一、鸡的微卫星DNA标记与胴体性状的相关分析（论文文献综述）
范婷婷[1]（2021）在《基于高密度芯片开展牛杂种优势预测及相关基因鉴定》文中指出为探究西门塔尔牛、和牛与荷斯坦牛的杂种优势,挖掘其与杂种优势相关的候选基因,解析牛杂种优势的遗传机制,本研究利用SNP芯片基因组数据对西门塔尔牛、和牛与荷斯坦牛的杂种优势进行了预测,分析了德系西门塔尔牛与荷斯坦牛杂交群体的配合力;同时基于FST方法对德系西门塔尔牛、荷斯坦牛两亲本及其F1代开展了全基因组范围内选择信号研究,并对F1代的初生重和毛色性状进行了全基因组关联分析。结果如下:1.利用覆盖全基因组和与性状相关的SNP标记分别估算西门塔尔牛、和牛和荷斯坦牛三个亲本群体之间的遗传距离,预测不同杂交组合的杂种优势,结果发现在生长发育性状上,荷斯坦牛与西门塔尔牛可能为较佳的杂交组合。通过分析德系西门塔尔牛与荷斯坦牛杂交群体的配合力,发现该组合的杂交后代在初生重性状上表现出了较好的杂种优势。根据30头与配公牛的配合力结果,在实际生产中,可优先选择29617、426989、12FFM13、FW13213107公牛与荷斯坦牛母牛配种,以获得较大的初生重。2.利用FST方法对德系西门塔尔牛、荷斯坦牛及其杂交F1代全基因组范围内的选择信号进行检测,并对受到选择的SNPs位点进行候选基因的定位与注释,发现KCNIP4、PRKN、THADA、POMC、OXTR、ABCG1、MYO5B等38个与牛生长发育、产奶、胴体、繁殖、肉质等性状相关的基因在F1代受到正选择。3.对德系西门塔尔牛和荷斯坦牛杂交一代的初生重和毛色性状进行全基因组关联分析,结果发现了影响初生重性状杂种优势表现的3个显着的SNP位点,分布在2号和11号染色体上,其中11号染色体上的Bovine HD1100000027定位到ZC3H6基因;对于毛色性状,共筛选到了影响毛色表现的12个显着的SNP位点,全部分布在5号染色体上,定位到了5个候选基因RNF41、ZC3H10、ERBB3、PMEL和OR10A7,其中PMEL和ERBB3基因为已经报道过的与牛毛色相关的候选基因。
吴旭东[2]（2021）在《安庆六白猪全基因组受选择区域分析及种质优异基因鉴定》文中研究指明安庆六白猪是我国着名的地方猪种之一,其肉质鲜美、抗病性强是一座宝贵的种质资源库。但长期以来,安庆六白猪在小群体下出现一定的近交退化,生长速度较慢、瘦肉率低、繁殖力优势不明显、肉品质的稳定性差。本研究通过SSR标记对安庆六白猪现存种猪进行遗传距离梳理,选择亲缘关系较远的24头安庆六白猪与6头亚洲野猪进行10X深度基因组重测序。通过检测两种猪基因组内遗传变异情况,分析安庆六白猪基因组受选择区域及纯合区域,解析其种质特性形成的遗传基础并鉴定种质优异基因。本研究主要结果如下:（1）本研究所选择的14个微卫星位点均在安庆六白猪群体中检测出多态性,各位点平均等位基因数为8.5,有效等位基因数处于3.1927-7.1078之间,S0155等八个位点未达到Hard-Weinberg动态平衡,SW240等六个位点达到了Hard-Weinberg动态平衡,14个微卫星位点累积排除概率达99%。微卫星的遗传距离结果与后续基因组亲缘关系鉴定相符,用于重测序研究的样本两两间均不存在亲缘关系。（2）在30头猪中共发现49,289,052个SNP位点及6,186,123个Indel变异。遗传变异多数存在于基因间区内,以同义突变为主。结合FST及πratio两种计算方法并以1%为筛选阈值对安庆六白猪基因组受选择区域进行鉴定,共发现275个受选择区域,包含85个基因。基因功能注释结果表明参与猪机体免疫伪狂犬、蓝耳病毒的SMPD4、DDX18基因,参与了免疫T细胞及吞噬细胞的生物学调控的BCL6、P2RX6基因,与猪繁殖性能相关的SLC7A4、SPACA4基因,与猪脂肪沉积及肌肉发育相关MSTN及HIF1A基因在安庆六白猪选育过程中受到了正向选择。（3）安庆六白猪基因组中ROH数目、长ROH比例及FROH值均高于亚洲野猪,说明人工选择对基因组ROH分布及基因组近交水平存在影响。在安庆六白猪及亚洲野猪基因组中分别检测出307、205个ROH高频区域,对ROH岛内基因进行功能富集后发现,安庆六白猪ROH岛内基因显着富集于炎症免疫反应、细胞免疫因子调节、宿主防御等机体免疫代谢通路中。（4）安庆六白猪基因组受选择区域与ROH岛共有138个重合区域,所映射到的QTL位点所关联性状多为猪背膘厚,猪肉肉色、PH值、脂肪酸含量,猪机体免疫细胞数、寄生虫免疫、细菌免疫。选择SLC7A4与INSIG2基因的三个外显子区域错义突变位点进行安庆六白猪大群体的多态性检测,发现三个位点在安庆六白猪群体中均出现碱基突变,个体突变情况与重测序结果一致。本研究通过SSR标记技术完成安庆六白猪保种核心群的家系梳理,并根据遗传距离远近确定了重测序样本的选择。以亚洲野猪为参考群对安庆六白猪的选择信号进行研究,发现安庆六白猪基因组受选择区域内存在多个与其种质特性相关的候选基因。安庆六白猪及亚洲野猪基因组ROH检测结果显示,ROH的分布与选择压力相关,受选择程度高的安庆六白猪基因组内ROH丰度、长度及基因组近交系数均高于受选择程度低的亚洲野猪。结合基因功能富集分析及QTLs映射对安庆六白猪受选择区域、ROH岛及区域内所含基因进行研究,进一步揭示安庆六白猪抗病性强、肉质好等优良种质特性形成的分子遗传基础,为促进安庆六白猪种质资源保护与育种分子标记开发等方面提供了参考依据。
赵志达[3]（2020）在《湖羊养殖技术优化与应用》文中进行了进一步梳理湖羊是我国特有的绵羊品种,具有早熟、常年发情、产多羔、泌乳性能好、生长发育快、适应性强等优良性状,收录于《国家级畜禽遗传资源保护目录》中,是我国一级保护地方畜禽品种。目前,我国湖羊育种、营养、管理等方面与羊业发达国家存在一定差距。因此,如何开展湖羊育种工作、优化湖羊养殖技术以及提高湖羊生产水平是该产业发展中亟需解决的问题。本研究通过设计湖羊基因组选择育种方案,同时开展湖羊家系鉴定试验,湖羊35日龄早期断奶试验及反刍专用甜菜碱对寒旱地区湖羊生长发育的影响试验,旨在利用协同育种技术,通过育种、管理、营养等手段,发掘湖羊生长潜力,为湖羊产业发展提供一定的参考与借鉴。具体如下:（1）设计了试验场湖羊基因组选择的育种方案,包括制定育种目标、规范生产性能测定、组建用于基因组选择的参考群与候选群、制定样品采集方案和技术规范、选择合适的算法与验证方法等,为试验场下一步开展基因组选择育种工作提供了一定的基础。（2）使用9个微卫星标记,利用Nei氏遗传距离对30只湖羊种公羊进行家系鉴定。结果表明,当双亲基因型未知时9个微卫星的单亲累积排除概率为99.6072%,当单亲基因型已知时9个微卫星位点的单亲累积排除概率为99.8808%,当双亲基因型未知时9个微卫星位点的双亲累积排除概率为99.9999%,排除概率能够满足遗传育种中亲子鉴定和系谱分析的要求,根据Nei氏遗传距离构建UPGMA聚类图,将30只种公羊划分为6个家系,提供了一种湖羊家系鉴定的方法,对湖羊保种与育种工作具有一定的应用价值。（3）湖羊35日龄早期断奶试验选用相同日龄、体重接近的7日龄湖羊羔羊104只,以不同的饲养方式分为对照组与试验组。对照组将羔羊与母羊饲养在同一圈舍中,另设0.5个圈舍作为羔羊采食圈,该圈舍仅羔羊可以通过特殊通道进入采食,羔羊在40日龄断奶;试验组将羔羊与母羊饲养在同一圈中,不再另设羔羊圈舍,但安装一个仅羔羊可以采食的饲喂槽,羔羊在35日龄断奶。结果表明两组羔羊的体重在7日龄、35日龄、40日龄和60日龄时差异不显着（P>0.05）,在14日龄、21日龄和28日龄时试验组体重显着高于对照组体重（P<0.05）。7日龄14日龄试验组羔羊增重高于对照组,35日龄40日龄对照组羔羊增重高于试验组,均达到极显着水平（P<0.01）,21日龄28日龄试验组羔羊增重高于对照组,达到显着水平（P<0.05）,但在14日龄21日龄、28日龄35日龄、40日龄60日龄和7日龄60日龄差异不显着（P>0.05）。试验组羔羊断奶时成活率为92.31%,对照组为88.89%。试验组饲养模式可实现湖羊羔羊35日龄断奶,对促进羔羊早期生长和提高断奶成活率具有积极的意义。（4）反刍专用甜菜碱对寒旱地区湖羊生长性能的影响试验以252只湖羊育肥公羊为研究对象,分成对照组和试验组,对照组饲喂基础饲草料,试验组精饲料中按2.5 kg/t比例添加反刍专用甜菜碱,记录初始和终末体重,共90天。此外,从对照组和试验组中各选取3个体重水平的重复（低L、中M、高H）,每30天称重一次。结果表明试验组终末体重高于对照组,但无显着性差异（P>0.05）。试验组平均日增重极显着高于对照组（P<0.01）。试验组料肉比显着低于对照组（P<0.05）。低、中、高三个体重水平试验组终末体重均高于对照组,但差异不显着（P>0.05）。试验组L在0天30天和30天60天的平均日增重均高于对照组L,但差异不显着（P>0.05）,在60天90天的平均日增重低于对照组L,差异不显着（P>0.05）。试验组M在0天30天的平均日增重显着高于对照组M（P<0.01）,30天60天的平均日增重高于对照组M,差异不显着（P>0.05）,60天90天的平均日增重略低于对照组M,差异不显着（P>0.05）。试验组H 0天30天和30天60天的平均日增重高于对照组H,但差异不显着（P>0.05）,60天90天的平均日增重略低于对照组H,差异不显着（P>0.05）。湖羊育肥期生长速度呈先快后慢的趋势,反刍专用甜菜碱对湖羊生长发育具有促进作用,能够极显着提高平均日增重,同时显着降低料肉比,但对中、低体重水平和0天60天育肥阶段湖羊生长性能的促进效果更佳。综上所述,本研究完成了对试验场基因组选择育种方案的设计,并通过Nei氏遗传距离将种公羊划分为6个家系,为开展基因组选择育种工作提供必要的基础条件。湖羊羔羊在新的哺乳期饲养模式可以实现35日龄早期断奶。反刍专用甜菜碱对湖羊生长发育具有促进作用,且在不同体重水平和育肥阶段中效果不同。
