文库分析论文-简忠领,赵丽丽,王普昶,孙小富,陈超

文库分析论文-简忠领,赵丽丽,王普昶,孙小富,陈超

导读:本文包含了文库分析论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献,主要关键词:干旱胁迫,百脉根,高抗旱性,B08种质

文库分析论文文献综述

简忠领,赵丽丽,王普昶,孙小富,陈超[1](2019)在《干旱胁迫下耐旱野生百脉根抑制消减文库构建与分析》一文中研究指出百脉根(Lotus corniculatus)是一种具有广阔应用前景的豆科牧草,但推广利用效率受干旱影响严重。为解决这一问题,本课题组经过多年研究,筛选出了高耐旱性百脉根种质B08,为进一步研究B08种质的抗旱机理,本实验运用抑制消减杂交(suppression subtractive hybridization, SSH)技术构建了B08百脉根干旱胁迫诱导基因表达的正反向抑制消减杂交c DNA文库,从正反向文库中各随机挑选600个阳性克隆进行测序分析,结果表明:(1)正反向文库分别得到574条和595条高质量序列,平均长度分别为207.5和242.7 bp。对高质量序列数据进行数据组装,最终得到632条unigenes序列,其中正库获得178条,反库获得454条。(2)将获得的632条unigenes序列与公共数据库进行BLAST比对,最终有147条序列被注释成功,其中80条是功能已知的基因,67条是功能未知基因,此外还发现了485条新基因。(3)对NCBI NonRedundant Protein Sequence Database (nr)注释结果进行物种统计,结果显示与毛果杨(Populus trichocarpa)、苹果(Malus domestica)、菠菜(Spinacia oleracea)、大麦(Hordeum vulgare)、油菜(Brassica napus)、木豆(Cajanus cajan)、鹰嘴豆(Cicer arietinum)、中果咖啡(Coffea canephora)等同源性较高。对正反文库筛选到的序列进行基因本体(Gene Ontology, GO)功能分类,结果显示参与细胞、细胞成分、细胞器、结合活性、代谢过程、催化活性、细胞过程的序列所占比例较大。(4)获得的unigenes涉及植物光合作用、能量代谢、激素的合成、蛋白质代谢、核酸代谢、离子转运和信号转导等。(5)发现了和植物抗旱机制密切相关的丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶(serine/threonine-protein phosphatase)、类钙调素蛋白(calmodulin-like protein,CML)、吲哚-3-乙酸诱导蛋白ARG7 (indole-3-acetic acid-induced protein ARG7)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase, MAPK)。本研究结果为下一步克隆并验证百脉根抗旱相关基因、发现抗旱相关新基因、研究百脉根抗旱分子机制以及培育高抗旱性百脉根品种提供了基础资料。(本文来源于《农业生物技术学报》期刊2019年12期)

宋丹丹,王龙,魏红静,史文竞,朱传坤[2](2019)在《克氏原螯虾微卫星文库构建及多态性分析》一文中研究指出采用磁珠富集法构建了克氏原螯虾(GT)_n重复类型的微卫星富集文库。随机检测了82个克隆,其中有78个为阳性,阳性率达95.1%。对75个阳性单克隆进行测序后,共获得序列57条,其中43条含有微卫星序列,微卫星富集效率为75.4%。根据43条含微卫星的序列共设计了21对引物,其中18对可扩增出稳定条带,并且有9对表现为多态性。在测试群体中对9个多态标记的检测结果显示,等位基因数为2~6个(平均4个),观测杂合度为0.3522~0.6667(平均0.5856),期望杂合度为0.3704~0.8390(平均0.6291),多态信息含量为0.2859~0.8001(平均0.5584)。本研究开发的微卫星标记将为今后克氏原螯虾及其近缘物种的群体遗传结构分析、种质资源保护、遗传图谱构建等遗传学和基因组学研究提供有利工具。(本文来源于《水产科学》期刊2019年06期)

