导读:本文包含了测序策略论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:肿瘤,新生抗原,质谱
测序策略论文文献综述
王赟[1]（2019）在《结合基因测序与质谱鉴定MHC-Ⅰ递呈的新生抗原肽的策略研究》一文中研究指出肿瘤是基因的体细胞突变的累积导致的。新生抗原肽是由这些突变造成的氨基酸序列变化的蛋白质在一系列生化反应后被MHC-Ⅰ分子递呈的一段含有突变氨基酸的多肽。新生抗原肽只表达于肿瘤细胞表面,并且不受免疫耐受的影响,这使其成为免疫治疗的理想靶点。本文结合质谱和新一代高通量测序技术,利用免疫沉淀和蛋白提取两种策略尝试从人肿瘤细胞系和实体瘤组织中发现新生抗原肽。免疫沉淀非小细胞肺癌细胞系NCI-H460总共鉴定到758条不同的递呈肽,并鉴定到一条癌胚抗原肽EVSEPSMLQK。我们合成了包括癌胚抗原肽的4条多肽进行验证,进一步增加了鉴定到的多肽的可信度。但是,通过免疫沉淀的方式,我们未能从细胞系或是人肿瘤组织中鉴定到新生抗原肽。蛋白提取的结果显示甲醇/氯仿提取后Trypsin酶解适用于发现肿瘤组织或肿瘤细胞系中由点突变形成的新生抗原。TritonX-114的提取方式可以对甲醇/氯仿的结果进行扩充。在不同肿瘤组织的实验证实了这两种提取方法的可行性。我们合成验证了其中一条突变多肽,并结合预测得到一条新生抗原肽KAYHEQLSV。因此,质谱鉴定得到的新生抗原,可优先进行新生抗原肽的预测和免疫原性的检测。此外,实体瘤组织中新生抗原肽的鉴定需要建立新的方法。(本文来源于《浙江大学》期刊2019-01-01）
徐伟南,黄蓉梅,刘媛媛,仝宗军,韩星[2]（2018）在《金针菇基因组测序与组装策略分析》一文中研究指出采用二代和叁代测序技术分别对金针菇单核体菌株"6-3"进行测序,应用4种组装策略进行基因组的denovo组装,对比组装效果。基因组组装的参数方面,仅使用二代测序组装的效果最差,长度大于10kb的Contig全长只有24.6Mb,Contig N50只有23kb,组装率只有59.27%。采用叁代组装二代校正的组装策略效果最好,长度大于10kb的Contig全长为38.3Mb,Contig N50为2.8Mb,组装率高达92.16%。保守单拷贝基因拼接效果方面,4种组装策略获得基因组序列与BUSCO数据库里的担子菌的保守单拷贝基因比对,基因完整性均大于94%。在组装准确性方面,经过PCR扩增、Sanger测序验证,叁代组装二代校正的基因组序列完整并且连续,同时序列上碱基的SNP、InDel数量最少。综上所述,叁代组装二代校正得到的基因组序列具有Contig N50值大、组装率高、碱基准确性高的特点,是食用菌基因组测序较为理想的方案。(本文来源于《菌物学报》期刊2018年12期）
桂琦,徐澄澄[3]（2018）在《二代测序法基因检测指导EGFR突变的晚期非小细胞肺癌患者EGFR-TKIs获得性耐药后续治疗策略的临床研究》一文中研究指出目的:探讨二代测序(NGS)法在表皮生长因子受体(EGFR)突变的晚期非小细胞肺癌(NSCLC)患者一线使用EGFR-酪氨酸激酶抑制剂(TKIs)发生获得性耐药后续治疗选择中的指导作用。方法:回顾性分析2016年1月至2017年6月苏州大学附属第一医院收治的一线使用EGFR-TKIs发生获得性耐药的57例晚期NSCLC患者的临床资料。所有患者均行NGS法检测,分析获得性耐药的可能原因,并根据后续治疗方案分为靶向治疗组和化疗组,比较两组患者的无病进展生存时间(PFS)。