，在其它时间点下调表达或差异不显着，提示这些基因可能与结球大白菜的早期过敏性抗病机制有关；第叁类，如基础代谢及蛋白质合成相关基因，在接种后半小时和2小时下调表达，在其它时间点上调或差异不显着，表明在病原菌侵染早期结球大白菜的基础代谢和物质合成受到抑制；第四类，主要为参与抗病信号识别、信号转导、信号激素合成、蛋白降解、转录、次生代谢合成、防卫／抗逆反应等类型的基因，在多个时间点上调表达，提示这些基因在对软腐病菌的防卫反应整个过程中起作用。在这四类基因表达类型中，有叁分之一的基因为功能未知类型基因，这些基因可能是新发现的受软腐病原菌侵染调控的基因类型，它们在抗病中的作用有待于深入研究。4、木质素在抗软腐病中的作用软腐病菌侵染过程中主要依靠分泌细胞壁降解酶降解植物细胞壁以获取营养，而木质化的植物细胞壁有助于限制病原菌的渗透和扩散。前面的研究表明，木质素合成相关基因在接种后呈上调表达。为了深入研究木质素合成及不同组分在抗软腐病过程中的作用，我们研究了木质素含量、组分以及相关基因的表达。DAB染色结果显示，与健康植株相比，伤害和针刺接种软腐病菌12小时后的植株在其伤害和接种位点都显示红棕色变化，表明在伤口和接种位点都积累H_2O_2和过氧化物酶活性。与伤害对照相比，在接种后12、24和72小时，Ecc侵染的材料中的Klason木质素的含量分别增加了7.84％、40.37％和43.13％，表明随着病程发展，防卫相关木质素的合成加强。气相色谱-质谱(GC-MS)分析接种处理后72小时叶柄细胞壁的硝基苯氧化组分表明：与健康植株对照相比，伤害对照和接种材料中的对-羟基苯基木质素(H)，愈创木基木质素(G)和紫丁香基木质素(S)单体都增加，且G和S比H增加显着。在木质素合成过程中，目前已知共有10种酶参与，主要包括：普通苯丙烷途径的苯丙氨酸解氨酶(PAL)，肉桂酸4-羟化酶(C4H)和4-香豆酰CoA连接酶(4CL)；G和S木质素单体合成途径的肉桂酸-3-羟化酶(C3H)，咖啡酸-O-甲基转移酶(COMT)，咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶(CCoAOMT)，阿魏酸5-羟化酶(F5H)和对羟基桂皮酰基-CoA-莽草酸／奎宁酸对羟基桂皮酰基转移酶(HCT)；叁种单体合成过程中共同需要的肉桂酰-辅酶A还原酶(CCR)和肉桂醇脱氢酶(CAD)等。本研究采用3’／5’RACE法克隆到两个该途径的酶的基因，一个为C4H，全长为1733 bp，其中编码区长1518 bp，推测编码蛋白大小57.63 KD；另一个为CCoAOMT，全长1106bp，编码区长777 bp(57-833)，推测编码蛋白29.02 KD。木质素的含量与其合成过程中关键酶基因的表达相联系，我们对12个木质素合成相关基因的表达进行了分析，结果表明，所有基因在伤害和接种处理后都能够被诱导增强表达，这个结果与木质素组分的增加相一致，其中COMT和CCoAOMT的增强表达与G和S单体的增加相吻合。上述结果表明，伤害和Ecc感染所诱导的“防卫木质素”的单体组成与正常发育的不相同；在软腐病菌侵染过程中，植株对G和S单体的调节比较显着。因此，G和S木质素单体可能在对软腐病菌的防卫反应中被积极调控。(本文来源于《南京农业大学》期刊2006-12-01）
金红建,邵健忠,项黎新[2]（2005）在《表达序列标签数据库搜索克隆斑马鱼QM基因及其数字化差异显示分析》一文中研究指出QM基因是一种与肿瘤抑制、细胞生长、分化、发育和凋亡等有关的重要基因,已在人类及许多物种中得到了克隆,但鱼类中尚无报道。我们利用表达序列标签数据库和电子克隆等技术,成功克隆了斑马鱼QM基因,并对该基因的结构进行了系统分析。结果显示,斑马鱼QM基因cDNA全长769bp,含648bp开放阅读框架,编码215个氨基酸,5’UTR25bp,3’UTR122bp,所编码的QM多肽分子量24.6kDa,等电点(pI)10.6,含潜在的蛋白酶C磷酸化位点、N-酰基化位点和酰胺化位点。比较斑马鱼QM和人等13个物种QM的同源性,发现其氨基酸序列相似性为66%~92%。数字化差异显示分析结果表明,QM基因在斑马鱼胚胎及成体多种组织中均有广泛表达。研究结果为今后利用生物信息学快速克隆新的鱼类功能基因打下了方法学基础,也为进一步研究鱼类QM基因功能提供了依据。(本文来源于《水产学报》期刊2005年05期）
