导读:本文包含了设计引物论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:南疆沙蜥,基因组,微卫星,分布
设计引物论文文献综述
宋琪,郭宪光,陈达丽[1]（2019）在《基于454 GS FLX高通量测序的南疆沙蜥微卫星特征分析及其候选引物设计》一文中研究指出南疆沙蜥Phrynocephalus forsythii是我国特有的一种小型爬行动物,分布于塔里木盆地。利用Roche 454 GS FLX高通量测序对该物种基因组测序,获得了55 909条高质量序列。利用Krait搜索并初步统计和分析基因组微卫星序列,共得到1～6个碱基重复类型的完美型微卫星12 109个。不同类型微卫星中,四碱基重复类型数目最多,有4 037个,约占总数的33.34%,其次是二碱基,约占总数的28.09%,再是叁碱基、单碱基、五碱基和六碱基,分别约占总数的18.72%、13.91%、4.48%和1.46%。单碱基微卫星中C最多,二碱基微卫星中AC最多,叁碱基、四碱基、五碱基和六碱基中最多的分别是AAC、AAAT、AAAAT和AACCCT。AC、AAAT、C、AG、A、AAC、AAT、AAAC、ACC和ACG是数量最多的10种重复拷贝类别。挑选部分叁、四碱基重复类型的微卫星序列设计了100对可用于后续对南疆沙蜥微卫星标记开发的候选引物。本研究开启了对南疆沙蜥基因组微卫星特征的了解,为利用微卫星标记研究南疆沙蜥种群遗传结构奠定了基础。(本文来源于《四川动物》期刊2019年05期）
亓宝,王婉,王巍,李姝,王琦[2]（2019）在《黏菌核糖体基因通用引物设计》一文中研究指出真菌类群有很好的ITS通用引物,但黏菌中尚未有可以扩增大部分物种的通用引物序列。主要原因是黏菌是非常古老的类群,其在动物类群和真菌类群分化之前就已经存在,由此导致不同黏菌物种间的基因序列同源性非常差;再加上黏菌核糖体等序列中有大量的Group I内含子插入,导致迄今为止利用传统的同源克隆的方法未成功设计出通用核糖体等基因的引物。这一现状对黏菌的系统进化,遗传多样性等研究造成了很大困扰。二代测序技术的发展为解决这一难题提供了新契机,我们通过二代测序的方法测定了绒泡、发网、团毛和无丝菌目黏菌物种混合样品的基因组序列。从基因组测序数据中找出核糖体相关序列,以已知多头绒泡菌的核糖体序列全长为模板,经过序列拼接找出了核糖体序列中的相对保守区域;在所有可能的位置(超过二十个位置)都设计了通用引物。利用四个目黏菌代表性物种的基因组DNA分别去验证引物的有效性,最终确定了18S基因为最合适的基因,并确定了最适的引物设计位置。接着在这个最适引物位置设计了四组引物组合,经过验证发现通用性最高的引物并不是最适引物,因为可能会错误扩增黏菌标本中污染的部分真菌等物种的序列,最终在平衡了通用性和黏菌特异性的基础上设计出了黏菌核糖体基因引物。这一方法也可为原生动物中的其它类群的相关研究提供思路。(本文来源于《多彩菌物 美丽中国——中国菌物学会2019年学术年会论文摘要》期刊2019-08-03）
郝广婧,祁银燕,张得芳,朱春云[3]（2019）在《基于转录组的黑果枸杞SSR分布特征分析及引物设计》一文中研究指出为了全面了解独特、珍稀植物黑果枸杞果实中简单重复序列的分布特征及分布规律,为西北特有的珍稀种质资源的保存及合理的开发和利用提供遗传学和分子生物学理论依据,本研究利用Illumina Hi Seq TM4000高通量测序平台对黑果枸杞进行RNA-seq测序,再通过专业数据分析MISA对测序所获得的Unigene进行SSR深入挖掘和特征分析。结果显示,黑果枸杞转录组测序共获得101 466条Unigenes,筛选搜索到含SSR位点的序列15 494条,共得到20 269个SSR,发生频率为19.98%。平均约每4 kb出现1个SSR位点。黑果枸杞SSR中主要重复单元类型为单碱基和二碱基重复,分别占SSR总数的74.83%和12.68%,在统计的46种重复类型中(C/G)n所占比例最高(14 652, 72.15%),其次是(AG/CT)n(1 195, 5.90%)、(AT/AT)n(3.72%)和(AC/GT)n(3.04%)。在SSR序列长度方面,长度变化范围最大的为叁碱基重复(15～39 bp),其次是单碱基重复(10～32 bp),SSR位点的频率与分布长度呈负相关。黑果枸杞转录组中SSR位点分布频率较高,重复单元类型丰富,分布密度大,具有较高的特异性和多态性,为研究黑果枸杞的遗传多样性及分子标记辅助育种等方面提供可靠的理论依据。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年13期）