欧阳峰正[4]（2020）在《影响猪生长和采食的嗅觉受体基因全基因组挖掘》文中认为猪生长相关的性状具有很高的经济价值,其大部分为数量性状,受微效多基因控制。研究表明,家畜嗅觉受体（olfactory receptor,OR）基因的遗传变异不仅与它们的进食行为、食物选择和能量平衡调节有关,还与一些重要生长性状关联。本研究拟通过全基因组拷贝数变异（copy number variation,CNV）关联分析、数量性状基因座（quantitative trait locu,QTL）定位方法找出影响生长性状的OR基因,分析生长性状与采食行为性状的遗传相关,并通过全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）分析方法来研究采食行为是否也与OR基因相关。获得的主要研究结果如下:1.拷贝数变异检测及生长性状关联分析利用CNVcaller软件,在591头大白猪×民猪F2代猪群体中总共检测到3099个CNVRs,其中,2275个CNVRs为缺失,6个为多拷贝,818个为缺失和多拷贝并存。对体长、体高、肩宽、腰宽、管围以及180日龄体重这6个生长性状进行全基因CNV关联分析发现5个CNVRs与F2代猪生长性状显着相关（P<1.61E-5）。其中,CNVR2091区间内OR12D3基因的CNV会显着影响体高性状（P<0.01）,经过qPCR验证发现OR12D3基因的CNV增加,体高会显着升高。2.遗传连锁图谱构建及生长性状QTL定位基于重测序数据构建了大白×民猪F2代猪群体的高密度遗传图谱。该遗传图谱中的总图谱遗传距离为2210.41 cM,相邻标记之间的平均遗传距离为0.38 cM。通过全基因组QTL定位鉴定了14个QTLs与F2代猪生长性状相关。在显着性QTL区间内找到影响体长的OR候选基因为OR12D3,影响体高的OR候选基因为OR12D3、OR13H1,影响肩宽的OR候选基因为OR6C65。结果与CNV关联分析的结果一致,说明嗅觉受体基因可能与猪生长性状相关。3.采食行为及生长性状遗传参数估计及GWAS分析利用1080头杜洛克群体平均日采食量、平均日采食次数、平均每次采食时间、平均每次采食量、采食速度、平均日增重、剩余采食量、饲料转化率等8个采食行为和生长性状进行遗传参数估计。结果发现,平均日采食量与平均日增重（rg=0.82±0.12）、剩余采食量（rg=0.77±0.15）遗传相关比较高,平均每次采食量与平均日增重的遗传相关也比较高（rg=0.61±0.09）,说明采食行为可以影响生长。利用100头杜洛克猪群体重测序数据进行GWAS分析,结果发现,RUFY3、NDUFAB1、PAX4基因可作为平均每次采食时间的候选基因;OR52W1、ATL3、NXF1、SPAG6、LGALS12可作为饲料转化率的候选基因;OR10J5作为平均日采食量的候选基因,OR52W1、OR8D4、OR10S1作为平均日采食次数的候选基因;OR51E1作为采食速度的候选基因。综上,本研究通过全基因组CNV关联分析、QTL定位、GWAS分析的方法挖掘生长性状及采食行为相关的8个OR基因,并通过qPCR验证了OR12D3基因与猪体高性状的关系。为深入了解OR基因的功能以及实施分子育种提供一定的基础。
徐忠[5]（2020）在《基于基因组信息对金华猪种质特性及其保护、利用的研究》文中研究表明金华猪是我国猪种资源宝库中的佼佼者,因其肉质优良、肉味鲜美,深受人们喜爱,特别是以其后腿作为原料加工制作的金华火腿,堪称世界一绝。在生产实践中,金华猪相比于西方引进猪种更容易感染猪气喘病,严重影响其生产效率。而目前对金华猪的这些特性的遗传基础及形成机制尚不清楚。在保种过程中,金华猪的保种效果不能有效评估,缺乏从分子水平上的评估方法。此外,在金华猪的杂交利用中,缺乏有效的杂种优势预测理论及配合力测定进行指导。为此,本研究的主要目的是利用全基因组信息对金华猪进行种质特性和保护、利用研究,开展以下工作:（1）首先对金华猪进行简化基因组测序,并与其它群体一起进行全基因组单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）检测;（2）对金华猪在遗传资源分类中的地位进行深入了解;（3）从基因组结构、功能特性和信号选择分析等对其分子种质特性进行挖掘;（4）对金华猪气喘病易感性的分子机制进行生物信息学挖掘和全基因组关联分析;（5）利用传统系谱和全基因组分子标记对其保种效果进行分析和评估;（6）最后利用杂种优势预测及配合力测定试验找出最优杂交利用的组合模式。具体研究内容和结果如下:（1）基因组测序与遗传变异检测:本研究首先对金华猪国家级保种场在群的202头金华猪采集了耳组织样,利用基于基因组简化与测序的基因型分型（genotyping by genome reducing and sequencing,GGRS）平台对其进行了建库实验和测序。结果共得到12.5亿条高质量Reads数,每个个体平均测序深度为6.13,平均覆盖度为3.3%。进一步结合实验室前期数据,对金华猪与江、浙、沪等中国地方品种和西方品种共19个品种914头猪进行了遗传变异检测。最终共得到114687个高质量的SNPs位点,这些位点在染色体上分布较均匀,说明测序结果较理想。特别是与现有猪的SNP数据库进行对比分析,其中有16 656个为本次新发现的SNPs多态标记,大大丰富了我国地方猪品种及西方引进品种的分子遗传标记数据库。（2）金华猪在遗传资源分类中的地位:本研究在分子层面对金华猪与其它群体间遗传距离、遗传分化和遗传结构进行了分析。从聚类分析和PCA分析可以看出金华猪所有个体聚在一起,而与其它群体较独立,有着独特的遗传结构;从ADMIXTURE的群体结构来看,金华猪群体最早独立出来,说明金华猪起源相对较早,具有着较为古老的祖先血统;从遗传距离、遗传分化和PCA结果上也可以看,相比于西方商业品种猪,金华猪与中国地方品种猪有着更近的遗传背景;由Treemix分析也可以看金华猪有向兰溪花猪迁移事件,可能是因为两者地理距离较近,有基因交流的可能性也更大。这些结果表明金华猪在遗传资源分类中具有独特的地位,为其作为独立品种提供了分子依据。（3）金华猪基因组结构和功能特性:基因组结构的不同是动物表型差异的遗传基础。我们对SNPs在基因组的分布、单倍型块和连续纯合性片段（runs of homozygosity,ROH）等基因组结构进行分析。在本研究总共检测到114 687个SNPs遗传变异中85 287（74.4%）在金华猪中存在多态,说明金华猪的遗传多样性相对较高。特别是有29 400（25.6%）个位点在其它群体表现多态但在金华猪群体中表现纯合,这些点所在基因主要参与色素沉积（GO:0043473～pigmentation）、对刺激反应的调节（GO:0048585～negative regulation of response to stimulus）和气喘病（hsa05310～Asthma）等,这些说明金华猪群体内一些与色素沉积、对刺激的反应和气喘病相关的基因位点已经发生纯合。我们发现了249个金华猪品种特异的SNPs,这些SNPs可以作为品种鉴定的候选位点。金华猪单倍型块在基因组分布并不均匀,在6号染色体的单倍型区块最多（862个）,覆盖区域最长（33101 Kb）,占相应染色体总长度的比例最大（19.38%）。金华猪中最长的单倍型块位于7号染色体57 101 799～57 601 268的位置上,位于其中的基因与免疫、肌内脂肪含量和繁殖相关。金华猪基因组中ROH分布也不均匀,短的ROH片段多位于染色体的两端。在所有金华猪中出现频率最高的位点是Chr3:37449853,距离此位点最近的基因是SEC14L5,此基因与脂质转运与代谢相关。这些结果为进一步深入揭示金华猪种质特性的遗传机制提供参考。（4）金华猪选择信号分析:金华猪之所以形成如此独特的表型特征,是长期的自然选择和人工选择造成的,而这些选择信号可能是造成金华猪种质特性的原因。本研究通过基于金华猪群体内的（REHH、i HS和CLR三种方法）和金华猪与其它群体间的（基于PLS和XPEHH）信号选择方法,对金华猪基因组上的受选择区域进行了分析。金华猪群体内选择信号分析共找到62个候选基因,与肉质、繁殖、生长和免疫等相关（如PIK3R6、NOS2、ZNF423、IL21R）。而这些性状相关的候选基因为后续的功能基因验证提供了一定的指导意义。在金华猪与其它猪群体间的信号选择方法中,我们还找到了:与毛色性状相关的基因如MYO7A、EDNRB和KIT等;与骨组织生长相关的基因如PBX1、GSG1L和PAPPA2等;与肺部疾病相关的通路如气喘病通路（hsa05310～Asthma）和肺结核（hsa05152～Tuberculosis）等。这些可能与金华猪独特的两头乌毛色、皮薄骨细和易感气喘病等性状有关,值得深入研究。这些结果使我们对中国地方猪的基因组进化和选择机制有了更深入的了解。（5）金华猪气喘病相关研究:我们同时利用基因组到表型（选择信号分析方法）和表型到基因组（全基因组关联分析）研究分析金华猪气喘病的遗传机制,并进一步基于表达谱实验数据进行核实验证。选择信号分析方法是通过比较三个对气喘病易感的猪种（金华猪53头、二花脸猪31头、梅山猪80头）和两个相对不易感气喘病猪种（杜洛克猪48头、长白猪37头）的基因组,挖掘猪支原体肺炎（mycoplasmal pneumonia of swine,MPS）候选基因,结果找到了CYP1A1、TLR2和CXCL2等14个相关候选基因;同时对171头金华猪的基因型数据和连续100天的气喘病表型记录,利用全基因组关联分析（genome-wide association study,GWAS）找到KIAA1644、MAGI3、PGM1和ALK四个候选基因。这两种方法找到的18个候选基因中有2个（CYP1A1和TLR2）是前人研究已证实的,16个是本次研究新发现的。其中有4个基因（EPAS1,CXCL2,TLR2和IL7R）我们通过猪气喘病转录组的数据分析进一步进行了核实验证。这些MPS易感性位点可能是在对繁殖力和肉质等优良经济性状的选择过程中,由于多效性和搭便车效应从而导致受选择,在随后的选种中需要更加注意。本研究初步揭示了金华猪易感MPS的遗传机制,为后续金华猪抗MPS的基因组保护和和基因组选择方案提供指导作用。同时这些研究可能对人类呼吸系统疾病的研究起一定的参考作用。（6）金华猪保种效果分析:利用12 560个个体的系谱信息和6 018条繁殖记录对金华猪的保种效果进行纵向比较,发现在2009～2017年间,金华猪的近交系数稳定在较低（0.009左右）的水平,繁殖性能（总产仔数、活产仔数和出生窝重）的个体估计育种值（estimated breeding value,EBV）均呈现增加趋势,分别提升2.0头、1.9头和0.85kg,说明了近几年的总体保种效果较好。但利用传统系谱信息和分子遗传标记信息深入分析显示仍存在一些问题,需要进一步优化保种策略。其一,对本研究采样时的在群金华猪群体的近交系数、亲缘系数和血统结构进行了分析。分析结果表明金华猪个体平均近交系数和个体间亲缘系数总体虽较低,但也有极个别间较大,达到0.5以上,且金华猪每个血统个体数并不是很均匀,在以后的保种过程中群体结构有待优化。