一、秦川牛血液型与生长性状关系的研究（论文文献综述）
孔晓卉[1]（2020）在《秦川牛CDC10基因多态性及其与生长性状的关联性分析》文中进行了进一步梳理CDC10（cell divison cycle 10,又名SEPT7）属于Septins家族,该家族蛋白的作用主要包括细胞内物质运输、细胞膜重建和染色体分离等。CDC10基因位于多个肉牛品种生长性状相关QTL区域,在调控肉牛肌肉生长发育、影响肉牛生长性状等方面具有一定的普遍性,因此CDC10基因可视为影响我国地方黄牛生长性状的重要候选功能基因。本研究为挖掘与秦川牛生长性状相关的CDC10基因突变位点,首先通过对秦川牛、鲁西牛、蒙古牛和中国西门塔尔牛品种的CDC10基因启动子区域进行测序,检测我国地方黄牛品种特异性突变位点;利用直接测序和MassARRAY技术对384头秦川牛样本进行基因分型,进而将CDC10基因突变位点与秦川牛生长性状进行关联性分析。同时,本研究为进一步揭示CDC10基因影响牛成肌细胞增殖分化的分子机制,首先构建慢病毒CDC10过表达载体并合成siRNA干扰序列;通过过表达和干扰CDC10基因,利用EdU技术检测CDC10表达量对牛成肌细胞增殖的影响,利用MyHC免疫荧光检测CDC10表达量对牛成肌细胞分化的影响,同时利用实时定量PCR检测细胞增殖、分化相关基因表达量变化。本研究利用生物信息学预测CDC10基因启动子上游g.61710450G>C位点可能结合的转录因子,并利用EMSA凝胶迁移检测技术初步观察该位点转录因子结合状态。研究结果如下:1)CDC10基因启动子上游共发现7个SNP（single nucleotide polymorphism,单核苷酸多态性）位点;其中,g.61710450G>C位点与秦川牛的体斜长、腰角宽和坐骨端宽性状显着相关（P<0.05）,与体重、胸围和体高性状极显着相关（P<0.01）;g.61711075T>G位点与秦川牛的体重和胸围性状显着相关（P<0.05）;其它SNP位点与秦川牛生长性状无关联性;2)过表达CDC10后显着促进了牛成肌细胞增殖（P<0.05）,干扰CDC10表达后显着抑制了牛成肌细胞增殖（P<0.05）,同时CDC10基因与细胞增殖相关基因MEK、ERK1和ERK2的表达呈正相关（P<0.05）;3)过表达CDC10后显着抑制了牛成肌细胞分化（P<0.05）,干扰CDC10表达后结果相反（P<0.05）,CDC10基因与细胞分化相关基因MyoD、MyoG和MyHC的表达呈负相关（P<0.05）;4)生物信息学分析发现,当CDC10基因启动子上游217bp G>C位点（g.61710450G>C）为G等位基因型时,可构成GABPA、RORA-1、ELK4、FEV和ELF1等转录因子的结合基序;为C等位基因型时可构成Myog、Myod1、Tcf12、NHLH1、Tcf3、Bhlhe40和Arnt等转录因子的结合基序;5)EMSA实验结果显示,胎牛g.61710450G>C位点G等位基因型探针有转录因子结合条带。结果表明,CDC10基因g.61710450G>C和g.61711075T>G位点与秦川牛生长性状显着相关,可作为秦川牛遗传育种的有效分子标记;高表达CDC10基因可促进牛成肌细胞增殖,抑制牛成肌细胞分化;发现胎牛CDC10基因的g.61710450G>C位点G等位基因型有转录因子结合,为进一步揭示CDC10基因影响肉牛肌肉生长发育的调控机制提供了新的科学线索。