王坤,上官兴星[4]（2019）在《关于引物设计的高中生物学教学》一文中研究指出通过将典型的引物设计、修改引物序列对PCR产物影响等相关知识与高考题、模拟题、教材知识相结合,落实基础知识,拓展学生视野,为教师教学提供参考。(本文来源于《中学生物教学》期刊2019年11期）
谢嘉玲,申霞,张蕾,顾怡瑾,董磊[5]（2019）在《已知位点突变检测中测序引物的规范化设计》一文中研究指出目的作为突变检测的经典方法,第1代测序法(Sanger测序法)可以清晰地读取基因中碱基置换、颠换、缺失和插入等改变,临床已知位点突变引物的设计涉及数据库查询、转录本及位点的核查等环节,过程繁琐。本研究尝试提出一套实用、易操作的已知位点突变引物设计流程。方法随机抽取2018年7月在该院病理科分子病理实验室进行BRAF(V600E)基因检测和FOXL2(C134W)基因检测的甲状腺乳头状癌患者和颗粒细胞瘤患者检测结果各1例。对于LRG网站中已录入基因组、氨基酸、蛋白质3种序列的基因,进入LRG网站下载3种序列,使用Lasergene(DNASTAR,USA)软件通过3种序列的人工比对,确定基因版本号无误,根据突变位点前后400个序列,设计引物;针对LRG网页还未收入3种序列的基因,先人工通过NCBI各个基因库搜索相应的基因组、氨基酸、蛋白质3种序列,并核实3种序列的版本匹配,再根据上述流程设计引物。结果引物设计完成后,经上海生物工程公司订购,使用已知突变结果的FFPE样本作检测,用ABI3500Dx(Thermo Fisher,Scientific,America)测序,观察测序结果,确认所验证基因突变点包含在该序列内。结论目前临床治疗及报告习惯使用氨基酸位置提示突变,而引物设计需要通过核酸位点,因此确认3种序列基因版本号很重要;对于部分已收入LRG网站的基因,一些版本号也会与临床报告中的突变位点有出入,所以即使是有LRG号的基因也要核查基因组、氨基酸、蛋白质3种序列。(本文来源于《检验医学与临床》期刊2019年08期）
何宏魁,袁木,蔡照润,曹润洁,李安军[6]（2019）在《甲烷囊菌属特异性引物的设计及其在古井贡酒窖泥质量评价中的初步应用》一文中研究指出甲烷囊菌(Methanoculleus)作为优势甲烷菌存在于浓香型白酒的窖泥中,该研究对古井贡酒窖泥中含量最多的30个属的16S rDNA全长代表序列进行傅里叶转换多序列比对(MAFFT),得到114个可能的甲烷囊菌特异性单核苷酸多态性(SNP)位点。对SNP位点在甲烷囊菌属内和属外5000多条序列进一步甄别,找出了3个效果最好的SNP位点,利用其中1个位点和半随机引物-聚合酶链反应(SAP-PCR)技术原理设计了两对特异性引物。以窖泥宏基因组为模板,成功扩增出了甲烷囊菌的相应序列。将引物应用于18个古井窖泥样本的实时定量聚合酶链反应(RT-QPCR)分析,结果表明,老厂优质窖泥中甲烷囊菌的相对含量远远高于新厂普通窖泥(最高达4000多倍)。利用本研究的方法原则上可以设计任意其他菌属在复杂菌群背景下的特异性引物。(本文来源于《中国酿造》期刊2019年03期）
藏林,封岩,门磊,仇雪梅,王秀利[7]（2019）在《红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)Vtg基因实时荧光定量PCR分析的引物设计与评估》一文中研究指出为应用实时荧光定量PCR(qPCR)技术分析红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)卵黄蛋白原(Vitellogenin,Vtg)基因的组织表达谱,利用Primer5.0软件设计了扩增红鳍东方鲀Vtg基因片段的引物并进行了qPCR评估。结果显示:引物对VtgF-VtgR在qPCR扩增时,熔解曲线为单一尖锐峰;标准曲线分析显示:引物的扩增效率为105.32%,R~2值为0.999。上述结果说明该对引物具有良好的扩增特异性和扩增效率,满足了qPCR扩增的要求。(本文来源于《河北渔业》期刊2019年03期）
孙娟[8]（2019）在《明悉引物设计 参透PCR技术》一文中研究指出PCR是高中生物学的重难点之一,引物设计是PCR的核心。本文通过对引物设计题型的分类和解析,促进学生深度理解PCR的原理,以及PCR技术在基因定点突变、酶切位点添加、突变位点确认等问题解决中的广泛应用。(本文来源于《生物学教学》期刊2019年03期）