其二,系谱和分子计算的金华猪群体有效含量分别为63和88头,根据畜禽遗传资源受威胁程度的分类可知,金华猪可能仍处于受威胁状态,表明仍需进一步适当扩大保种群体规模,特别是基于分子标记指导选种、选配,逐步提高群体有效含量。其三,我们利用其它地方品种及西方品种等19个群体的分子遗传多样性指标,对金华猪的保种效果进行了横向比较,发现金华猪遗传多样性较高,但近交程度（基于分子的）在这些群体中处于中等水平,提示我们在今后保种过程中尽量避免近交,优化配种策略。本研究为金华猪今后的保种工作提供了参考价值。（7）金华猪的杂交利用:本研究基于全基因组遗传标记筛选金华猪候选杂交组合,并结合繁殖、育肥和屠宰等配合力测定试验确定了最优的杂交组合模式。首先利用全基因组性状特异（繁殖、健康、生长和胴体与肉质）的SNP对金华猪与三个西方引进品种杜洛克（DD）、大白猪（YY）和长白猪（LL）共180头猪的各种杂交组合进行了杂种优势的预测,结果显示在二元、三元和双杂交组合中最优选择为D×J、J×LY和DJ×LY。随后我们挑选了合适组合进行配合力测定试验,其中繁殖性能测定共88窝,育肥测定试验共91头,屠宰测定试验共83头。最终确定了DJ×LY为最佳的杂交组合模式。研究为金华猪的杂交利用提供了一套切实可行的方案。综上,本论文对金华猪种质特性的遗传基础及其形成机制进行了探究,进而为该遗传资源的保护、选育、利用奠定基础。这在非洲猪瘟流行的背景下,对我国地方猪遗传资源的保护和利用具有特殊意义。有关结果也为研究人类复杂性状的遗传机制提供了依据,对人类哮喘病等呼吸系统疾病的研究具有参考作用。
安清明[6]（2016）在《绵羊ADIPOQ、UCP1和FGF21基因遗传变异与生长及胴体肌肉性状关联性研究》文中认为本研究以ADIPOQ,UCP1和FGF21基因为候选基因,应用PCR-SSCP技术,针对美利奴羊（Merino）、特克赛尔羊（Texel）、丘陵陶赛特羊（Dorset Down）、新西兰罗姆尼羊（New Zealand Romney）、萨福克羊（Suffolk）、考力代尔羊（Corriedale）、杜泊羊（Dorper）、派伦代羊（Perendale）和藏绵羊（Tibetan sheep）9个绵羊品种,探索了上述3个基因共16个区域的核苷酸序列。在对多态性较为丰富的基因区域（如ADIPOQ基因外显子1,UCP1基因启动子区和FGF21基因外显子3区）,用来自不同公羊家系1200只左右新西兰罗姆尼羔羊,分析核苷酸变异及单体型对生长性状和胴体肌肉性状的影响,探讨候选基因遗传变异作为绵羊生长、脂肪和胴体性状分子标记的可能性。主要研究结果如下:1.ADIPOQ,UCP1和FGF21基因多态性（1）在ADIPOQ基因启动子区检测到4条变异序列（A1-D1）和7个SNPs位点;在外显子2区检测到4条变异序列（A2-D2）和6个SNPs位点;在外显子3-1区检测到3条变异序列（A3-C3）和3个SNPs位点;在外显子3-2区和3’UTR区均检测到2条变异序列（A4-B4和A5-B5）,分别包含2个SNPs位点和1个SNPs位点。在所检测到的19个SNPs位点中,有2个位于编码区的变异且为非同义突变,分别为位于第2外显子的c.46 T/C突变导致p.Tyr16His氨基酸变异,位于第3外显子的c.515 A/G导致p.Lys172Arg氨基酸变异。（2）在UCP1基因启动子1区共检测到6条变异序列（A1-F1）和12个SNPs位点;在启动子2区共检测到3条变异序列（A2-C2）和2个SNPs位点;在内含子1-1区共检测到5条变异序列（A3-E3）和8个SNPs位点;在内含子1-2区没有检测到多态位点;在内含子5区共检测到3条变异序列（A5-C5）和6个SNPs位点;在外显子6区共检测到3条变异序列（A6-C6）和2个SNPs位点;在所检测到的30个SNPs位点中,有1个在编码区的变异为非同义突变,为位于第6外显子的c.910 G/A突变导致p.Ala304Thr氨基酸变异。（3）在FGF21基因启动子1-外显子1区检测到2条变异序列（A1-B1）和2个SNPs位点;在外显子1-外显子2区检测到4条变异序列（A2-D2）和6个SNPs位点;在外显子2区检测到2条变异序列（A3-B3）和7个SNPs位点;在内含子2区检测到3条变异序列（A4-C4）,包含3个SNPs位点:在内含子2-3’UTR区检测到4条变异序列（A5-D5）,包含4个SNPs位点。在所检测到的22个SNPs位点中,有2个在编码区的变异为非同义突变,分别为位于第1外显子的c.161 T/C突变导致p.Ala54Val氨基酸变异,位于第3外显子的c.554 C/T导致p.Pro185Leu氨基酸变异。2.ADIPOQ,UCP1和FGF21基因突变及单体型对新西兰罗姆尼绵羊生长性状的影响（1）等位基因分析结果表明,ADIPOQ基因启动子区等位基因只与断尾时体重关联（P<0.05）,对其它生长性状无影响（P>0.05）,且缺失等位基因A1的个体有较高的断尾重。第2内含子等位基因对所有生长性状无影响（P>0.05）。单体型分析表明,由启动子区和内含子2区构成的8种单体型中,单体型A1-A3与断奶前平均生长速度关联（P<0.05）,缺失单体型A1-A3的群体有更高的生长速度。（2）等位基因分析结果表明,UCP1基因启动子区等位基因对所有生长性状无影响（P>0.05）。第5内含子等位基因与初生重关联（P<0.05）,存在等位基因C5的群体初生重高于缺失群体。单体型分析结果表明,单体型与断奶前各生长性状无显着相关性（P>0.05）。（3）等位基因分析结果表明,FGF21基因外显子3区等位基因对生产性状无影响（P>0.05）,但基因型对断奶前平均生长速度有显着影响（P<0.05）,且存在基因型A5A5的群体较其它基因型有更快的生长速度。3.ADIPOQ,UCP1和FGF21基因突变及单体型对新西兰罗姆尼羊胴体肌肉性状的影响（1）ADIPOQ基因启动子区等位基因A1与热胴体重、后腿瘦肉量、腰部瘦肉量和总瘦肉量存在关联性（P<0.05）,等位基因B1与后腿瘦肉量、后腿瘦肉比例和肩部瘦肉量存在关联性（P<0.05）,其它胴体性状与等位基因无关联性;基因型与热胴体重、后腿瘦肉量、腰部瘦肉量和总瘦肉量有关联性（P<0.05）。第2内含子等位基因C3与GR值有关联性（P<0.05）,其它胴体性状与等位基因无关联性（P>0.05）;基因型与GR值有关联性（P<0.05）。单体型A1-A3与后腿瘦肉量、腰部瘦肉量和总瘦肉量有关联性（P<0.05）,A1-C3与GR值和腰部瘦肉比例有关联性（P<0.05）,B1-A3与后退瘦肉比例和肩部瘦肉比例有关联性（P<0.05）。双体型与热胴体重、后腿瘦肉量、腰部瘦肉量和总瘦肉量有关联性（P<0.05）。（2）UCP1基因启动子区等位基因B2与热胴体重关联（P<0.05）,其它等位基因与胴体无关联性（P>0.05）;基因型也只与热胴体重有关联性（P<0.05）。第5内含子区等位基因与基因型与各胴体肌肉性状均无关联性（P>0.05）。单体型A2-B5与热胴体重和腰部瘦肉量有关联性（P<0.05）,单体型C2-C5与后腿瘦肉比例有关联性（P<0.05）,对其它胴体肌肉性状无影响。（3）FGF21基因各区域变异位点之间存在很高的连锁关系,因此只对高度多态的内含子2-外显子3区与绵羊生长于胴体肌肉性状进行关联性分析,结果表明,等位基因均对各胴体肌肉性状无显着关联影响（0.05<P）,只有等位基因A5对GR值有一定的影响趋势（0.05<P<0.2）,各基因型均对胴体肌肉性状无影响（0.05<P）。综上所述,ADIPOQ基因、UCP1基因和FGF21基因均具有丰富的多态性,且ADIPOQ基因和UCP1基因的部分等位基因及单体型可作为绵羊生长及胴体肌肉性状的候选分子育种标记。
陈华丽[7]（2013）在《四川省绵羊资源的发掘与评估初探》文中认为本试验通过文献资料整理以及绵羊生产性能测定对四川省的绵羊资源状况初步做了整合。川西南山地区主要分布有山地型藏绵羊和凉山半细毛羊,还有在布拖新发现的纯黑色的基因资源（暂名-布拖黑绵羊）；西部高原区主要分布有藏羊品种中的高原型、山谷型绵羊以及贾洛藏绵羊。凉山半细毛羊纯种繁殖和改良当地羊表现良好,贾洛藏绵羊改良欧拉羊、甘加羊等草地型藏绵羊效果较好。山谷型西藏羊具有独特的生物学特性,其中在凉山州布拖县分布的布拖黑绵羊研究甚少。本试验在凉山随机选取凉山半细毛羊改良羊（凉山半细毛羊和山谷型藏绵羊的杂交一代）和布拖黑绵羊的母羊各五只,并对这两种羊的生长发育、屠宰性能、羊肉品质、常规营养、矿物质、氨基酸、脂肪酸、挥发性风味物质等进行分析。实验结果发现：凉山半细毛羊改良羊的生长发育指标除管围之外均比布拖黑绵羊要高。屠宰性能和羊肉品质方面,除眼肌面积和肌纤维直径外凉山半细毛羊改良羊均大于布拖黑绵羊。凉山半细毛羊改良羊的初水份、粗脂肪和热解值稍高于布拖黑绵羊,其他常规营养则少于布拖黑绵羊。布拖黑绵羊的铁、锌、钠、镁含量低于凉山半细毛羊改良羊；其余含量布拖黑绵羊较高。两种资源氨基酸含量丰富,在非必需氨基酸中,除胱氨酸外,布拖黑绵羊含量稍高于凉山半细毛羊改良羊；必需氨基酸中,布拖黑绵羊精氨酸、色氨酸、缬氨酸的含量稍高于凉山半细毛羊改良羊,其他必需氨基酸成分则低于凉山半细毛羊改良羊。凉山半细毛羊改良羊各种必需氨基酸含量占蛋白质的比例总体高于布拖黑绵羊（精氨酸除外）。布拖黑绵羊及凉山半细毛羊改良羊的脂肪酸主要由豆蔻酸、棕榈酸、棕榈烯酸、硬脂酸、油酸、亚油酸、花生酸和亚麻酸等构成。两种资源的主要挥发性成分为己醛、庚醛、1-辛烯-3-醇、2-戊基呋喃、2,3-辛二酮、辛醛、苯甲醛、壬醛等,不同羊只存在个体差异；布拖黑绵羊中检测到48种挥发性化合物,凉山半细毛羊改良羊中检测到56种挥发性化合物,两种绵羊挥发性成分中占主要地位的可能是对肉品风味贡献较大的醛类。四川省曾经引进的11个品种适应性总体较好。现有资料的整理中,各品种绵羊资源多数体质结实、结构匀称。生理生化指标有所差异,凉山半细毛羊呼吸数较高,罗姆尼羊的红细胞数含量相对最高,小尾寒羊血液中球蛋白含量、白细胞数和血清总蛋白含量相对较高；生长发育方面贾洛藏绵羊和凉山半细毛羊在本地羊中比较占优势,引入品种生长发育指标总体较好；繁殖性能方面凉山半细毛羊及引入品种较好；产肉性能方面贾洛藏绵羊、小尾寒羊和罗姆尼羊较好；培育品种凉山半细毛羊及引入品种苏联美利奴羊、高加索细毛羊、林肯羊、考力代羊的产毛性能较好,其中苏联美利奴羊剪毛量最高；高原型西藏羊、湖羊和小尾寒羊有较高的皮用价值。四川省绵羊资源的遗传多样性较丰富,其中西藏羊、凉山半细毛羊、新疆细毛羊、湖羊和小尾寒羊多样性研究最多,加上一些没有搜集到的以及尚未研究的遗传多样性,四川绵羊资源有很大的发掘和评估价值。目前,四川省绵羊资源调查描述表格的设计已经完成,对已经存在的品种资源进行了试填,四川省绵羊资源监测系统建设需在此基础上进一步完善,课题组将继续对四川省绵羊资源的发掘、评估与利用做进一步研究。
