导读:本文包含了密码子使用偏好论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:酸枣,叶绿体基因组,密码子,使用偏性
密码子使用偏好论文文献综述
胡晓艳,许艳秋,韩有志,杜淑辉[1]（2019）在《酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性分析》一文中研究指出通过分析枣属植物酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性,探讨影响其密码子使用偏性形成的主要因素。结果表明:酸枣叶绿体基因组有效密码子数(N_(ec))为47.72,密码子使用偏性较弱;中性绘图分析和使用的有效密码子数绘图分析(N_(ec)-plot绘图分析)结果表明,酸枣叶绿体基因组密码子使用保守性较高,选择压力对密码子使用的影响较大;最优密码子分析确定UUU、GUA、UCA、ACA、AAU、AGA、GGG等7个密码子为最优密码子;奇偶偏差分析表明,密码子第3位碱基的使用存在偏好性,嘌呤的使用比嘧啶更频繁;基于同义密码子相对使用度的对应性分析表明,酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性的影响因素中GC含量影响最大,其他因素也有一定影响。酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性的影响因素中,来自外界的选择压力起主要作用,核苷酸组成和其他因素也发挥一定的作用。(本文来源于《森林与环境学报》期刊2019年06期）
胡振民,万青,李欢,李荣林,王枫[2]（2019）在《茶树CsNRT1.1基因密码子使用特性分析》一文中研究指出运用CUSP、Condow等程序对茶树CsNRT1.1基因、茶树基因组及不同物种NRT1.1基因进行密码子使用特性分析,并比较了CsNRT1.1基因与不同模式物种密码子使用偏好性差异。结果显示,茶树CsNRT1.1基因编码区偏好使用A/U,密码子结尾偏好使用G/C,RSCU值>1的偏好性密码子有26个,其中偏好性较强的只有AGG(RSCU>2),并偏好以G/C结尾;CsNRT1.1基因和茶树基因组中密码子偏好性存在差异,共计25个密码子使用偏好性存在明显差异,5个氨基酸密码子偏好性完全一致;CsNRT1.1等少数NRT1.1基因的ENc值较高,CAI、CBI值较低,说明其密码子使用偏好性较低,同时基因表达水平可能较低;CsNRT1.1基因与双子叶植物拟南芥、烟草及酵母菌密码子偏好性差异较小;对NRT1.1基因基于编码基因序列(CDS)组成和基于密码子偏性的聚类分析结果存在一定差异,但在一定程度上都能反映物种间的亲缘关系。(本文来源于《江苏农业学报》期刊2019年04期）
王婧,王天翼,王罗云,张建国,曾艳飞[3]（2019）在《沙枣叶绿体全基因组序列及其使用密码子偏性分析》一文中研究指出该研究以2株野生沙枣(Elaeagnus angustifolia Linn.)嫩枝经温室水培后的嫩叶为材料,采用CTAB法分别提取总DNA,并利用第二代测序技术进行总DNA从头测序,组装后得到2株沙枣叶绿体基因组全序列,并详细分析了其蛋白质编码基因密码子使用的偏好性及其原因,为沙枣叶绿体基因工程和分子系统进化等研究奠定基础。结果显示:(1)组装得到沙枣叶绿体基因组序列全长150 546 bp,由长度为81 113 bp的长单拷贝(LSC)区域和25 494 bp的短单拷贝(SSC)区域,以及1对分隔开它们的长18 445 bp的反向重复序列(IRS)组成;注释共得到132个基因,包括86个蛋白编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因。(2)沙枣叶绿体基因组蛋白编码基因密码子的第叁位碱基GC含量(GC_3)为28.47%,明显低于整个叶绿体基因组GC含量(37%),也低于第一位(GC_1)和第二位(GC_2)碱基的GC含量,说明密码子对AT碱基结尾有偏好性;其中, UCU、CCU、UGU、GCU、CUU、GAU、UCA和UAA为最优密码子。