国鹏[2]（2019）在《安格斯牛生长性状相关基因多态性及关联分析》文中进行了进一步梳理生长激素受体基因（GHR）、解耦联蛋白家族基因（UCPs）、FBXO32基因和细胞周期蛋白基因（Wnt8a）在维持动物正常生理生化机理的平衡和生长发育方面发挥着至关重要的作用。为了验证5个基因的8个SNPs是否影响宁夏地区安格斯牛的生长性状。本研究以宁夏地区5个牛场1126头20月龄左右的安格斯牛为研究对象,利用Sequenom SNP实验技术对GHR、UCP2、UCP3、FBX032和Wnt8a基因的SNP位点进行基因分型检测,统计分析各个SNP位点相关群体遗传信息,并将SNPs与安格斯牛生长性状拟合进行关联分析。研究结果如下:1.本研究通过Sequenom SNP实验分型技术对8个SNPs进行基因检测分析后发现,所选择的基因位点在宁夏地区安格斯牛群体中都存在多态性。其中GHR-149、UCP2-655和FBXO32-53423位点均属于中度多态（0.25<PIC<0.5）。除UCP3-5465位点,其他突变位点经卡方检验后发现,都处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。2.GHR-149（g.149A>G）位点与安格斯牛的体高和十字部高显着相关,其中AA型个体的体高和十字部高均值都显着高于AG和GG型个体均值（P<0.05）;UCP2-655（g.655G>A）位点与安格斯牛的胸围和腹围显着相关,其中AG型个体的胸围、腹围的均值都显着高于AA和GG型个体均值（P<0.05）;UCP3-5465（g.5465G>A）位点与安格斯牛的体重显着相关,其中GG型个体的体重均值显着高于AG型个体体重的均值（P<0.05）;FBXO32-53423（g.53423A>G）位点与安格斯牛的体斜长显着相关,其中AA和AG型个体的体斜长均值都显着高于GG型个体体斜长的均值（P<0.05）;Wnt8a-910（g.910A>G）位点对安格斯牛的胸围有显着影响,其中AA基因型个体胸围均值显着高于AG基因型个体胸围的均值（P<0.05）。3.连锁不平衡和单倍型分析发现,Wnt8a-244和Wnt8a-910两个位点处于完全连锁不平衡状态,UCP2-655、UCP3-7921和UCP3-8018三个位点处于强连锁不平衡状态。发现Block 1当中的H1（CA）单倍型频率最高,为96.8%。Block2当中的H3（AGC）单倍型频率最高,为79.9%,并且UCP2-655、UCP3-7921和UCP3-8018位点组成的单倍型H3（AGC）对安格斯牛的体高和胸围性状有显着影响（P<0.05）。本文的研究结果对于进一步了解、掌握安格斯牛在引入宁夏地区以后的生长发育情况、开辟正确利用途径,筛选验证影响其生长性状的SNP位点,对更好发挥品种效应具有重要意义,同时为其分子标记辅助选择提供参考。
徐畅[3]（2018）在《延边黄牛肉质候选基因标记效应及表达分析》文中研究说明本试验选取70头延边黄牛公牛为试验材料,采用直接测序和PCR-RFLP技术对ANGPTL4、FABP4、PLIN基因的SNP位点进行了检测,并与延边黄牛肉质性状进行了相关性分析。在FABP4基因5个连锁不平衡位点的不同基因型个体中对FABP4、PPARγ、ANGPTL4、LPL进行了表达分析。以期筛选出与延边黄牛肉质性状显着相关的功能基因或分子标记。试验结果如下:1.ANGPTL4基因存在呈中度多态的2个SNP位点。41687 bp C→T位点与测定的延边黄牛肉质性状未发现相关性;41995 bp C→T位点与延边黄牛脂肪含量、蛋白含量、胴体重、大理石花纹呈显着相关性,表现为:CT基因型个体的脂肪含量、胴体重均显着高于CC型个体,大理石花纹等级优于CC基因型,CC基因型个体的蛋白含量显着高于CT基因型。