徐琪,肖小珺,刘博,盛浩伟[3]（2003）在《表达序列标签(ESTs)及其数据库》一文中研究指出表达序列标签(EST)是在生物体中表达基因的一段cDNA序列,它已成为基因定位、基因克 隆、基因表达序列分析的有力工具。本文主要介绍了EST的制备方法,EST数据库,同时分析了EST在应 用中应解决的问题,并展望了其应用前景。(本文来源于《吉林畜牧兽医》期刊2003年10期）
于浩,刘娣,杨秀芹[4]（2003）在《基于表达序列标签数据库(dbEST)的电子克隆技术》一文中研究指出传统的克隆ｃＤＮＡ的方法是采用克隆原位杂交筛选ｃＤ ＮＡ文库或是利用基因特异引物 (ＧＳＰ)进行ｃＤＮＡ末端快速扩增 (ＲＡＣＥ) ,其特点是费时费力、花费高、成功率低。随着基因组测序和生物信息学技术的迅猛发展 ,尤其是国际联合序列数据库 (Ｇｅｎｂａｎ(本文来源于《黑龙江畜牧兽医》期刊2003年04期）
钱骏,董利,张必成,王洁如,周鸣[5]（2002）在《表达序列标签数据库搜索鉴定小鼠UBAP1基因及其数字化表达分析》一文中研究指出UBAP1(ubiquitinassociatedprotein 1)基因是最近克隆的一个定位于人类染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失高频区的泛肽相关蛋白家族新成员 .为了深入研究UBAP1基因的功能 ,利用计算机对表达序列标签(expressedsequencetag ,EST)、UniGene等数据库进行综合搜索分析 ,结合cDNA克隆测序的方法 ,成功地获得了UBAP1基因在小鼠中的同源基因 .小鼠UBAP1基因cDNA全长为 2 6 76bp ,编码一个由 44 1个氨基酸组成的蛋白质 ,在其蛋白质C端只有一个泛肽相关功能域 (UBAdomain) .与人UBAP1基因相比 ,两者编码的氨基酸序列有 89%相同 .基于EST的数字化表达分析显示UBAP1基因在小鼠正常组织中广泛高表达 .(本文来源于《生物化学与生物物理进展》期刊2002年02期）
表达序列标签数据库论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
QM基因是一种与肿瘤抑制、细胞生长、分化、发育和凋亡等有关的重要基因,已在人类及许多物种中得到了克隆,但鱼类中尚无报道。我们利用表达序列标签数据库和电子克隆等技术,成功克隆了斑马鱼QM基因,并对该基因的结构进行了系统分析。结果显示,斑马鱼QM基因cDNA全长769bp,含648bp开放阅读框架,编码215个氨基酸,5’UTR25bp,3’UTR122bp,所编码的QM多肽分子量24.6kDa,等电点(pI)10.6,含潜在的蛋白酶C磷酸化位点、N-酰基化位点和酰胺化位点。比较斑马鱼QM和人等13个物种QM的同源性,发现其氨基酸序列相似性为66%~92%。数字化差异显示分析结果表明,QM基因在斑马鱼胚胎及成体多种组织中均有广泛表达。研究结果为今后利用生物信息学快速克隆新的鱼类功能基因打下了方法学基础,也为进一步研究鱼类QM基因功能提供了依据。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
表达序列标签数据库论文参考文献
[1].张松贺.结球大白菜表达序列标签数据库构建与软腐病菌胁迫下的基因表达分析[D].南京农业大学.2006
[2].金红建,邵健忠,项黎新.表达序列标签数据库搜索克隆斑马鱼QM基因及其数字化差异显示分析[J].水产学报.2005
[3].徐琪,肖小珺,刘博,盛浩伟.表达序列标签(ESTs)及其数据库[J].吉林畜牧兽医.2003
[4].于浩,刘娣,杨秀芹.基于表达序列标签数据库(dbEST)的电子克隆技术[J].黑龙江畜牧兽医.2003
[5].钱骏,董利,张必成,王洁如,周鸣.表达序列标签数据库搜索鉴定小鼠UBAP1基因及其数字化表达分析[J].生物化学与生物物理进展.2002