(3)同义密码子相对使用频率(RSCU)分析发现,影响密码子使用模式的因素并不单一,密码子的偏好性受到突变、选择及其他因素的共同影响,并且自然选择表达引起的序列差异比突变对密码子偏好性的影响要显着;中性绘图分析、有效密码子数(ENC-plot)分析和奇偶偏好性(PR2-plot)分析表明,沙枣叶绿体基因组使用密码子的偏性受选择的影响更大。(4)通过最大似然法、最大简约法和贝叶斯方法对胡颓子科6个物种和1个枣的叶绿体基因序列构建系统发育树,与它们使用密码子偏性聚类的结果一致,表明叶绿体基因组使用密码子偏性与物种的亲缘关系相关。(本文来源于《西北植物学报》期刊2019年09期）
王猛,陈莉,靳旺杰,孙朋辉,王莎莎[4]（2019）在《Ⅰ型脊髓灰质炎病毒基因密码子使用偏好性分析》一文中研究指出目的分析Ⅰ型脊髓灰质炎病毒(简称脊灰病毒)基因密码子使用偏好性。方法从NCBI基因数据库(GenBank)检索并筛选出40条Ⅰ型脊灰病毒株的基因信息,计算其相对同义密码子使用度(RSCU)值、有效密码子数(ENc)值。将Ⅰ型脊灰病毒基因中碱基C和G位于第叁位的密码子占所有密码子的百分比[(C+G)_3%]与ENc值进行关联性分析,绘制散点图,并与(C+G)_3%标准曲线进行比较。采用主成分分析法对Ⅰ型脊灰病毒基因密码子的RSCU值进行分析,并利用分析获得的主因子绘制散点图,观察不同时间和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用偏好性。结果Ⅰ型脊灰病毒基因密码子AGA、AGG、CCA、UCA和GUG的RSCU值均≥1.5,密码子GCG、CGA、CGG、CGC、UCG和ACG的RSCU值均≤0.5。Ⅰ型脊灰病毒的ENc平均值为53.633。40株Ⅰ型脊灰病毒毒株均位于(C+G)_3%标准曲线以下。2009年之前分离出来的毒株均位于图的下方,2009年之后分离于不同国家或地区的毒株分别聚集于图的一处。结论Ⅰ型脊灰病毒在AGA、AGG、CCA、UCA、GUG等密码子的使用上偏好性较强,在GCG、CGA、CGG、CGC、UCG、ACG等密码子的使用上偏好性较弱。Ⅰ型脊灰病毒在密码子使用偏好性上处于较弱水平。自然选择在Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用偏好性上起主要作用,不同时间和地域的Ⅰ型脊灰病毒基因密码子使用模式差异较大。(本文来源于《山东医药》期刊2019年24期）
金刚,王丽萍,龙凌云,吴凤,唐玉娟[5]（2019）在《普通野生稻线粒体蛋白质编码基因密码子使用偏好性的分析》一文中研究指出以普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)线粒体基因组为对象,分析其蛋白质编码基因的密码子使用特征及与亚洲栽培稻(O. sativa L.)的差异,探讨其密码子偏性形成的影响因素和进化过程。结果显示:普通野生稻线粒体基因组编码序列第1、第2和第3位碱基的GC含量依次为49.18%、42.67%和40.86%;有效密码子数(Nc)分布于45.32～61.00之间,其密码子偏性较弱; Nc值仅与GC_3呈显着相关,密码子第3位的碱基组成对密码子偏性影响较大;第1向量轴上显示9.91%的差异,其与GC_(3s)、Nc、密码子偏好指数(CBI)和最优密码子使用频率(Fop)的相关性均达到显着水平;而GC_3和GC_(12)的相关性未达到显着水平。因此,普通野生稻线粒体基因组密码子的使用偏性主要受自然选择压力影响而形成。本研究确定了21个普通野生稻线粒体基因组的最优密码子,大多以A或T结尾,与叶绿体密码子具有趋同进化,但是与核基因组具有不同的偏好性。同义密码子相对使用度(RSCU)、PR2偏倚分析和中性绘图分析显示,普通野生稻线粒体基因功能和其密码子使用密切相关,且线粒体密码子使用在普通野生稻、粳稻(O. sativa L. subsp. japonica Kato)和籼稻(O. sativa L. subsp.indica Kato)内具有同质性。(本文来源于《植物科学学报》期刊2019年02期）