田静[8]（2012）在《中国西门塔尔牛生产性能测定及CS基因多态性与肉质性状的关联分析》文中研究表明西门塔尔牛分布广泛，分为乳用、肉用、乳肉兼用等类型。中国西门塔尔牛是一种大型的乳肉兼用品种。本研究以西门塔尔牛为研究对象，对与肉用性能相关的性状进行了测定，分别是：生长发育性状、肥育性状、胴体性状及肉质性状。通过对以上四类性状指标的测定，共获得了260头育肥的中国西门塔尔牛的肉用性状性能数据，从而为后期的利用基因工程方法筛选与肉质性状相关的候选功能基因以及全基因组关联，建立基因聚合育种方法和标记辅助选择等提供基础。同时也为解决肉牛生产中所遇到的育肥效率、高档牛肉生产、牛肉品质鉴定等亟待解决的问题提供技术依据。柠檬酸合成酶（CS）是三羧酸循环代谢途径的关键成员，它对生物体的能量代谢、生物合成等相关的重要生命活动起到调节作用。柠檬酸合成酶在各种生物体内存在广泛，它是细胞内多种重要代谢途径的关键酶，它可以催化草酰乙酸和乙酰辅酶A之间发生缩合反应，生成柠檬酸和辅酶A。以往对柠檬酸合成酶的研究在植物方面，尤其是烟草和油菜等比较多，而在动物和真菌方面对柠檬酸合成酶的研究比较少。最初从酵母中分离与克隆的柠檬酸合成酶基因，共编码479个氨基酸，简称为Sscip。其后在猪体内克隆出的柠檬酸合成酶基因，共编码464个氨基酸，简称Pscip。对于鸡的柠檬酸合成酶基因方面，虽然鸡的柠檬酸合成酶基因的克隆尚未报道，但是已有一种长为433个氨基酸的鸡柠檬酸合成酶的晶体结构已经经过了详细的研究和阐述。而该基因与动物生产性状之间的关系目前尚处于极少报道方面。本研究为研究柠檬酸合成酶基因与西门塔尔牛产肉性能的相关性，选用95头西门塔尔牛为实验材料，采用PCR-RFLP的方法对该基因的外显子多态性进行检测，并利用SPSS软件对该外显子多态性与肉质性状的相关性进行了分析。结果表明：CS基因第三外显子第206bp处存在G（A）突变，该基因多态性与脂肪颜色呈显着相关，AA型显着高于BB型。对其他性状的影响差异不显着。通过研究CS基因外显子的多态性，为西门塔尔牛的选种选育提供实验依据。
乔冬雨[9]（2012）在《8个牛品种的大理石花纹评分相关基因变异的微卫星DNA池分析》文中研究说明本研究以8个牛品种（荷斯坦奶牛、西门塔尔牛、草原红牛、利木赞牛、鲁西黄牛、渤海黑牛、日本和牛以及安格斯牛）为研究对象,利用与大理石花纹评分基因相关的7个微卫星位点（BM1258、BM9138、BMS468、ILSTS026、BMS2780、BR2936和BMS779）结合DNA池分析技术,探讨了微卫星DNA多态性与品种间大理石花纹评分之间的关系,并根据性状同质性原理预测品种组合,以加快生产出高端“雪花”牛肉。结果表明,7个微卫星位点在8个品种中共检测到63个等位基因,平均每个位点9个等位基因,数目最多的位点是BM9138,为13个,最少的位点是BMS779和BMS468,为6个,表明本研究所选用的7个微卫星位点多态信息丰富,可以用于遗传变异分析。在渤海黑牛、日本和牛、鲁西黄牛及利木赞牛4个品种中发现了特有等位基因,其中渤海黑牛在3个位点上都存在特有等位基因,分别是ILSTS026位点（150bp）、BM9138位点（170 bp、168 bp）和BMS2780位点（120bp）;日本和牛在ILSTS026（158bp）位点,鲁西黄牛在BMS779（183bp）位点,利木赞牛在ILSTS026（156bp、152bp）位点,草原红牛在BMS468（124bp）位点上存在特有等位基因。7个微卫星座位在8个品种中共有334条带,其中渤海黑牛在7个微卫星位点上共发现52个等位基因,为最多的品种;荷斯坦奶牛最少,为30个;西门塔尔牛为44个;草原红牛为47个;利木赞牛为43个;鲁西黄牛为43个;日本和牛为37个;安格斯牛为38个。渤海黑牛的遗传多样性较丰富,可以作为宝贵的种质资源加以保护及利用。8个品种间的平均遗传距离为0.200505（0.094737～0.275）。其中,鲁西黄牛与渤海黑牛的遗传距离最小,为0.094737;利木赞牛与日本和牛的遗传距离最大,为0.275。根据相似性系数可知,日本和牛与荷斯坦奶牛、安格斯牛、渤海黑牛的相似性系数均超过0.8,而日本和牛与其它牛品种的的相似性系数均小于0.8,可以推测日本和牛与荷斯坦奶牛、安格斯牛和渤海黑牛在肉质的大理石花纹性状上有着高度的相似性。利用MEGA4软件采用邻接法和非加权组对算术平均法进行聚类,2种聚类图大体结构一致,荷斯坦奶牛与日本和牛都是聚为一类,鲁西黄牛与渤海黑牛聚在一起,利木赞牛与西门塔尔牛聚在一起。聚类结果基本符合品种的大理石花纹特性、地理位置分布及育种过程。根据本研究结果和国外肉牛杂交生产实践,从牛肉大理石花纹性状的同质性出发,建议利用日本和牛、安格斯牛、荷斯坦奶牛、渤海黑牛为亲本,杂交生产高档“雪花”牛肉,以解决我国的肉牛牛源短缺问题。
王薇[10]（2012）在《山猪肉质性状主要相关基因的遗传特性及其对肉质的作用和影响》文中提出中国是猪肉消费大国,随着人们生活水平的不断提高和养猪业的进一步发展,人们对猪肉品质的要求日益提高,因此,改善猪的肉质已成为目前生猪生产上的最大挑战。猪肉品质是一个复杂的经济性状,其表现会受到众多因素的影响,而微效多基因调控机制是决定猪胴体、肉质等数量性状的分子基础。本研究采用候选基因法对肉质相关候选基因进行分子遗传分析,并利用荧光定量PCR技术对候选基因在不同杂交猪品种中的表达差异进行研究,以期了解肉质相关候选基因的多态性及基因表达对胴体、肉质性状的影响。本研究对17个候选基因进行了SNPs的检测,结果在10个基因中检测到19个SNPs，对其中9个肉质相关基因进行多态性分析,研究这些基因的基因型频率和等位基因频率的分布规律。结果表明,在不同猪品种中,除了MYF5基因,其它基因的基因型频率的差异均达到显着（p<0.05）或极显着（p<0.01）水平,在不同性别的山猪杂交猪之间的基因型分布没有显着差异（p>0.05）,在不同山猪血统含量的杂交猪（山猪二元猪和山猪三元猪）之间,MYOD1的基因型分布存在显着差异（p<0.05）,LPL基因的基因型分布显示出极显着差异（p<0.01）。在山猪中,占优势的等位基因分别是MC4R的A等位基因,LEPR的A等位基因,HSL的A等位基因,MYF5的A等位基因,MYOD1的C等位基因,H-FABP的T等位基因以及ADRB3基因的A等位基因。在不同山猪杂交猪中研究了上述基因的多态性位点与猪胴体、肉质性状间的相关性,结果表明,除MYOD1基因外,其余分子标记均与猪中某些胴体、肉质性状存在显着或极显着相关。研究发现,MC4R的AA基因型更有利于体重以及脂肪沉积；LEPR的AA基因型系水能力更强,且更有利于优良肉色性状的表达;HSL的GG基因型有利于提高瘦肉率,而AA基因型有利于提高肌内脂肪含量；LPL的CC基因型具有较薄的背膘厚、较大的眼肌面积和较低的失水率,TT基因型则具有较高的肉色参数值和肌内脂肪含量,指示选择CC基因型猪将有利于地方猪品种的遗传改良；MYF5的AA基因型的肉嫩度更高,肉质系水力更强,具有更好的食用口感；ADRB3的G等位基因更有利于增加肌内脂肪含量,选择G等位基因的引入将有利于国内猪种的遗传改良；H-FABP的T等位基因有利于提高猪肉嫩度和脂肪含量；PPARγ的GG基因型系水能力更强。采用荧光定量PCR方法检测11个候选基因在山猪杂交猪背最长肌中的表达情况,结果表明,在二元杂交猪、三元杂交猪之间,LEPR、PPARα、ADRB3、 AdPLA、SCD基因的表达差异达到显着水平,LPL基因的表达差异达到极显着水平；在不同性别的杂交猪之间,PPARα、ADRB3基因的表达差异达到显着水平。而在各个基因的不同基因型之间,LEPR、LPL、MYF5、PPARγ、ADRB3基因的表达差异达到显着水平。LEPR的AT基因型、PPARγ的AG基因型更有利于基因表达；ADRB3的AG基因型则会减弱基因表达；而LPL的T等位基因、MYOD1的A等位基因更有利于基因表达。在不同山猪杂交猪中研究了候选基因的表达差异与猪胴体、肉质性状间的相关性,结果表明,除了PEPCK基因,其余基因的表达差异均与猪中某些胴体、肉质性状存在显着或极显着相关,其中,MC4R、LEPR、LPL、PPARα基因表达的增强有利于体脂含量、肌内脂肪含量的增加,而不利于胴体性状；MYF5基因表达的增强有利于增加脂肪沉积,但会使猪肉的瘦肉率和嫩度降低；MYOD1基因表达的增强有利于pH24值提高,影响猪肉的食用品质；ADRB3表达量的提高有利于胴体性状,而不利于脂肪性状;PPARγ表达量的提高也不利于胴体性状,但同时会使嫩度降低；AdPLA表达量的提高有助于脂肪的积累,但不利于蛋白质含量的增加；SCD基因表达量的提高有助于肌内脂肪的沉积,增强肉质食用口感。本研究鉴定出一批对猪胴体、肉质性状具有影响的等位基因或基因型,并建立这些等位基因或基因型的检测方法：另外分析各基因的遗传变异类型、表达水平等对肉质性状的作用和影响,为猪肉质性状的遗传控制理论研究和主效基因的评价与利用提供新的研究途径。
二、鸡的微卫星DNA标记与胴体性状的相关分析（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、鸡的微卫星DNA标记与胴体性状的相关分析（论文提纲范文）
（1）基于高密度芯片开展牛杂种优势预测及相关基因鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 杂种优势及利用 |
| 1.2 杂种优势的遗传学解释 |
| 1.3 杂种优势预测 |
| 1.3.1 基于配合力预测杂种优势 |
| 1.3.2 基于亲本遗传差异预测杂种优势 |
| 1.4 杂种优势分子机理研究 |
| 1.4.1 基于组学分析解析杂种优势 |
| 1.4.2 基于关联分析解析杂种优势 |
| 1.4.3 基于选择信号分析解析杂种优势 |
| 1.5 我国牛的杂交改良研究 |
| 1.6 本研究的目的和意义 |
| 第二章 西门塔尔牛、和牛与荷斯坦牛的杂种优势预测分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 血样采集与基因分型 |
| 2.1.3 基因型数据质量控制 |
| 2.1.4 杂种优势预测分析 |