2.在FABP4基因中存在呈中度多态的6个SNP位点。关联性分析显示:3496 bp A→C位点与延边黄牛脂肪含量、蛋白含量呈显着相关性,AC型个体的脂肪含量显着高于AA型和CC型个体,AA基因型和CC基因型的蛋白含量均显着高于AC基因型个体,AC基因型大理石花纹显着好于CC基因型;3533 bp A→T位点与延边黄牛脂肪含量、蛋白含量呈显着相关性,在脂肪含量上,AT基因型显着高于AA型和TT型个体,在蛋白含量上,AA型和TT型均显着高于AT基因型个体,AT基因型大理石花纹显着好于TT基因型;3691 bp G→A位点与延边黄牛水分含量、脂肪含量、蛋白含量呈不同程度显着相关,表现为GG型个体水分含量显着高于GA型和AA型个体,GA型个体的脂肪含量显着高于GG型和AA型个体,GG型和AA型个体的蛋白含量显着高于GA基因型个体;3711 bp G→C位点与延边黄牛脂肪含量和蛋白含量呈显着相关,表现为GC型个体的脂肪含量显着高于GG型和CC型个体,GG型和CC型个体蛋白含量显着高于GC型个体,GC基因型大理石花纹显着好于CC基因型;3745 bp T→C位点与脂肪含量和蛋白含量呈显着相关,表现为TC型个体脂肪含量显着高于TT型和CC型个体,TT型和CC型个体蛋白含量显着高于TC型个体,TC基因型大理石花纹显着好于CC基因型;3767 bp T→C位点与脂肪含量和蛋白含量呈显着相关,表现为TC型的脂肪含量显着高于TT型和CC型,TT型和CC型的蛋白含量显着高于TC基因型个体,TC基因型大理石花纹显着好于CC基因型。3496 bp A→C、3533 bp A→T、3711 bp G→C、3745 bp T→C、3767 bp T→C位点处于连锁不平衡状态,具有相似的遗传效应。3.PLIN基因中存在呈低度多态的2个SNP位点。103 bp C→T位点与延边黄牛脂肪含量、宰前重、胴体重、背膘厚呈显着相关性,表现为CT基因型个体脂肪含量、宰前重、胴体重、背膘厚均显着高于CC型个体;156 bp T→C位点与延边黄牛的宰前重、胴体重以及背膘厚呈显着相关性,表现为TC型的宰前重、胴体重以及背膘厚度均显着高于TT型个体。4.FABP4、PPAR y、ANGPTL4、LPL 在延边黄牛 FABP4 基因 3496 bp A→C 位点、3533 bp A→T 位点、3711 bp G→C 位点、3745 bp T→C 位点、3767 bp T→C位点的不同基因型个体中表达存在差异,表达水平从高到低依次是AA基因型、AB基因型、BB基因型。在FABP4基因表达中,AA基因型表达水平极显着高于AB型和BB型;PPARγ基因表达中AA型表达量显着高于BB型;ANGPTL4基因表达中AA基因型表达量显着高于AB型和BB型;LPL基因表达中AA型表达量极显着高于BB型和AB型。
佟彬,张立,李光鹏[4]（2017）在《中国肉牛分子与基因修饰育种研究进展》文中提出随着世界肉牛产业科技的快速发展,我国肉牛产业的整体水平得到明显提高并取得丰硕成果。肉牛育种技术实现了由常规杂交育种向分子标记辅助育种、全基因组选择育种和基因组修饰育种的技术跨越,揭示出大量与生长发育、肉质品质、繁殖与疾病等相关的候选基因与分子标记,并逐步应用于肉牛育种实践。与生长发育性状相关的基因或分子标记主要集中在生长激素基因、生肌调节因子家族、肌肉生长抑制因子和胰岛素样生长因子等;参与肉质形成的基因主要集中在脂肪酸运输与沉积相关信号通路、钙蛋白酶信号通路、生肌调节因子家族与肌肉生长抑制因子等;繁殖性状相关基因或分子标记主要集中在Gn RH-FSHR-LH、生长分化因子9、催乳素受体和Fox O1等;抗病相关基因主要有MHC基因家族、TOLL样受体4基因等。目前,利用精准基因编辑技术已培育出促生长发育与提高肉品质的肉牛育种新材料。本文总结了近年来我国在肉牛分子与基因组修饰育种领域取得的研究进展,以期为我国肉牛遗传育种技术研究提供参考和借鉴。