李晨辉,赵子捷,陈文烨,焦义然,杨帆[6]（2019）在《43种植物CaM1基因密码子使用特征及遗传差异分析》一文中研究指出为深入了解不同类植物CaM1基因(calmodulin 1,简称CaM1)在抵抗逆境进化过程所形成的密码子的使用特征和遗传差异。运用CodonW、BioEdit和MEGA软件对43种植物序列进行分析,并构建系统发育树。结果表明,CaM1基因对密码子的使用具有极强的偏好性,CUC、AUC、UCU、CCA、ACU、UGA为其最优密码子,禾本目植物更偏好使用G/C碱基。G、C碱基含量和位置是引起CaM1基因密码子偏性的主要原因。遗传距离分析表明,山柑目与白花菜目之间的亲缘关系最近,豆目和无患子目间的亲缘关系次之,与聚类分析结果相符。(本文来源于《江苏农业科学》期刊2019年05期）
殷茵,闫艳新,张灿,任慧英,刘文华[7]（2019）在《1株3型鸭甲肝病毒的VP1和VP3基因的密码子使用偏性分析》一文中研究指出为了解临床分离的1株3型鸭甲肝病毒的结构蛋白VP1和VP3基因的密码子使用特性,本文对该毒株的VP1和VP3基因与从NCBI下载的同源性较高的3型鸭甲肝病毒进行了密码子偏性分析。结果表明,该毒株的VP1和VP3与所比对的5株3型鸭甲肝病毒VP1和VP3基因密码子使用模式基本一致,分别确定了12种和13种高频密码子,且偏爱以A或U结尾。通过6株3型鸭甲肝病毒的VP1和VP3基因的密码子偏性比较和聚类分析发现,其中4株分类地位相近。(本文来源于《青岛农业大学学报(自然科学版)》期刊2019年01期）
梁娥,齐敏杰,丁延庆,张来[8]（2019）在《竹节参转录组使用密码子偏好性分析》一文中研究指出竹节参是我国珍稀濒危中药材,研究其基因密码子使用模式,可为利用基因工程技术实现人参皂苷异源生物合成及竹节参分子育种改良提供理论依据。以竹节参转录组测序结果为数据来源,筛选编码蛋白基因序列(codingsequence,简称CDS)碱基数不小于300 bp的11 199条完整开放阅读框序列作为研究对象,利用Codon和SPSS软件分别统计竹节参基因密码子GC含量、密码子第3位的(C+G)含量(GC3)和密码子第1、第2位(G+C)含量的平均值(GC12)、同义密码子的相对使用度(RSCU)、有效密码子数(ENC)等密码子偏好性指标,通过中性绘图(GC12 vs.GC3)、PR2绘图和ENC-GC3s绘图分析影响竹节参密码子使用模式的因素。结果表明,竹节参基因的平均GC、GC12和GC3s含量分别为44. 67%、46. 97%和39. 80%,其密码子使用模式受到突变和选择等多重因素的影响,确定了31个竹节参最优密码子,除了UUG外,其余最优密码子均以A或T结尾。竹节参密码子使用模式与大肠杆菌和酿酒酵母相比差异较大,选取毕赤酵母作为竹节参基因的异源表达宿主更为合适。(本文来源于《江苏农业科学》期刊2019年02期）
吴妙丽,陈世品,陈辉[9]（2019）在《竹亚科叶绿体基因组的密码子使用偏性分析》一文中研究指出以3种竹亚科植物的叶绿体基因组编码基因为研究对象,分析基因的密码子偏性形成的主要因素。结果显示:3种竹子具有相似的密码子使用模式,均偏爱以A或T结尾的密码子。奇偶偏好性分析进一步证实密码子第3位T的出现频率高于A。通过中性分析发现,GC12与GC3并无显着相关性。奇偶偏好分析表明,4种碱基不成比例分布在密码子第3位上(CT>AG),说明选择压力可能起到重要作用。基于同义密码子的相对使用度(RSCU)的对应分析中,第1主向量轴仅解释了约10%的变异; 3种竹子的轴2一致地与CAI呈显着负相关(P<0.05);轴4与ENC、GC3呈极显着相关(P<0.05)。综合以上结果,竹亚科叶绿体基因密码子的使用偏性是由自然选择和碱基组成共同作用形成,选择压力起主要作用。(本文来源于《森林与环境学报》期刊2019年01期）