| 2.1.5 实际杂交群体配合力分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 杂种优势预测 |
| 2.2.2 实际杂交群体的配合力分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 杂种优势预测分析 |
| 2.3.2 实际杂交群体杂交效果分析 |
| 第三章 亲本与杂交一代的选择信号分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 血样采集与基因分型 |
| 3.1.3 基因型数据质量控制 |
| 3.1.4 主成分分析 |
| 3.1.5 群体遗传混合分析 |
| 3.1.6 选择信号分析 |
| 3.1.7 候选基因的检测与富集分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 群体遗传结构分析 |
| 3.2.2 选择信号分析 |
| 3.2.3 基因富集分析 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 德系西门塔尔牛与荷斯坦牛F_1代毛色及初生重性状的全基因组关联分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 血样采集与基因分型 |
| 4.1.3 数据预处理 |
| 4.1.4 群体分层分析 |
| 4.1.5 全基因组关联分析 |
| 4.1.6 基因注释 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 表型数据基本统计量 |
| 4.2.2 SNP数据质量控制 |
| 4.2.3 主成分分析 |
| 4.2.4 全基因组关联分析 |
| 4.2.5 基因注释 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（2）安庆六白猪全基因组受选择区域分析及种质优异基因鉴定（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 中英文缩略词表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 安庆六白猪简介 |
| 1.1.1 安庆六白猪产区分布 |
| 1.1.2 安庆六白猪种质特性 |
| 1.1.3 安庆六白猪保种现状 |
| 1.2 测序技术及猪基因组研究 |
| 1.2.1 基因组遗传变异检测方法 |
| 1.2.2 猪基因组学研究进展 |
| 1.3 选择信号简述 |
| 1.3.1 选择信号检测方法 |
| 1.3.2 选择信号在猪育种中的研究 |
| 1.4 基因组长纯合子片段(ROH)研究进展 |
| 1.4.1 ROH介绍及其检测方法 |
| 1.4.2 ROH应用进展 |
| 1.4.3 基因组近交系数 |
| 1.5 基因多态性与性状之间的关联分析 |
| 1.5.1 QTL定位 |
| 1.5.2 全基因组关联分析 |
| 1.5.3 expression QTL |
| 1.6 研究目的及意义 |
| 第二章 基于SSR标记的安庆六白猪遗传多样性分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 试验动物 |
| 2.2.2 仪器及试剂 |
| 2.2.3 DNA提取 |
| 2.2.4 DNA完整性、纯度及浓度检测 |
| 2.2.5 安庆六白猪群体14 个微卫星座研究 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 安庆六白猪DNA电泳检测 |
| 2.3.2 安庆六白猪14 个微卫星位点等位基因及基因型频率 |
| 2.3.3 安庆六白猪14 个微卫星位点遗传信息分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 安庆六白猪基因组选择信号研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 样本来源 |
| 3.2.2 猪基因组DNA文库构建及测序 |
| 3.2.3 基因组内遗传变异信息检测及基因组亲缘关系计算 |
| 3.2.4 SNP质控 |
| 3.2.5 选择信号检测 |
| 3.2.6 受选择区域候选基因GO及 KEGG功能分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 安庆六白猪及亚洲野猪重测序结果分析 |
| 3.3.2 安庆六白猪及亚洲野猪基因组遗传变异研究 |
| 3.3.3 选择信号参数设置 |
| 3.3.4 F_(ST)及πratio值计算 |
| 3.3.5 安庆六白猪基因组受选择区域内基因功能分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 安庆六白猪基因组长纯合子片段(ROH)研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 样本来源及基因组重测序 |
| 4.2.2 安庆六白猪、亚洲野猪基因组ROH检测 |
| 4.2.3 安庆六白猪基因组近交系数计算 |
| 4.2.4 安庆六白猪基因组ROH岛区域捕获及基因功能注释 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 两种猪基因组ROH统计 |
| 4.3.2 安庆六白猪与亚洲野猪基因组近交系数 |
| 4.3.3 安庆六白猪与亚洲野猪高频ROH区域鉴定 |
| 4.3.4 安庆六白猪与亚洲野猪ROH岛基因功能分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 安庆六白猪选择区域的QTL映射 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 安庆六白猪选择区域的QTL映射 |
| 5.2.2 PCR引物设计与合成 |
| 5.2.3 PCR反应体系及反应条件 |
| 5.2.4 PCR产物检测及数据计算 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 安庆六白猪选择区域的QTL映射 |
| 5.3.2 安庆六白猪候选基因多态性检测 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 第六章 结论与展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点与特色 |
| 6.3 下一步工作展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 个人简介 |
（3）湖羊养殖技术优化与应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 湖羊生产及育种现状 |
| 1.2 肉羊育种主要技术介绍 |
| 1.2.1 最佳线性无偏估计 |
| 1.2.2 标记辅助选择 |
| 1.2.3 基因组选择 |
| 1.3 肉羊基因组选择育种进展 |
| 1.3.1 GS在羊育种中的应用 |
| 1.3.2 GS育种的优势与缺陷 |
| 1.3.3 GS在我国肉羊育种中的展望 |
| 1.4 协同育种技术 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 第二章 湖羊基因组选择育种设计 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 试验场育种现状 |
| 2.2.2 育种目标 |
| 2.2.3 GS常见算法 |
| 2.2.4 GEBV准确性 |
| 2.2.5 表型测定 |
| 2.2.6 血样样品采集 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 参考群的构建与更新方案 |
| 2.3.2 候选群的测定与选留方案 |
| 2.3.3 样品采集与基因分型方案 |
| 2.3.4 GEBV的计算与验证方案 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 试验场湖羊GS策略探讨 |
| 2.4.2 低成本基因组选择策略探讨 |
| 第三章 微卫星鉴定湖羊家系 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试验材料 |
| 3.2.2 试验方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 DNA质检结果 |
| 3.3.2 荧光PCR结果 |
| 3.3.3 微卫星等位基因统计分析及排除概率 |
| 3.3.4 家系划分鉴定结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 微卫星在亲缘关系鉴定中的应用 |
| 3.4.2 基于微卫星鉴定湖羊家系 |
| 第四章 寒旱地区湖羊35日龄早期断奶研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 试验动物与分组 |
| 4.2.2 统计分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 数据质控 |
| 4.3.2 各阶段羔羊体重对比 |
| 4.3.3 各阶段羔羊增重对比 |
| 4.3.4 羔羊断奶时成活率对比 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 常见羔羊早期断奶方法 |
| 4.4.2 饲养密度对畜禽成长发育的影响 |
| 4.4.3 哺乳期羔羊行为学分析 |
| 第五章 反刍专用甜菜碱对湖羊生长性能的影响 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 试验时间与地点 |
| 5.2.2 试验材料 |
| 5.2.3 试验设计 |
| 5.2.4 统计分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 甜菜碱对育肥羊全群生长性能的影响 |