蔡翠翠[5]（2016）在《黄牛ACTL8基因的遗传变异及组织表达谱研究》文中认为肌动蛋白样蛋白8（actin-like 8,ACTL8）是肌动蛋白家族中的重要一员,在参与细胞分裂、细胞运动、信息传递等活动的同时,还具有内吞作用、细胞形态和极性维持等诸多功能,并与微管和中间丝（IF）共同构成细胞骨架。ACTL8具有对肌肉收缩的调节和稳定的作用,对肉的成熟嫩度有影响。但是目前对于ACTL8基因在黄牛肌肉中的作用机制尚不清楚,其与中国黄牛生长发育的关联性有待进一步研究。因此,本文以黄牛ACTL8基因为研究对象,探究该基因的遗传变异功能,同时对ACTL8基因在秦川牛不同年龄不同组织的表达量进行分析,以期得到相应的分子遗传学信息,找出对中国黄牛生长发育有显着影响的分子标记,为今后深入研究ACTL8基因在黄牛肌肉生长发育中的功能提供试验基础,并为我国黄牛遗传资源的保护、开发和使用提供遗传学依据。本论文的主要研究工作和结论如下:1.黄牛ACTL8基因的遗传多态性通过运用PCR-RFLP和DNA池测序技术,对394头秦川牛、213头夏南牛、180头晋南牛、82头郏县红牛、81头南阳牛和44头德南牛个体的ACTL8基因的单核苷酸多态性进行检测,结果检测到5个突变位点和2处插入缺失,分别位于AC000159.1:c.2135418240 A>G（SNP 1）、AC000159.1:c.2 135553890 G>A（SNP 4）、AC000159.1:c.2135552895 G>A（SNP 5）、AC000159.1:c.2 135416770 G>C（SNP 7）、AC000159.1:c.2135415955 G>A（SNP 8）和rs714871276（SNP 11）缺失17bp碱基、rs714529542（SNP12）插入16bp碱基,其中135552895G>A突变位点为同义突变[CTG（162Leu）>CTA（162Leu）]。2.黄牛ACTL8基因多态位点的群体遗传学分析通过χ2检验、连锁不平衡分析等,发现SNP 1、SNP 4、SNP 5、SNP 11和SNP 12位点都符合哈代-温伯格平衡,而且这5个突变位点的多态信息含量均在30%左右,属于中度多态（0.25<PIC<0.50）;表明这5个SNPs位点群体的遗传性能较稳定,可作为黄牛品种选育保种的遗传标记和理论依据。而SNP 7和SNP 8不合符哈代-温伯格平衡,这两个突变位点在所研究群体中,可能由近亲交配或迁移或选择所致。SNP 1和SNP 4在夏南牛中的D’值是0.988,SNP 4和SNP 5在郏县红牛中D’值是0.825,表明它们之间存在着高度连锁不平衡关系（0.7<D’）。3.黄牛ACTL8基因的多态位点与生长发育性状的关联分析通过关联分析发现SNP 1与秦川牛、德南牛、24月龄南阳牛的生长性状胸围显着相关;SNP 4与夏南牛、德南牛、晋南牛的生长性状体高、十字部高显着相关,该位点在六个黄牛品种生长性状中的优势基因为等位基因G;SNP 5与郏县红牛、德南牛的生长性状体斜长显着相关;SNP 7和SNP 8与秦川牛的体长、胸围、尻长、体高等生长性状显着相关,且这两个SNPs位点在秦川牛生长性状中的优势基因为等位基因G;SNP 11与夏南牛、郏县红牛的生长性状十字部高显着相关;SNP 12与夏南牛、郏县红牛、德南牛的生长性状十字部高、胸围显着相关。