宗秋芳,黄焱杰,吴丽思,吴圣龙,包文斌[10]（2018）在《猪Claudin家族基因密码子使用偏好性分析》一文中研究指出猪流行性腹泻病毒(PEDV)可通过感染猪肠道上皮细胞引起仔猪腹泻。紧密连接蛋白是肠道黏膜屏障的重要组成部分,而Claudin家族作为重要的紧密连接蛋白之一,是组成肠道黏膜屏障完整性、决定肠道通透性的重要蛋白分子。研究密码子的使用特性有助于进一步了解某一特定基因的分子机制和进化关系。为了揭示Claudin家族基因密码子使用模式,本研究对Claudin家族22个基因编码序列进行分析,利用CodonW和在线网站EMBOSS Explore计算核苷酸组成、相对同义密码子使用度(RSCU)和密码子使用偏性参数,同时分析了Claudin家族基因密码子使用偏好性的影响因素。结果表明:Claudin家族基因主要偏好以G/C结尾的密码子; RSCU值分析发现,11个密码子CUG、AUC、GUG、UCC、CCC、ACC、GCC、CAG、CGC、CGG、GGC偏好性较强,为优势密码子;聚类结果显示,Claudin-3和Claudin-4较为接近,Claudin-10和Claudin-11较为接近;此外,Claudin家族基因密码子偏好性主要受到突变压力影响。分析Claudin家族基因密码子使用模式,旨在揭示这些基因之间的遗传和进化关系,为今后从密码子优化途径提高外源基因的表达水平提供一定的理论依据。(本文来源于《浙江农业学报》期刊2018年12期）
密码子使用偏好论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
运用CUSP、Condow等程序对茶树CsNRT1.1基因、茶树基因组及不同物种NRT1.1基因进行密码子使用特性分析,并比较了CsNRT1.1基因与不同模式物种密码子使用偏好性差异。结果显示,茶树CsNRT1.1基因编码区偏好使用A/U,密码子结尾偏好使用G/C,RSCU值>1的偏好性密码子有26个,其中偏好性较强的只有AGG(RSCU>2),并偏好以G/C结尾;CsNRT1.1基因和茶树基因组中密码子偏好性存在差异,共计25个密码子使用偏好性存在明显差异,5个氨基酸密码子偏好性完全一致;CsNRT1.1等少数NRT1.1基因的ENc值较高,CAI、CBI值较低,说明其密码子使用偏好性较低,同时基因表达水平可能较低;CsNRT1.1基因与双子叶植物拟南芥、烟草及酵母菌密码子偏好性差异较小;对NRT1.1基因基于编码基因序列(CDS)组成和基于密码子偏性的聚类分析结果存在一定差异,但在一定程度上都能反映物种间的亲缘关系。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
密码子使用偏好论文参考文献
[1].胡晓艳,许艳秋,韩有志,杜淑辉.酸枣叶绿体基因组密码子使用偏性分析[J].森林与环境学报.2019
[2].胡振民,万青,李欢,李荣林,王枫.茶树CsNRT1.1基因密码子使用特性分析[J].江苏农业学报.2019
[3].王婧,王天翼,王罗云,张建国,曾艳飞.沙枣叶绿体全基因组序列及其使用密码子偏性分析[J].西北植物学报.2019
[4].王猛,陈莉,靳旺杰,孙朋辉,王莎莎.Ⅰ型脊髓灰质炎病毒基因密码子使用偏好性分析[J].山东医药.2019
[5].金刚,王丽萍,龙凌云,吴凤,唐玉娟.普通野生稻线粒体蛋白质编码基因密码子使用偏好性的分析[J].植物科学学报.2019
[6].李晨辉,赵子捷,陈文烨,焦义然,杨帆.43种植物CaM1基因密码子使用特征及遗传差异分析[J].江苏农业科学.2019
[7].殷茵,闫艳新,张灿,任慧英,刘文华.1株3型鸭甲肝病毒的VP1和VP3基因的密码子使用偏性分析[J].青岛农业大学学报(自然科学版).2019
[8].梁娥,齐敏杰,丁延庆,张来.竹节参转录组使用密码子偏好性分析[J].江苏农业科学.2019
[9].吴妙丽,陈世品,陈辉.竹亚科叶绿体基因组的密码子使用偏性分析[J].森林与环境学报.2019
[10].宗秋芳,黄焱杰,吴丽思,吴圣龙,包文斌.猪Claudin家族基因密码子使用偏好性分析[J].浙江农业学报.2018