结果:31例(54.4%)出现T790M突变,其中21例二线选择叁代EGFR-TKIs奥希替尼治疗,10例选择二线化疗;2例(3.5%)出现EGFR外显子20插入突变,均选择二线化疗;9例(15.8%)合并ERBB2活化突变或扩增,其中仅1例二线选择二代EGFR-TKIs阿法替尼治疗,其余8例均选择二线化疗;另外合并MET扩增4例、合并KRAS突变4例、合并TP53突变4例、合并ALK重排1例、其他少见突变1例,合并基因全野生型1例,均选择二线化疗。靶向治疗组PFS为10.3个月,明显长于化疗组的6.4个月(P=0.000)。结论:一线使用一代EGFR-TKIs治疗的晚期NSCLC患者后续根据NGS法检测结果选择靶向治疗药物,可延长PFS。(本文来源于《广西医科大学学报》期刊2018年12期）
胡超超,张怡,张晨岭,吴云豪,陈婉[4]（2018）在《鸻形目鸟类线粒体基因组测序策略》一文中研究指出鸻形目(Charadriiformes),全世界约有384个物种,分属于19科94属,种类繁多、分布广泛,是研究迁徙和觅食行为的良好材料。近年来,线粒体基因组的研究快速发展,由于样品难以收集,缺乏系统的测序策略,鸻形目鸟类线粒体基因组的研究相对滞后。引物设计对聚合酶链式反应(PCR)至关重要,一个成功的PCR实验依赖于高质量的特异性引物,本研究拟设计一套用于鸻形目鸟类线粒体基因组扩增的通用引物。对GenBank中现有的鸻形目物种线粒体基因组进行多重比对,发现若干个保守性区域,本研究在该区域设计13对扩增鸻形目鸟类线粒体基因组的通用引物,扩增的目的片段长度均在1.5 kb左右。我们选取4个物种,即灰头麦鸡(Vanellus cinereus)、丘鹬(Scolopax rusticola)、白腰草鹬(Tringaochropus)和针尾沙锥(Gallinagostenura),进行PCR扩增验证,设计的引物在4个物种中均能顺利扩增、测序,该引物在鸻形目鸟类线粒体基因组扩增中的具有普遍适用性。本研究设计的13对通用引物在扩增鸻形目物种线粒体全基因组中具有较强的应用价值,将为鸻形目的系统发育关系、种群遗传学和生物地理学研究提供珍贵的资源。(本文来源于《动物学杂志》期刊2018年05期）
徐伟南,黄蓉梅,刘媛媛,仝宗军,韩星[5]（2018）在《食用菌基因组测序与组装策略分析》一文中研究指出采用二代和叁代测序技术分别对金针菇单核体菌株"6-3"进行测序,应用4种组装策略进行基因组的denovo组装,对比组装效果。基因组组装的参数方面,仅使用二代测序组装的效果最差,长度大于10kb的Contig全长只有24.6Mb,Contig N50只有23kb,组装率只有59.27%。采用叁代组装二代校正的组装策略效果最好,长度大于10kb的Contig全长为38.3Mb,Contig N50为2.8Mb,组装率高达92.16%。保守单拷贝基因拼接效果方面,4种组装策略获得基因组序列与BUSCO数据库里的担子菌的保守单拷贝基因比对,基因完整性均大于94%。在组装准确性方面,经过PCR扩增、Sanger测序验证,叁代组装二代校正的基因组序列完整并且连续,同时序列上碱基的SNP、InDel数量最少。综上所述,叁代组装二代校正得到的基因组序列具有Contig N50值大、组装率高、碱基准确性高的特点,是食用菌基因组测序的较为理想的方案。(本文来源于《中国菌物学会2018年学术年会论文汇编》期刊2018-08-11）