| 5.3.2 不同育肥阶段和体重等级下甜菜碱对湖羊生长性能的影响 |
| 5.4 讨论 |
| 第六章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（4）影响猪生长和采食的嗅觉受体基因全基因组挖掘（论文提纲范文）
| 硕士学位论文评阅人、答辩委员会签名表 |
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 嗅觉及嗅觉受体研究进展 |
| 1.1.1 嗅觉 |
| 1.1.2 嗅觉受体 |
| 1.1.3 嗅觉受体基因及表达 |
| 1.1.4 嗅觉受体基因对家畜采食行为的影响机理 |
| 1.1.5 嗅觉受体基因与家畜经济性状的关联研究 |
| 1.2 猪拷贝数变异研究进展 |
| 1.2.1 CNV变异检测 |
| 1.2.2 CNV在畜禽上的研究进展 |
| 1.3 数量性状基因座研究进展 |
| 1.3.1 QTL的检测方法 |
| 1.3.2 QTL在畜禽上的研究进展 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 猪全基因组拷贝数变异检测及生长性状关联分析 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 试验样本 |
| 2.1.2 主要试验设备及试剂 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 数据统计与分析 |
| 2.2.2 数据处理模型 |
| 2.2.3 基因组DNA的提取与检测 |
| 2.2.4 基因组文库构建及重测序 |
| 2.2.5 重测序数据质控 |
| 2.2.6 序列比对 |
| 2.2.7 全基因组CNV检测 |
| 2.2.8 重测序数据CNV关联分析 |
| 2.2.9 CNV的基因注释及功能分析 |
| 2.2.10 设计引物与实时荧光定量PCR |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 表型基本统计量 |
| 2.3.2 影响猪生长性状的效应分析 |
| 2.3.3 数据质控 |
| 2.3.4 CNV检测结果 |
| 2.3.5 六个生长性状CNV关联分析 |
| 2.3.6 CNVR的基因注释及功能分析 |
| 2.3.7 OR12D3基因拷贝数验证 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 生长性状CNV关联分析 |
| 2.4.2 嗅觉受体基因CNV对家畜的影响 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三章 猪遗传连锁图谱构建及生长性状QTL定位 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 遗传图谱构建的方法 |
| 3.2.2 QTL定位的方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 遗传连锁图谱的构建 |
| 3.3.2 遗传连锁图谱质量评估 |
| 3.3.3 QTL定位 |
| 3.3.4 QTL区间内基因注释 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 遗传连锁图谱及QTL定位 |
| 3.4.2 候选基因预测 |
| 3.5 本章小结 |
| 第四章 猪采食行为及生长性状遗传参数估计及GWAS分析 |
| 4.1 试验材料 |
| 4.1.1 试验样本 |
| 4.1.2 主要试验设备及试剂 |
| 4.2 试验方法 |
| 4.2.1 表型数据统计及遗传参数分析方法 |
| 4.2.2 基因组DNA的提取与检测 |
| 4.2.3 基因组文库构建及重测序 |
| 4.2.4 序列质量检查和过滤 |
| 4.2.5 SNP变异检测 |
| 4.2.6 SNP质控 |
| 4.2.7 全基因组关联分析 |
| 4.2.8 候选基因定位 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 表型基本统计量 |
| 4.3.2 猪采食行为和生长性状遗传参数估计 |
| 4.3.3 重测序数据质控结果 |
| 4.3.4 全基因组关联分析 |
| 4.3.5 候选基因定位 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 猪采食行为和生长性状遗传参数估计 |
| 4.4.2 猪采食行为和生长性状GWAS结果 |
| 4.4.3 候选基因筛选 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（5）基于基因组信息对金华猪种质特性及其保护、利用的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 文章部分缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 金华猪概况 |
| 1.1.1 产地分布及品种形成 |
| 1.1.2 种质特性 |
| 1.1.3 保种现状 |
| 1.1.4 研究进展 |
| 1.1.5 主要问题 |
| 1.2 猪的基因组研究 |
| 1.2.1 猪基因组的组装 |
| 1.2.2 基因组测序在猪中的应用 |
| 1.3 分子种质特性研究方法 |
| 1.3.1 遗传变异检测 |
| 1.3.2 基因组结构分析 |
| 1.3.3 基因组功能注释 |
| 1.3.4 选择信号分析 |
| 1.4 家畜遗传资源的保护 |
| 1.4.1 家畜遗传多样性 |
| 1.4.2 遗传多样性检测方法 |
| 1.4.3 在分子水平上评估遗传多样性的指标 |
| 1.4.4 保种相关理论和方法 |
| 1.4.5 保种方式 |
| 1.5 遗传资源的利用 |
| 1.5.1 利用的必要性 |
| 1.5.2 利用的主要途径 |
| 1.6 研究目的与意义 |
| 2 金华猪在遗传资源分类中的地位 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验动物与样品 |
| 2.1.2 主要试剂及其来源 |
| 2.1.3 主要仪器及设备 |
| 2.1.4 基因组DNA的提取及质量检测 |
| 2.1.5 文库的构建及测序 |
| 2.1.6 测序数据分析及存贮 |
| 2.1.7 群体及SNPs检测 |
| 2.1.8 群体遗传距离分析 |
| 2.1.9 群体遗传分化 |
| 2.1.10 群体遗传结构分析 |
| 2.1.11 群体迁移分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 测序数据分析结果 |
| 2.2.2 SNPs的数量和频率分布 |
| 2.2.3 金华猪与其它群体间的遗传距离 |
| 2.2.4 群体间遗传分化结果 |
| 2.2.5 群体遗传结构结果 |
| 2.2.6 群体迁移分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 金华猪的基因组测序及遗传变异检测 |
| 2.3.2 金华猪在遗传资源分类的地位 |
| 2.4 小结 |
| 3 金华猪的分子种质特性研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 基因组结构分析 |
| 3.1.2 基因组功能分析 |
| 3.1.3 金华猪群体内选择信号检测 |
| 3.1.4 群体间选择信号检测 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 SNPs在基因组上的分布 |
| 3.2.2 群体单倍型块构建 |
| 3.2.3 群体ROH分布 |
| 3.2.4 金华猪群体内选择信号分析 |
| 3.2.5 群体间选择信号分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 基因组结构上的分析 |
| 3.3.2 选择信号分析 |
| 3.4 小结 |
| 4 金华猪易感猪支原体肺炎遗传机制的研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 生物信息学挖掘方法 |
| 4.1.2 全基因组关联分析 |
| 4.2 结果与讨论 |
| 4.2.1 生物信息学挖掘结果 |
| 4.2.2 全基因组关联分析结果 |
| 4.2.3 候选基因的验证 |
| 4.3 小结 |
| 5 金华猪保种效果分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 基于系谱的近交系数计算 |
| 5.1.2 繁殖性能育种值评估 |
| 5.1.3 在群金华猪近交系数、亲缘系数计算和群体结构分析 |
| 5.1.4 在群金华猪群体有效含量估计 |
| 5.1.5 群体遗传多样性分析 |
| 5.1.6 遗传近交程度估计 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 金华猪历年近交系数变化 |
| 5.2.2 金华猪历年繁殖性能变化 |
| 5.2.3 在群金华猪近交系数、亲缘系数和群体结构 |
| 5.2.4 在群金华猪群体有效含量 |
| 5.2.5 群体遗传多样性分析结果 |
| 5.2.6 群体近交程度估计 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 6 金华猪的最宜杂交配套模式 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 杂种优势预测方法 |
| 6.1.2 配合力测定试验方法 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 杂种优势预测结果 |
| 6.2.2 配合力测定试验结果 |
| 6.3 讨论 |
| 6.3.1 杂种优势预测 |
| 6.3.2 配合力测定试验 |
| 6.4 小结 |
| 7 结语 |
| 7.1 具体工作及结果 |
| 7.2 论文创新点 |