朱玮芳,王莉莉,徐涤,王洁,李凤婷[3](2019)在《龙须菜不同世代间SSH文库差显基因的信息学分析及部分序列的转录验证》一文中研究指出本研究通过对5个龙须菜(Gracilariopsis lemaneiformis)抑制性消减杂交文库(SSH文库)的1 873条差异显示序列进行聚类和生物信息学分析,共获得118个重迭群以及247条未被聚类进任何重迭群的单条序列。Blast2GO注释分析结果说明龙须菜性别和世代的遗传是由多因子参与、多细胞共同完成的复杂生命活动。选取8条差显序列进行了实时荧光定量PCR分析以验证数据的可靠性,发现尽管SSH文库具有较高的假阳性率,但对斑点杂交结果进行进一步的聚类分析和RT-qPCR验证后可以有效提高实验结果的可信度,并从中发现contig03和7310很可能真正与雌配子体世代相关。(本文来源于《中国海洋大学学报(自然科学版)》期刊2019年11期)

孟涛[4](2019)在《基于CSSCI的国家哲学社会科学成果文库(2004—2016)引用分析》一文中研究指出文章以CSSCI数据库为数据源,2004—2016年间成果文库着作为研究对象,通过引文分析从立项年份、学科和出版社叁个角度进行统计和分析。研究有助于全面展现国家哲学社会科学成果文库在我国哲学社会科学研究中的学术影响力,揭示成果文库对我国社会科学研究的促进和引领作用。(本文来源于《情报资料工作》期刊2019年05期)

谈小龙,苗天宝,高敏,杨丹[5](2019)在《科研合作对论文产出质量影响的研究——一种基于Scopus引文库的分析方法》一文中研究指出本文基于Scopus数据库,从合作方式、合作机构角度,采用总被引次数、篇均被引次数、FWCI值对H大学"双一流"建设学科2013-2017年科研合作与合作发文质量进行分析,并提出提升学科科研产出质量的对策:应鼓励高水平科研合作,减少低水平期刊论文发文量,提升整体论文产出的FWCI值;加强政策引导和激励,扩大"双一流"建设学科的国际合作论文比例;精准选取国内外科研机构和科研合作团队,提升高水准的国际合作,提升科研论文产出的影响力。本文研究思路、方法,相关结论与建议亦可供同类型高校参考与借鉴。(本文来源于《科教导刊(上旬刊)》期刊2019年09期)

罗松予,罗美中,刘忠松[6](2019)在《芥菜型油菜品种四川黄籽的BAC文库构建与分析》一文中研究指出为促进黄籽油菜的基因组研究和利用,构建了芥菜型油菜黄籽品种四川黄籽的高质量BAC文库。该文库由82 944个单克隆组成,被保存在216块384孔板中。质粒酶切检测结果表明,文库的平均插入片段大小约为140kb,空载率约为2.5%,按照芥菜型油菜基因组1 000 Mb计算,文库覆盖度约为油菜基因组的11.6倍。BAC末端序列比对分析结果显示,克隆被均匀比对到芥菜型油菜的18条染色体上,并且无任何叶绿体、线粒体和细菌基因组DNA污染。(本文来源于《华中农业大学学报》期刊2019年05期)

杨雁霞,范琴,杨云娟,唐湘华,慕跃林[7](2019)在《胃肠道微生物宏基因组文库耐盐菌株的筛选、测序及潜在耐盐基因分析》一文中研究指出【背景】研究证实胃肠道微生物蕴含着丰富的耐盐基因,并可通过宏基因组学技术进行挖掘。【目的】对倭蜂猴粪便微生物宏基因组文库耐盐菌株筛选、测序并分析其潜在耐盐基因。【方法】通过7%NaCl从已构建的倭蜂猴粪便微生物宏基因组文库中筛选耐盐菌株,利用Illumina Solexa Genome Analyzer高通量测(本文来源于《第十二届中国酶工程学术研讨会论文摘要集》期刊2019-08-08)