鲍芸,肖艳群,王华梁[6]（2018）在《高通量测序技术在五类疾病分子诊断中的应用及质量管理策略》一文中研究指出高通量测序技术(high-throughput sequencing)又称下一代测序(next generation sequencing,NGS)能一次并行对成千上万个基因进行测序,极大地提高了DNA测序效率并降低了成本。近年来,NGS在医学研究和临床诊断中的应用日益广泛,在无创产前筛查,肿瘤筛查、诊断和治疗,微生物病原体检测,遗传性疾病的筛查与诊断及器官移植排斥筛查等多个领域具有广泛的应用前景。NGS技术作为一项新兴技术,在相关临床应用中也存在诸多问题,其质量管理体系尚不完善,还面临许多挑战,需要医学实验室和相关部门共同努力,以促进NGS在临床诊断中规范开展。(本文来源于《中华临床实验室管理电子杂志》期刊2018年02期）
王先明,肖瑜[7]（2018）在《基因测序等大数据时代对乳腺癌治疗策略影响》一文中研究指出基因检测的应用,逐渐改变了以往免疫组化为主的乳腺癌预后评估及治疗方案选择的模式,并对乳腺癌更为准确地分型,对预后评估及治疗具有更为重要的指导意义。大数据分析的运用亦促进了乳腺癌基因组学研究的发展,近年来多基因诊断及风险评估模型被美国临床肿瘤学会(ASCO)、圣加伦共识、美国国家综合癌症网络(NCCN)等多个权威乳腺癌诊疗指南所采用,并开展了临床应用。MammaPrint、PAM50、Oncotype DX、EndoPredict等基因预测模型相继问世,并对免疫组化及临床指标为主要评估方式的治疗模式形成强大冲击。在大数据时代背景下,基因预测模型的作用及重要性越发凸显。本文就基因测序对乳腺癌治疗策略的影响做一浅显的探讨。(本文来源于《医学与哲学(B)》期刊2018年03期）
邢朝斌,张妍彤,王卓,宋菊,龙月红[8]（2017）在《DNA甲基化及重亚硫酸盐测序法在药用植物中的应用策略》一文中研究指出DNA甲基化是目前研究最为广泛的一种表观遗传学现象,甲基化后的DNA可在不改变碱基序列的情况下对植物的表型进行调控。在高等植物中有CG、CHG和CHH(H代表A、C或T)3种甲基化位点,多发生于对称序列CG和重复序列中,且不同物种中的甲基化程度和模式不同。药用植物功能基因启动子区域的DNA发生甲基化后,可抑制基因的表达,进而影响其次生代谢产物的积累,导致品质差异的形成。在众多的DNA甲基化检测方法中,重亚硫酸盐测序法可在单核苷酸水平上鉴别DNA甲基化的位点和程度,是DNA甲基化分析的金标准。对其进行引物优化、技术改良后,可有效地揭示药用植物的DNA甲基化情况,这为阐明经典遗传学不能完全解释的药用植物品质差异等问题提供了技术支持,并开辟了新的研究方向。(本文来源于《中草药》期刊2017年24期）
施俊,何龙霞,杨涛[9]（2017）在《运用耳聋基因隐性突变携带者重测序策略纠正假阳性变异的致病性误判》一文中研究指出目的·运用隐性突变携带者重测序策略发现并归类耳聋致病基因罕见良性变异,为遗传性耳聋的高通量二代测序结果解读提供良性多态参考数据库。方法·在已明确隐性耳聋基因双等位基因致病突变的耳聋患者的正常听力亲属中进行相应突变筛查,发现单杂合致病突变的携带者。运用靶向捕获二代测序技术在这些携带者中对相应耳聋基因进行外显子重测序,对所发现的对侧等位基因变异进行非致病性推断。结果·共30位正常听力的耳聋病例亲属被明确为某一已知耳聋基因隐性致病突变的杂合携带者。通过相应基因的靶向二代测序,在对侧等位基因上共发现32个非同义变异,在隐性完全外显的遗传模式下可被归类为良性非致病变异。其中SLC26A4基因p.A434T变异、LOXHD1基因p.R266Q变异、MYO15A基因p.K96Q变异、GJB2基因p.T123N变异及CDH23基因p.V1299I变异,共5个罕见变异等位基因频率小于0.005,部分变异被Polyphen-2、PROVEAN、SIFT或Mutation Taster软件预测为致病突变,或被耳聋变异数据库或人类基因组突变数据库记载为致病突变。结论·运用隐性突变携带者重测序策略可有效纠正部分被误判为致病的罕见良性变异,提高二代测序在单基因隐性遗传病病因诊断中的准确性和有效性。(本文来源于《上海交通大学学报(医学版)》期刊2017年11期）