结果表明上述SNPs可用作黄牛生长发育性状改良或筛选的分子标记,用于标记辅助选择。4.秦川牛ACTL8基因的组织表达谱分析通过运用qRT-PCR技术研究了ACTL8基因在秦川牛三个时期、七个组织中的表达差异,相对定量结果表明其表达受时空特异性的影响。在秦川牛胎牛、犊牛、成年牛的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肌肉、脂肪中均检测到ACTL8基因的表达量;比较ACTL8基因在秦川牛同一时期各组织间的表达量,结果显示在胎牛和成年牛中,心脏、脂肪组织表达丰度最高,肌肉的表达量也较高,在胎牛中肌肉的表达量最低;同时比较秦川牛不同时期同一组织的ACTL8基因表达量,结果发现该基因的表达量受发育时期的影响显着,心脏、脾脏、肺脏、脂肪中的变化尤为明显,表达量随年龄的增加呈上升趋势（P?01.0）;肾脏、肌肉组织中,ACTL8基因在犊牛中的表达量最高,在胎牛中最低,表明随着年龄的增长,ACTL8基因在秦川牛肾脏、肌肉组织中的表达量呈先上升、后下降的趋势,且在犊牛和成年牛中的表达差异不显着（P?05.0）。为进一步揭示牛ACTL8基因在各组织形成中的作用提供一些基础资料。
梁巍[6]（2016）在《秦川牛PSMC基因家族遗传变异、可变剪切及启动子区甲基化研究》文中指出秦川牛是我国优良的地方黄牛品种,随着秦川牛肉牛改良计划的实施,如何结合现代分子生物学及传统育种技术,进一步提高秦川肉牛的生长性状、屠宰性状、繁殖性状已逐步成为研究工作的重点。体尺和胴体性状对于秦川肉牛而言是重要的经济指标,也是受到多个基因控制的数量性状。本研究选择秦川牛作为研究对象,以PSMC基因家族的6个基因作为候选基因,利用DNA池测序、PCR-SSCP、PCR-RFLP、CRS-PCR等SNP检测技术以及RT-PCR、实时定量PCR（QPCR）、重亚硫酸盐测序PCR（BSP）、基因TA克隆等现在分子生物学实验技术,进行了包括秦川牛PSMC基因家族遗传变异检测及其与体尺和胴体性状关联分析、可变剪切的验证、mRNA表达水平与启动子区甲基化相关性三个方面的研究。取得的主要结果如下:1.秦川牛PSMC基因家族遗传变异检测及其与体尺和胴体性状关联分析研究在秦川牛PSMC基因家族中5个基因检测到15个突变,验证了8个SNPs位点,分别位于为PSMC1基因外显子9（PSMC1-C69T）,PSMC2基因内含子6、内含子8（PSMC2-A131G和PSMC2-C265G）,PSMC3基因外显子1、内含子10与12,分别命名为PSMC3-A218、PSMC3-T4363C和PSMC3-G4649A,其中PSMC3-A218为错义突变（丝氨酸/甘氨酸）;PSMC4基因外显子5（PSMC4-C106G）以及PSMC5基因内含子4,命名为PSMC5-G369T。关联分析结果显示,PSMC1-C69T、PSMC4-C106G位点多态性与体斜长、腰角宽显着相关（P<0.01或P<0.05）,位点PSMC2-C265G、PSMC3-A218多态性与屠宰重及胴体重显着相关（P<0.05）;在PSMC3-T4363C位点上,不同基因型与体长及腰角宽指标显着相关（P<0.05）,PSMC3-G4649A位点与体高指标显着相关（P<0.05）,而PSMC3-A218、PSMC5-G369T位点上不同基因型间在6个体尺和胴体性状指标上差异不显着（P>0.05）。2.秦川牛PSMC5基因中可变剪切的验证研究于秦川牛PSMC5基因中鉴定出一种新的可变剪接体AS2,为外显子跳跃类型的可变剪切,缺失共128个氨基酸。