梁孟杰[8](2019)在《基于糜子BAC文库测序法的unmapped reads分析及线粒体基因组组装》一文中研究指出测序技术的飞速发展,让我们能够从基因组的角度对物种进行研究。通常在处理高通量测序数据的第一步是将得到的测序数据与参考基因组进行比对,提取匹配的数据进行后续分析,不匹配(unmapped reads)的数据则被忽略。而在这些unmapped reads中却包含有一些重要的生物学信息,如参考基因组缺失序列、物种特异性序列或样品中含有的污染序列等。本文利用基于BAC文库混合池测序法,通过对糜子(Panicum miliaceum L.)基因组测序数据中的unmapped reads进行组装,总共鉴定得到了135条缺失序列和64条特异性序列以及一些样品污染序列。线粒体基因组作为植物遗传信息不可或缺的一部分,在系统进化和基因工程等领域发挥着重要作用。糜子,作为一种重要的古老农作物,进行线粒体基因组组装和分析,对完善其基因组信息具有重要的意义。目前糜子的线粒体基因组数据还没有被发表,本研究结合第二代和第叁代DNA测序数据,通过采用迭代循环组装的方法得到了长度为484522bp、GC含量为43.76%的糜子线粒体基因组的核心序列。通过基因注释分析,发现基因间区在糜子线粒体基因组中占比较大,达到79.22%;编码区只占20.78%,含71个编码基因。进行密码子偏好性分析,发现其密码子的偏性较弱,自然选择压力和突变共同影响密码子偏好性。通过对蛋白编码区密码子进行的分析,得到了10个最优密码子。(本文来源于《华中农业大学》期刊2019-06-01)

简忠领[9](2019)在《干旱胁迫下百脉根SSH文库构建与分析》一文中研究指出百脉根(Lotus corniculatus)作为优良豆科牧草有很大的利用前景,但干旱限制了其推广利用效率。研究植物在干旱胁迫下基因的差异表达是寻找抗旱基因和培育抗旱品种的重要手段。抑制消减杂交是筛选差异表达基因的一种有效方法。为培育高抗旱性百脉根种质,本课题组经过多年研究筛选出高抗旱性百脉根种质B08,为了解B08百脉根种质抗旱机理、培育高抗旱性百脉根、挖掘相关抗旱基因、推广利用B08百脉根,本研究以B08百脉根叶片为材料,采用抑制消减杂交技术构建干旱胁迫下B08百脉根正反抑制消减文库,从正反文库中各随机挑选600个阳性克隆测序分析,筛选到了B08百脉根抗旱相关基因,再通过对这些基因所调控的抗旱相关植物激素、渗透性调节物质、叶绿素、抗氧化酶活性进行测定,得到以下结论:(1)成功构建了B08百脉根种质SSH c DNA文库。(2)正反文库各得到574条、595条高质量序列,正库序列平均长度为207.5 bp,反库序列平均长度为242.7 bp。使用Phred对测序得到的1 169条高质量序列数据进行组装,最终得到632条Unigene序列(又称独立基因),其中正向文库178条,反向文库454条。(3)用得到的632条Unigene分别与NCBI nt、NCBI nr、Swissport等数据库进行Blast比对,有147条基因注释成功,另外还发现了485条新基因。所得到的632条Unigene序列比对结果显示,这些基因大部分与百脉根基因组DNA1-6号染色体上的基因同源。(4)对NCBI nr注释结果进行物种统计,结果显示与毛果杨、苹果、菠菜、大麦、油菜等同源性较高。对正反库注释信息进行物种统计,这些基因中参与细胞及细胞器构成、结合活性、细胞代谢过程、催化作用的比例较大。(5)得到的Unigene涉及植物激素合成、能量代谢、光合作用、蛋白质代谢、离子转运、核酸代谢、信号转导等。(6)发现了与植物抗旱密切相关的吲哚-3-乙酸诱导蛋白ARG7(Indole-3-acetic acid-induced protein ARG7)、丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶(Serine/Threonine-protein phosphatase)、类钙调素蛋白(Calmodulin-like protein,CML)、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated protein kinase,MAPK)等。(7)ARG7基因差异表达的干旱处理组百脉根叶片脯氨酸、可溶性糖含量显着高于对照组(P<0.05)。干旱第3 d、5 d、7 d各处理脯氨酸含量分别增加了7.9倍、8.1倍、8.4倍,增强了百脉根抗旱性。(8)类钙调素蛋白基因差异表达的干旱处理组百脉根叶片过氧化氢酶、过氧化物酶、超氧化物歧化酶活性显着提高(P<0.05)。干旱第3 d、5 d、7 d各处理过氧化氢酶活性分别增加了4.1倍、1.9倍、4.0倍,过氧化物酶活性分别增加了3.7倍、5.4倍、4.6倍,超氧化物歧化酶活性分别增加了3.5倍、1.8倍、2.9倍,有利于清除百脉根叶片细胞中的活性氧,提高抗旱性。(9)干旱处理下,百脉根叶片叶绿素a叶绿素b,总叶绿素含量显着降低,第5d开始无显着变化。类钙调素蛋白基因差异表达的干旱处理组百脉根叶片中叶绿素a/b的值显着高于对照组。(10)丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶、ARG7基因差异表达的处理组百脉根叶片IAA、ABA含量显着增加(P<0.05)。干旱第3 d、5 d、7 d各处理IAA含量分别增加了1.5倍、1.2倍、1.3倍,ABA含量分别增加了46.14%、53.34%、46.45%,增强了百脉根对干旱环境的适应性。(本文来源于《贵州大学》期刊2019-06-01)