| 7.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 论文中的附表 |
| 附录2 论文中其它附件 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间取得的主要成果 |
| 学术论文 |
| 专利 |
（6）绵羊ADIPOQ、UCP1和FGF21基因遗传变异与生长及胴体肌肉性状关联性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Summary |
| 主要缩略词 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 中国与新西兰养羊业现状 |
| 1.1 中国养羊业现状 |
| 1.2 新西兰养羊业现状 |
| 2 基因组DNA遗传标记及其在家畜育种中的应用 |
| 2.1 家畜DNA遗传标记技术 |
| 2.2 基因标记研究进展 |
| 3 本研究候选基因研究进展 |
| 3.1 ADIPOQ基因 |
| 3.2 UCP1基因 |
| 3.3 FGF21基因 |
| 4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 试验材料与研究方法 |
| 1 试验材料 |
| 1.1 样品来源 |
| 1.2 试验主要试剂 |
| 2. 试验方法 |
| 2.1 血液基因组DNA提取 |
| 2.2 PCR扩增 |
| 2.3 SSCP凝胶分析 |
| 2.4 等位基因序列测序 |
| 3. 数据统计分析 |
| 3.1 蛋白质结构预测分析 |
| 3.2 核苷酸序列分析 |
| 3.3 基因多态性信息分析 |
| 3.4 Hardy-Weinberg平衡检验与 χ2检验 |
| 3.5 新西兰罗姆尼羊基因突变与生长及屠宰胴体性状关联性分析 |
| 第三章 结果与分析 |
| 1. 不同绵羊品种ADIPOQ基因多态性分析 |
| 1.1 绵羊ADIPOQ基因核苷酸变异分析 |
| 1.2 绵羊ADIPOQ蛋白质序列比对 |
| 1.3 绵羊ADIPOQ蛋白质结构预测 |
| 1.4 绵羊ADIPOQ基因多态性变异频率分析 |
| 1.5 绵羊ADIPOQ基因单体型多样性分析 |
| 1.6 不同绵羊品种ADIPOQ基因的遗传特性分析 |
| 1.7 Hardy-Weinberg平衡检验 |
| 2. 罗姆尼羊ADIPOQ基因变异对生产性状的影响 |
| 2.1 ADIPOQ基因启动子变异对生长性状的影响 |
| 2.2 ADIPOQ基因启动子变异对胴体肌肉性状的影响 |
| 2.3 ADIPOQ基因外显子 3-1 区变异对生长性状的影响 |
| 2.4 ADIPOQ基因外显子 3-1 变异对胴体肌肉性状的影响 |
| 2.5 ADIPOQ基因单体型对生长性状的影响 |
| 2.6 ADIPOQ基因单体型对胴体肌肉性状的影响 |
| 3. 不同绵羊品种UCP1基因多态性分析 |
| 3.1 绵羊UCP1基因核苷酸变异分析 |
| 3.2 绵羊UCP1基因多态性变异频率分析 |
| 3.3 绵羊UCP1基因单体型多样性分析 |
| 4. 罗姆尼羊UCP1基因变异对生产性状的影响 |
| 4.1 UCP1基因启动子区变异对生长性状的影响 |
| 4.2 UCP1基因启动子区变异对胴体肌肉性状的影响 |
| 4.3 UCP1基因第5内含子区变异对生长性状的影响 |
| 4.4 UCP1基因第5内含子区变异对胴体肌肉性状的影响 |
| 4.5 UCP1基因单体型对断奶前各生长性状的影响 |
| 4.6 UCP1基因单体型对胴体肌肉性状的影响 |
| 5. 不同绵羊品种FGF21基因多态性分析 |
| 5.1 绵羊FGF21基因核苷酸变异分析 |
| 5.2 绵羊FGF21蛋白质序列比对 |
| 5.3 绵羊FGF21蛋白质结构预测 |
| 5.4 绵羊FGF21基因多态性变异频率分析 |
| 6. 罗姆尼羊FGF21基因变异对生产性状的影响 |
| 6.1 FGF21基因外显子3区变异对生长性状的影响 |
| 6.2 FGF21基因外显子3区变异对胴体肌肉性状的影响 |
| 第四章 讨论 |
| 1. 单体型（Haplotype）分析及应用 |
| 2. 绵羊ADIPOQ基因核苷酸序列变异 |
| 3. ADIPOQ基因核苷酸序列变异与罗姆尼羊生产性状 |
| 3.1 罗姆尼羊ADIPOQ基因变异对生长性状的影响 |
| 3.2 罗姆尼羊ADIPOQ基因变异对胴体性状的影响 |
| 4. 绵羊UCP1基因核苷酸序列变异 |
| 5. UCP1基因核苷酸序列变异与罗姆尼羊生产性状 |
| 6. 绵羊FGF21基因核苷酸序列变异及其与生产性状之间的关系 |
| 第五章 结论 |
| 第六章 创新及不足 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（7）四川省绵羊资源的发掘与评估初探（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1. 文献综述 |
| 1.1 四川省现有绵羊资源现状 |
| 1.1.1 四川省绵羊的生产概况 |
| 1.1.2 四川省的绵羊种质资源 |
| 1.2 绵羊资源的遗传多样性 |
| 1.2.1 DNA分子水平的研究概况 |
| 1.2.2 分子标记的应用 |
| 1.3 绵羊生产性能及肉质研究的概况 |
| 1.3.1 绵羊生产性能研究概况 |
| 1.3.2 绵羊肉质的研究概况 |
| 1.4 绵羊的杂交改良研究概况 |
| 1.5 绵羊资源的研究发展趋势 |
| 1.5.1 绵羊品种资源的保护 |
| 1.5.2 绵羊资源的充分利用 |
| 1.6 本试验研究的目的意义 |
| 2. 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 试验群体及方法 |
| 2.1.2 试验试剂及仪器 |
| 2.1.3 绵羊资源材料与方法 |
| 2.2 布拖黑绵羊与凉山半细毛羊改良羊生长发育及肉质比较分析方法 |
| 2.2.1 绵羊生长发育指标 |
| 2.2.2 绵羊屠宰性能测定 |
| 2.2.3 羊肉品质分析比较 |
| 2.2.4 常规营养成分分析 |
| 2.2.5 绵羊矿物质成分测定 |
| 2.2.6 羊肉氨基酸成分测定 |
| 2.2.7 羊肉脂肪成分测定 |
| 2.2.8 羊肉挥发性成分测定 |
| 2.3 四川省绵羊资源研究方法 |
| 3. 结果与分析 |
| 3.1 布拖黑绵羊与凉山半细毛羊改良羊生长发育和肉质比较试验结果分析 |
| 3.1.1 生长发育指标 |
| 3.1.2 屠宰性能和肉质分析 |
| 3.1.3 常规营养成分分析 |
| 3.1.4 氨基酸含量分析 |
| 3.1.5 矿物质含量分析 |
| 3.1.6 脂肪酸含量分析 |
| 3.1.7 挥发性成分分析 |
| 3.2 四川省绵羊资源的调查研究结果初步分析 |
| 3.2.1 四川绵羊资源基本情况 |
| 3.2.2 四川绵羊资源生理生化指标 |
| 3.2.3 四川绵羊资源基本特征描述 |
| 3.2.4 四川绵羊资源生长发育指标 |
| 3.2.5 四川绵羊资源繁殖性能 |
| 3.2.6 四川绵羊资源生产性能 |
| 3.2.7 四川绵羊资源遗传指标分析 |
| 3.2.8 四川绵羊资源饲养管理状况 |
| 3.2.9 四川绵羊资源评估与保存信息 |
| 4. 讨论 |
| 4.1 布拖黑绵羊与凉山半细毛羊改良羊生长发育及肉质比较 |
| 4.1.1 生长发育指标 |
| 4.1.2 屠宰性能和肉质 |
| 4.1.3 常规营养成分 |
| 4.1.4 氨基酸和矿物质含量 |
| 4.1.5 脂肪酸及挥发性风味物质 |
| 4.2 四川省绵羊资源的调查研究 |
| 4.2.1 四川绵羊资源基本情况 |
| 4.2.2 四川绵羊资源生理生化指标 |
| 4.2.3 四川绵羊资源基本特征 |
| 4.2.4 四川绵羊资源生长发育指标 |
| 4.2.5 四川绵羊资源繁殖性能 |
| 4.2.6 四川绵羊资源生产性能 |
| 4.2.7 四川绵羊资源遗传指标 |
| 4.2.8 四川绵羊资源饲养管理状况 |
| 4.2.9 四川绵羊资源评估与保存信息 |
| 5. 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的文章 |
（8）中国西门塔尔牛生产性能测定及CS基因多态性与肉质性状的关联分析（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 英文缩写词表 |
| 前言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第1章 中国西门塔尔牛及其生产性性能测定的意义 |
| 1.1 西门塔尔牛概况 |
| 1.2 中国西门塔尔牛概况 |
| 第2章 分子遗传标记及其在家畜育种中的应用 |
| 2.1 分子遗传标记技术概念 |
| 2.2 分子遗传标记的类型及遗传特点 |
| 2.3 分子标记与家畜育种 |
| 2.4 分子遗传标记技术与畜禽育种的展望 |
| 第3章 柠檬酸合成酶基因的分子生物学研究进展 |
| 3.1 柠檬酸合成酶的空间结构 |
| 3.2 柠檬酸合成酶的理化性质 |
| 3.3 柠檬酸合成酶的催化机制 |
| 3.4 柠檬酸合成酶的生物学功能 |
| 3.5 柠檬酸合成酶的应用 |
| 第二篇 研究内容 |
| 第1章 西门塔尔牛的育肥与肉用性能测定 |
| 1.1 材料与方法 |
| 1.2 结果与分析 |
| 1.3 讨论 |
| 1.4 小结 |
| 第2章 西门塔尔牛 CS 基因多态性与肉质性状的相关性分析 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 导师简介 |
| 作者简介及攻读学位期间发表的学术论文及科研成果 |
| 致谢 |
（9）8个牛品种的大理石花纹评分相关基因变异的微卫星DNA池分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 大理石花纹肉概述 |
| 1.2.1 大理石花纹肉的概念 |
| 1.2.2 肌内脂肪沉积的生物学特性 |
| 1.2.3 影响肌内脂肪含量的因素 |
| 1.2.4 脂肪沉积相关的微卫星DNA 的研究进展 |
| 1.3 微卫星标记概述 |
| 1.3.1 微卫星标记的概念及其优点 |