发现该剪接体仅在成年牛的脾、腹肌、背最长肌、腹脂、前腿脂与幼年牛的腹肌、前腿脂、背脂等组织中存在,提示我们该剪接体可能在这些组织中发挥作用。3.秦川牛PSMC基因家族mRNA不同组织间表达量研究检测了秦川成年牛PSMC家族6个基因在15个组织中的表达量,其中PSMC1基因在后腿脂肪中大量表达,PSMC2基因在腹脂及后腿脂中表达量较高,PSMC3基因在肺部及4个肌肉组织中表达量较高,PSMC4基因在腹肌和前腿肌中大量表达,PSMC5基因也在4个肌肉组织于腹脂中大量表达,PSMC6基因在脾脏、腹肌、腹脂中表达量较高。检测了秦川幼牛PSMC2基因在腹肌、前腿肌、背最长肌、腹脂、前腿脂、背脂中的表达量,发现PSMC2基因在腹肌、腹脂、前腿肌上的表达量分别占前三位,而在前腿脂中表达量最低。4.PSMC2基因启动子区甲基化相关研究筛查了秦川牛成年牛及幼牛背最长肌、背脂中PSMC2基因启动子区域中的DNA甲基化水平,发现成年牛组的甲基化水平较高（P<0.05）,而PSMC2的表达量在成年牛组中较低,幼年牛组的甲基化程度低,而PSMC2基因的表达量较高（P<0.05）,DNA甲基化与mRNA表达水平间存在负相关趋势,但未达到统计学显着水平（P>0.05）。以上结果表明,在PSMC基因家族中能够筛选出具有育种价值的分子遗传标记、验证到了不同的可变剪接体,并检测出在不同时期不同组织中PSMC家族基因的DNA甲基化水平,为分子标记辅助育种工作提供了参考,可以为秦川肉牛的选育和改良提供科学理论依据,同时也拓展了对PSMC家族基因的认识与了解,对阐明秦川牛生长发育相关性状的遗传和表达调控的分子机理具有重要意义。
刘梅[7]（2014）在《牛FOXA2基因组织表达规律及遗传变异研究》文中研究指明牛分子标记辅助育种的前提是找到对生长性状有显着影响的基因或分子标记。翼螺旋转录因子FOXA2是调节组织发育、胰腺分泌、糖脂代谢及脂肪分化的重要转录因子。目前，尚未见该基因在牛上的研究报道。因此，本试验利用荧光定量PCR首先在mRNA水平上考察了不同发育阶段的秦川牛和不同营养水平肥育的中国荷斯坦牛FOXA2基因的组织表达规律，探索FOXA2基因对牛生长发育的影响，再利用DNA池测序和PCR-RFLP等方法在群体水平上研究了FOXA2基因在秦川牛、南阳牛、郏县红牛、德南牛和夏郏牛中的遗传变异，并分析了该基因4个多态位点的遗传多样性及其与5个黄牛群体的生长性状之间的关联性，以期发现对黄牛生长发育影响显着的分子标记，为今后黄牛分子标记辅助选择、培育优质高产的新品系提供科学依据。本研究获得以下结果：（1）秦川牛FOXA2基因在不同发育阶段的组织表达谱分析FOXA2基因在秦川牛3个发育阶段（胎牛、新生犊牛、成年牛）9个组织中的相对定量结果显示，FOXA2的表达受组织特异性和时间特异性的影响。FOXA2基因在同一时期各组织间差异表达，在三个时期的肝脏中其表达量均很高，在胎牛和犊牛的肺脏中表达丰度最高，在犊牛的小肠中表达量也较高，而其他组织如胃、肌肉和脂肪中表达量很低。同时，比较秦川牛相同组织的FOXA2基因表达量在不同发育阶段中的差异，发现该基因的表达量在除心脏以外的组织中均受发育时期影响显着，肝脏、脾脏和肾脏中的变化尤为明显，表达量随年龄增加呈升高趋势。（2）中国荷斯坦牛FOXA2基因在不同营养水平的组织表达谱分析研究荷斯坦奶公牛犊的7个组织FOXA2基因mRNA的表达量，发现该基因表达规律与秦川牛犊牛相似。比较荷斯坦奶公牛犊FOXA2基因在3个营养水平进行谷物直线育肥条件下的相对表达量发现，饲粮能量水平可显着影响心脏、脾脏、肾脏、肌肉和脂肪中FOXA2基因的表达。