夏云,罗玮,袁思琪,郑渝池,曾晓茂[10]（2017）在《基于蛙类高通量测序的微卫星标记筛选策略研究》一文中研究指出虽然微卫星分子标记近年来已经大量的从高通量测序(next-generation sequencing,NGS)数据中来获取,但是这种方法仍然比较昂贵,而且后续的多态性评估仍然要耗费大量的时间。选择合适的微卫星多态性位点对进行生态和进化的研究非常重要。然而,高通量测序中的序列读长,数据量大小,拼接的方法以及建库的序列来源等因素将如何影响微卫星的筛选并没有一个较为综合的分析。本研究中,我们选择了六种蛙(本文来源于《第十叁届全国野生动物生态与资源保护学术研讨会暨第六届中国西部动物学学术研讨会论文摘要集》期刊2017-10-27）
测序策略论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
采用二代和叁代测序技术分别对金针菇单核体菌株"6-3"进行测序,应用4种组装策略进行基因组的denovo组装,对比组装效果。基因组组装的参数方面,仅使用二代测序组装的效果最差,长度大于10kb的Contig全长只有24.6Mb,Contig N50只有23kb,组装率只有59.27%。采用叁代组装二代校正的组装策略效果最好,长度大于10kb的Contig全长为38.3Mb,Contig N50为2.8Mb,组装率高达92.16%。保守单拷贝基因拼接效果方面,4种组装策略获得基因组序列与BUSCO数据库里的担子菌的保守单拷贝基因比对,基因完整性均大于94%。在组装准确性方面,经过PCR扩增、Sanger测序验证,叁代组装二代校正的基因组序列完整并且连续,同时序列上碱基的SNP、InDel数量最少。综上所述,叁代组装二代校正得到的基因组序列具有Contig N50值大、组装率高、碱基准确性高的特点,是食用菌基因组测序较为理想的方案。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
测序策略论文参考文献
[1].王赟.结合基因测序与质谱鉴定MHC-Ⅰ递呈的新生抗原肽的策略研究[D].浙江大学.2019
[2].徐伟南,黄蓉梅,刘媛媛,仝宗军,韩星.金针菇基因组测序与组装策略分析[J].菌物学报.2018
[3].桂琦,徐澄澄.二代测序法基因检测指导EGFR突变的晚期非小细胞肺癌患者EGFR-TKIs获得性耐药后续治疗策略的临床研究[J].广西医科大学学报.2018
[4].胡超超,张怡,张晨岭,吴云豪,陈婉.鸻形目鸟类线粒体基因组测序策略[J].动物学杂志.2018
[5].徐伟南,黄蓉梅,刘媛媛,仝宗军,韩星.食用菌基因组测序与组装策略分析[C].中国菌物学会2018年学术年会论文汇编.2018
[6].鲍芸,肖艳群,王华梁.高通量测序技术在五类疾病分子诊断中的应用及质量管理策略[J].中华临床实验室管理电子杂志.2018
[7].王先明,肖瑜.基因测序等大数据时代对乳腺癌治疗策略影响[J].医学与哲学(B).2018
[8].邢朝斌,张妍彤,王卓,宋菊,龙月红.DNA甲基化及重亚硫酸盐测序法在药用植物中的应用策略[J].中草药.2017
[9].施俊,何龙霞,杨涛.运用耳聋基因隐性突变携带者重测序策略纠正假阳性变异的致病性误判[J].上海交通大学学报(医学版).2017
[10].夏云,罗玮,袁思琪,郑渝池,曾晓茂.基于蛙类高通量测序的微卫星标记筛选策略研究[C].第十叁届全国野生动物生态与资源保护学术研讨会暨第六届中国西部动物学学术研讨会论文摘要集.2017