| 1.3.2 微卫星标记在群体间遗传变异方面的应用 |
| 1.4 DNA 混合池技术概述 |
| 1.5 本研究的意义、主要内容和创新点 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 试验样品来源及采样方法 |
| 2.1.2 主要实验仪器设备 |
| 2.1.3 主要分析工具软件 |
| 2.1.4 主要药品和酶 |
| 2.1.5 溶液试剂配制 |
| 2.2 试验方法和步骤 |
| 2.2.1 血液、肌肉和冻精中DNA 的提取及检测 |
| 2.2.2.微卫星位点的选择 |
| 2.2.3 PCR 反应体系及条件 |
| 3. 结果与分析 |
| 3.1 基因组DNA 提取结果 |
| 3.2 PCR 扩增产物的琼脂糖检测 |
| 3.3 微卫星DNA 多态性的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测 |
| 3.4 微卫星位点在8 个牛品种中的遗传多样性分析 |
| 3.4.1 微卫星等位基因分析 |
| 3.4.2 相似性系数和遗传距离计算结果及聚类分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 关于微卫星位点及品种的选择 |
| 4.2 关于DNA 提取、检测 |
| 4.3 关于DNA 混合池技术 |
| 4.4 关于变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 4.5 关于微卫星位点的多态性 |
| 4.6 关于相似性系数、遗传距离及聚类分析 |
| 4.7 关于高档牛肉生产 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 作者简历 |
| 致谢 |
（10）山猪肉质性状主要相关基因的遗传特性及其对肉质的作用和影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 中国主要地方猪品种资源及其遗传多样性 |
| 1.1.1 中国主要猪品种资源 |
| 1.1.2 中国地方猪品种遗传多样性 |
| 1.1.3 山猪品种资源状况 |
| 1.2 DNA分子标记在猪品种遗传育种中的应用 |
| 1.2.1 猪品种育种研究 |
| 1.2.2 DNA分子标记 |
| 1.2.3 DNA分子标记在猪遗传育种中的应用 |
| 1.3 猪肉质性状分子遗传学的研究 |
| 1.3.1 猪肉质的评定及影响因素 |
| 1.3.2 猪肉质性状的遗传基础 |
| 1.3.2.1 Hal基因 |
| 1.3.2.2 RN基因 |
| 1.3.2.3 HSP 70.2基因 |
| 1.3.2.4 ADD1基因 |
| 1.3.2.5 DECR1基因 |
| 1.3.2.6 FABP基因 |
| 1.3.2.7 HSL基因 |
| 1.3.2.8 LEPR基因 |
| 1.3.2.9 OB基因 |
| 1.3.2.10 MC4R、MC5R基因 |
| 1.3.2.11 MYF5、MYOD1、MYOG基因 |
| 1.3.2.12 PDHA1基因 |
| 1.3.2.13 PPARα、PPARγ基因 |
| 1.3.2.14 LPL基因 |
| 1.3.2.15 UCP2、UCP3基因 |
| 1.3.2.16 CAST基因 |
| 1.3.2.17 ADRB3基因 |
| 1.3.2.18 AdPLA基因 |
| 1.3.2.19 PEPCK基因 |
| 1.3.2.20 PRKAG3基因 |
| 1.3.2.21 SCD基因 |
| 1.3.3 猪肉质性状遗传改良 |
| 第二章 猪肉质性状相关基因的多态性及其对肉质的影响研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料的采集和保存 |
| 2.1.2 试验仪器和试剂 |
| 2.1.2.1 主要仪器 |
| 2.1.2.2 主要试剂 |
| 2.1.2.3 主要药品、酶和试剂盒 |
| 2.1.3 猪血液和组织基因组DNA的提取 |
| 2.1.3.1 猪血液基因组DNA的提取 |
| 2.1.3.2 猪组织基因组DNA提取 |
| 2.1.3.3 DNA浓度和质量的检测 |
| 2.1.4 PCR-SSCP检测与测序 |
| 2.1.4.1 PCR引物设计和反应条件 |
| 2.1.4.2 PCR产物检测 |
| 2.1.4.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.1.4.4 测序 |
| 2.1.4.5 不对称PCR-SSCP检测 |
| 2.1.5 PCR-RFLP检测 |
| 2.1.5.1 PCR引物设计和反应条件 |
| 2.1.5.2 PCR产物检测 |
| 2.1.5.3 PCR产物酶切 |
| 2.1.5.4 酶切产物电泳检测 |
| 2.1.6 胴体、肉质性状指标的测定 |
| 2.1.6.1 胴体性状指标的测定 |
| 2.1.6.2 肉质性状指标的测定 |
| 2.1.7 数据处理和统计分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 猪血液和组织DNA浓度和质量的检测 |
| 2.2.2 PCR-SSCP检测结果和序列比较分析 |
| 2.2.2.1 HSL基因的SSCP检测 |
| 2.2.2.2 LPL基因的SSCP检测 |
| 2.2.2.3 MC4R基因的SSCP检测 |
| 2.2.2.4 LEPR基因的SSCP检测 |
| 2.2.2.5 MYF5基因的SSCP检测 |
| 2.2.2.6 PPARγ基因的SSCP检测 |
| 2.2.2.7 PPARα基因的SSCP检测 |
| 2.2.3 PCR-RFLP检测结果和分析 |
| 2.2.3.1 MC4R基因的RFLP检测 |
| 2.2.3.2 LEPR基因的RFLP检测 |
| 2.2.3.3 HSL基因的RFLP检测 |
| 2.2.3.4 MYF5基因的RFLP检测 |
| 2.2.3.5 MYOD1基因的RFLP检测 |
| 2.2.3.6 ADRB3基因的RFLP检测 |
| 2.2.3.7 H-FABP基因的RFLP检测 |
| 2.2.3.8 ADD1基因的RFLP检测 |
| 2.2.4 肉质性状相关候选基因的多态性分析 |
| 2.2.5 不同山猪杂交猪肉质性状的比较 |
| 2.2.5.1 山猪杂交猪胴体性状的比较 |
| 2.2.5.2 山猪杂交猪肉质性状的感官评定 |
| 2.2.5.3 猪杂交猪肉质性状的测定 |
| 2.2.5.4 猪杂交猪肉质性状化学成分分析 |
| 2.2.6 肉质性状相关基因的多态性对肉质的影响 |
| 2.2.6.1 相关性分析 |
| 2.2.6.2 基因多态性对肉质性状的影响 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 地方猪品种资源保护 |
| 2.3.2 候选基因的筛选 |
| 2.3.3 SNPs的研究 |
| 2.3.4 不同猪品种中基因多态性的分析 |
| 2.3.5 基因多态性与肉质性状的关联分析 |
| 第三章 猪肉质性状相关基因的表达分析及其对肉质的影响研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料的采集和保存 |
| 3.1.2 试验仪器和试剂 |
| 3.1.2.1 主要仪器 |
| 3.1.2.2 主要试剂 |
| 3.1.2.3 主要药品、酶和试剂盒 |
| 3.1.3 猪组织RNA的提取 |
| 3.1.3.1 RNA的提取 |
| 3.1.3.2 RNA浓度和质量的检测 |
| 3.1.4 RNA反转录成cDNA |
| 3.1.5 实时荧光定量PCR |
| 3.1.5.1 定量PCR引物设计 |
| 3.1.5.2 定量PCR反应 |
| 3.1.6 胴体、肉质性状指标的测定 |
| 3.1.6.1 胴体性状指标的测定 |
| 3.1.6.2 肉质性状指标的测定 |
| 3.1.7 数据处理和统计分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 猪RNA浓度和质量的检测 |
| 3.2.2 荧光定量PCR扩增产物特异性 |
| 3.2.3 基因的荧光定量PCR分析 |
| 3.2.3.1 基因在杂交猪中的表达情况 |
| 3.2.3.2 基因多态性对基因表达的影响 |
| 3.2.4 基因表达与肉质性状相关性分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 肉质相关基因表达情况 |
| 3.3.2 基因表达与肉质性状的相关性分析 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 在读期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
四、鸡的微卫星DNA标记与胴体性状的相关分析（论文参考文献）
- [1]基于高密度芯片开展牛杂种优势预测及相关基因鉴定[D]. 范婷婷. 中国农业科学院, 2021(09)
- [2]安庆六白猪全基因组受选择区域分析及种质优异基因鉴定[D]. 吴旭东. 安徽农业大学, 2021(02)
- [3]湖羊养殖技术优化与应用[D]. 赵志达. 中国农业科学院, 2020(01)
- [4]影响猪生长和采食的嗅觉受体基因全基因组挖掘[D]. 欧阳峰正. 中国农业科学院, 2020
- [5]基于基因组信息对金华猪种质特性及其保护、利用的研究[D]. 徐忠. 上海交通大学, 2020
- [6]绵羊ADIPOQ、UCP1和FGF21基因遗传变异与生长及胴体肌肉性状关联性研究[D]. 安清明. 甘肃农业大学, 2016(08)
- [7]四川省绵羊资源的发掘与评估初探[D]. 陈华丽. 四川农业大学, 2013(03)
- [8]中国西门塔尔牛生产性能测定及CS基因多态性与肉质性状的关联分析[D]. 田静. 吉林大学, 2012(03)
- [9]8个牛品种的大理石花纹评分相关基因变异的微卫星DNA池分析[D]. 乔冬雨. 河北农业大学, 2012(08)
- [10]山猪肉质性状主要相关基因的遗传特性及其对肉质的作用和影响[D]. 王薇. 南京师范大学, 2012(03)