心脏、脾脏和肝脏中该基因的表达量在能量水平最高的A组最高，而肌肉和脂肪组织中能量水平较低组显着高于能量水平最高的A组，其表达量与能量水平呈负相关。（3）五个黄牛群体FOXA2基因多态性检测及其群体遗传学分析发现并检测了黄牛FOXA2基因的4个突变位点：AC000170.1: g.7005C>T（SV1），g.7044C>G（SV2），g.8449A>G（SV3）和g.8537T>C（SV4）。遗传多态性指标（PIC、He和Ne）显示，FOXA2基因4个多态位点在大多数群体中均处于中度多态，多态信息较丰富，育种潜力较大。连锁不平衡分析结果显示，位点之间连锁程度低。单倍型分析发现，品种间单倍型频率分布规律不同，秦川牛和郏县红牛分布相似，而与南阳牛不同。（4）FOXA2基因多态性与黄牛生长性状的关联分析FOXA2基因4个多态位点分别与成年牛生长性状关联分析发现：南阳牛、夏郏牛和德南牛SV1位点的CT基因型、郏县红牛SV2位点的GG基因型、郏县红牛和夏郏牛SV3位点的AG基因型、南阳牛SV3位点的AA基因型、三个地方品种黄牛和德南杂交牛SV4位点的TC基因型个体的某些相关生长性状显着优于其他个体（P<0.05或P<0.01），同一SNP位点与不同黄牛品种的生长性状关联性有所差异。进一步分析4个SNPs组合基因型与生长性状的关联性发现，组合基因型与秦川牛和郏县红牛的重要生长性状（如体长和体重等）显着相关。与单个SNP位点关联分析综合说明这4个多态位点可作为提高肉牛生长性状的遗传标记，FOXA2基因是黄牛育种的重要候选基因。
李密杰[8]（2013）在《秦川牛PPARGC1A基因功能验证及遗传变异研究》文中研究说明过氧化物酶体增殖激活受体γ共激活因子1α（peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator1alpha, PPARGC1A or PGC-1α）,编码基因为PPARGC1A,作为转录共激活因子可以与一系列的转录因子相互作用,参与多种代谢途径,如适应性产热、线粒体的生物合成、葡萄糖代谢、肝脏糖异生、脂肪酸p氧化、脂肪细胞分化、肌肉类型转换等。在动物遗传育种中,由于PPARGC1A参与机体能量平衡和脂肪代谢调控的相关过程,PPARGC1A基因被作为影响动物产乳特性、肉质品质和动物生长的侯选基因加以研究,目前未发现该基因在中国地方黄牛品种中的相关研究。为此本研究利用基因克隆,腺病毒载体构建,细胞培养,qPCR,荧光素酶活性测定,DNA池测序,PCR-SSCP及PCR-RFLP等技术开展了秦川牛PPARGC1A基因的克隆,腺病毒介导的过表达和干扰技术对该基因的表达调控,及其在调控线粒体氧化呼吸链相关基因和肌肉细胞增殖分化相关基因的功能验证,启动子区的克隆及核心启动区的筛选分析,基因遗传变异的扫描及其与生长性状的关联分析等工作,以期为该基因在中国地方黄牛育种中的应用提供基础科学依据,主要获得了如下结果：1.克隆了秦川牛PPARGC1A基因CDS区,全长2391bp,编码796个氨基酸。并构建了腺病毒介导的过表达秦川牛PPARGC1A基因的载体Ad-PPARGC1A, TCID50法测得滴度为6×109PFU/mL,感染牛肌肉细胞的最佳MOI为150μL。Ad-PPARGC1A腺病毒感染牛肌肉细胞后,验证了PPARGC1A可促进线粒体氧化呼吸链相关基因的表达,并可促进牛肌肉细胞在含20%胎牛血清培养基中的增殖相关基因的表达及在含2%马血清培养基中的分化相关基因的表达。2.利用在线软件设计了针对牛PPARGC1A基因的3条shRNAs （shRNA-574、 shRNA-749、shRNA-1013）,并通过实验筛选出shRNA-574和shRNA-749序列的干扰效果较明显。