[10](2019)在《“中国教育管理文库”最新推出《学校法律问题分析》》一文中研究指出教育科学出版社全国百佳图书出版单位中国出版政府奖先进出版单位聚焦学校法律实务案例解析教育法理本书以学校管理过程中经常出现的法律问题为主线,选择中小学教育教学与管理中的经典案例,结合教育法理与教育法律规范,阐述了学校中的法律关系与法律问题,通过案例讲述法律规范、阐明法理,使得抽象的法理、枯燥的法律条文易于理解,便于掌握。(本文来源于《教育研究》期刊2019年05期)

文库分析论文开题报告

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

采用磁珠富集法构建了克氏原螯虾(GT)_n重复类型的微卫星富集文库。随机检测了82个克隆,其中有78个为阳性,阳性率达95.1%。对75个阳性单克隆进行测序后,共获得序列57条,其中43条含有微卫星序列,微卫星富集效率为75.4%。根据43条含微卫星的序列共设计了21对引物,其中18对可扩增出稳定条带,并且有9对表现为多态性。在测试群体中对9个多态标记的检测结果显示,等位基因数为2~6个(平均4个),观测杂合度为0.3522~0.6667(平均0.5856),期望杂合度为0.3704~0.8390(平均0.6291),多态信息含量为0.2859~0.8001(平均0.5584)。本研究开发的微卫星标记将为今后克氏原螯虾及其近缘物种的群体遗传结构分析、种质资源保护、遗传图谱构建等遗传学和基因组学研究提供有利工具。

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

文库分析论文参考文献

[1].简忠领,赵丽丽,王普昶,孙小富,陈超.干旱胁迫下耐旱野生百脉根抑制消减文库构建与分析[J].农业生物技术学报.2019

[2].宋丹丹,王龙,魏红静,史文竞,朱传坤.克氏原螯虾微卫星文库构建及多态性分析[J].水产科学.2019

[3].朱玮芳,王莉莉,徐涤,王洁,李凤婷.龙须菜不同世代间SSH文库差显基因的信息学分析及部分序列的转录验证[J].中国海洋大学学报(自然科学版).2019

[4].孟涛.基于CSSCI的国家哲学社会科学成果文库(2004—2016)引用分析[J].情报资料工作.2019

[5].谈小龙,苗天宝,高敏,杨丹.科研合作对论文产出质量影响的研究——一种基于Scopus引文库的分析方法[J].科教导刊(上旬刊).2019

[6].罗松予,罗美中,刘忠松.芥菜型油菜品种四川黄籽的BAC文库构建与分析[J].华中农业大学学报.2019

[7].杨雁霞,范琴,杨云娟,唐湘华,慕跃林.胃肠道微生物宏基因组文库耐盐菌株的筛选、测序及潜在耐盐基因分析[C].第十二届中国酶工程学术研讨会论文摘要集.2019

[8].梁孟杰.基于糜子BAC文库测序法的unmappedreads分析及线粒体基因组组装[D].华中农业大学.2019

[9].简忠领.干旱胁迫下百脉根SSH文库构建与分析[D].贵州大学.2019

[10]..“中国教育管理文库”最新推出《学校法律问题分析》[J].教育研究.2019

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