齐兰,黄丽云,王泽,符史娜,吴翼[9]（2019）在《正交设计优化槟榔SSR-PCR反应体系及引物筛选》一文中研究指出优化槟榔SSR-PCR反应体系,筛选适用于槟榔的SSR引物。以槟榔(Areca catechu L.)叶片DNA为模板,利用正交设计方法对槟榔SSR反应体系中的Mg~(2+)、TaqDNA聚合酶、dNTPs和引物等4种因子叁个水平进行了优化,并通过比较模板DNA浓度对PCR扩增结果进行研究,确定了最佳反应体系。利用该体系筛选出适用于槟榔的SSR引物,对该体系稳定性进行验证。槟榔L9(34)正交试验设计的SSR反应体系的最优条件为,即20μL反应体系中含Mg~(2+)Buffer 2.0 mmol/L、dNTPs 0.15 mmol/L、Taq DNA聚合酶1.0 U、引物0.4μmol/L、模板DNA量为60 ng为最优的反应体系。利用6份不同地理来源的槟榔资源DNA样品对50对SSR引物进行筛选,得到条带清晰、多态性好的引物6对。优化后的槟榔SSR-PCR反应体系和筛选的多态性引物可应用于槟榔种质资源遗传多样性分析、分子标记辅助育种等研究。(本文来源于《分子植物育种》期刊2019年04期）
刘倩倩,李俊薇,曹润洁,张会敏,何宏魁[10]（2019）在《耐酸乳酸杆菌物种特异性引物设计及其在古井贡酒窖泥酒醅质量评价中的初步应用》一文中研究指出古井贡酒的酿造过程中,窖泥和酒醅中发现大量耐酵乳杆菌(Lactobacillus acetotolerans),对该菌快速特异性检测非常重要。该文利用L. acetotolerans菌及大量Lactobacillus类似菌种的全基因组序列与PRIMERBLAST方法,设计了几对L. acetotolerans特异性引物,其中2对经过系列验证具有较好的特异性,可结合QPCR技术对不同质量和不同发酵阶段的窖泥进行L. acetotolerans含量的快速检测。结果表明,古井贡酒窖泥中L. acetotolerans含量总体明显低于酒醅,老窖泥中L. acetotolerans含量总体明显低于新窖池窖泥;而酒醅中老厂区和新厂区L. acetotolerans含量平均来看都很高,但样本之间存在明显波动。所用L. acetotolerans特异性引物可对浓香型白酒发酵样本中L. acetotolerans的相对含量测定并辅助评估窖泥酒醅质量。(本文来源于《食品与发酵工业》期刊2019年06期）
设计引物论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
真菌类群有很好的ITS通用引物,但黏菌中尚未有可以扩增大部分物种的通用引物序列。主要原因是黏菌是非常古老的类群,其在动物类群和真菌类群分化之前就已经存在,由此导致不同黏菌物种间的基因序列同源性非常差;再加上黏菌核糖体等序列中有大量的Group I内含子插入,导致迄今为止利用传统的同源克隆的方法未成功设计出通用核糖体等基因的引物。这一现状对黏菌的系统进化,遗传多样性等研究造成了很大困扰。二代测序技术的发展为解决这一难题提供了新契机,我们通过二代测序的方法测定了绒泡、发网、团毛和无丝菌目黏菌物种混合样品的基因组序列。从基因组测序数据中找出核糖体相关序列,以已知多头绒泡菌的核糖体序列全长为模板,经过序列拼接找出了核糖体序列中的相对保守区域;在所有可能的位置(超过二十个位置)都设计了通用引物。利用四个目黏菌代表性物种的基因组DNA分别去验证引物的有效性,最终确定了18S基因为最合适的基因,并确定了最适的引物设计位置。接着在这个最适引物位置设计了四组引物组合,经过验证发现通用性最高的引物并不是最适引物,因为可能会错误扩增黏菌标本中污染的部分真菌等物种的序列,最终在平衡了通用性和黏菌特异性的基础上设计出了黏菌核糖体基因引物。这一方法也可为原生动物中的其它类群的相关研究提供思路。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
设计引物论文参考文献
[1].宋琪,郭宪光,陈达丽.基于454GSFLX高通量测序的南疆沙蜥微卫星特征分析及其候选引物设计[J].四川动物.2019
[2].亓宝,王婉,王巍,李姝,王琦.黏菌核糖体基因通用引物设计[C].多彩菌物美丽中国——中国菌物学会2019年学术年会论文摘要.2019
[3].郝广婧,祁银燕,张得芳,朱春云.基于转录组的黑果枸杞SSR分布特征分析及引物设计[J].分子植物育种.2019
[4].王坤,上官兴星.关于引物设计的高中生物学教学[J].中学生物教学.2019
[5].谢嘉玲,申霞,张蕾,顾怡瑾,董磊.已知位点突变检测中测序引物的规范化设计[J].检验医学与临床.2019
[6].何宏魁,袁木,蔡照润,曹润洁,李安军.甲烷囊菌属特异性引物的设计及其在古井贡酒窖泥质量评价中的初步应用[J].中国酿造.2019
[7].藏林,封岩,门磊,仇雪梅,王秀利.红鳍东方鲀(Takifugurubripes)Vtg基因实时荧光定量PCR分析的引物设计与评估[J].河北渔业.2019
[8].孙娟.明悉引物设计参透PCR技术[J].生物学教学.2019
[9].齐兰,黄丽云,王泽,符史娜,吴翼.正交设计优化槟榔SSR-PCR反应体系及引物筛选[J].分子植物育种.2019
[10].刘倩倩,李俊薇,曹润洁,张会敏,何宏魁.耐酸乳酸杆菌物种特异性引物设计及其在古井贡酒窖泥酒醅质量评价中的初步应用[J].食品与发酵工业.2019