构建了针对牛PPARGC1A基因的Ad-shRNA-574和Ad-shRNA-749干扰腺病毒载体,TCID50法测得滴度分别为：3×109PFU/mL和8×108PFU/mL,感染牛肌肉细胞的最佳MOI均为200μL。干扰腺病毒Ad-shRNA574和Ad-shRNA749感染牛肌肉细胞后,在含2%马血清的分化培养基中的干扰效果较明显,干扰效率分别为41%和51%。干扰牛PPARGC1A基因后,牛肌肉细胞中的线粒体氧化呼吸链相关基因的表达量降低,同时影响肌肉细胞的正常增殖和分化相关基因的表达。3.克隆了秦川牛PPARGC1A基因启动子区2119bp片段,包括起始密码子上游-2072bp至下游+47bp处区域。构建了包含秦川牛PPARGC1A基因启动子区不同截短体的重组载体pGL3-Basic-Promoter,通过荧光素酶活性测定检测不同片段的相对启动活性并结合软件预测结果,推测该基因的启动子活性区在-2072bp至-2001bp之间。4.经DNA池测序扫描后发现牛PPARGC1A基因20处多态位点,其中位于该基因外显子和内含子区的有13处：g.64897G>A, g.72175A>G, g.72202A>G, g.84063T>C, g.84163G>A, g.85272C>T, g.85329C>T, g.85352C>T, g.85400A>G, g.85442G>A, g.85540C>T, g.85609T>C, g.85631T>G;位于基因启动子区的有7处：SNP-259T>A,-301-298insCTTT,-915A>G,-1175T>G,-1590C>T,-1665C>T和-1690G>A。与中国部分黄牛生长性状关联分析后发现：SNP g.64897G>A与南阳牛24月龄体重和日增重相关,且GG基因型为优势基因型。
徐瑶[9]（2011）在《黄牛Myf5、Pax7基因的克隆、多态性检测及其遗传效应分析》文中研究指明肌肉卫星细胞作为生肌性前体细胞的主要来源,对机体出生后骨骼肌的生长、再生、修复起到至关重要的作用。配对盒基因7（paired box 7,Pax7）是卫星细胞表达的标志性基因,可以通过调控肌细胞生成因子5（myogenic factor 5, Myf5）和肌细胞决定因子（myogenic determination factor, MyoD）,决定卫星细胞的增殖与分化,从而影响机体的生长发育。本研究选择Myf5和Pax7为候选基因,利用Over-lap、DNA测序等方法克隆得到Myf5基因CDS区并进行原核及真核表达,为黄牛转基因研究提供基础资料。另外,采用DNA池测序、PCR-RFLP技术检测了南阳牛、郏县红牛、秦川牛、鲁西牛和草原红牛5个群体共1226个个体的Pax7基因多态性,探讨多态位点在不同群体中的遗传结构、遗传多样性及其与生长性状的关联,以期发现对黄牛生长发育呈正效应的分子标记,为今后黄牛分子标记辅助选择、优质高产新品种或品系培育提供科学依据。本研究获得以下结果:1.黄牛Myf5基因CDS区克隆与表达研究利用Over-lap法（外显子拼接）从秦川牛基因组DNA中克隆得到Myf5基因CDS区,构建pET-28a-Myf5重组载体并转化至大肠杆菌BL21 （DE3） pLysS中,1mmol/L IPTG、37℃条件下诱导表达融合蛋白6×His-Myf5,经SDS-PAGE检测,诱导5h蛋白表达量较大。此外,还成功构建了真核表达载体pEGFP-C1-Myf5,通过脂质体转染重组质粒pEGFP-C1-Myf5于PK15细胞中,24h后在荧光显微镜下观察转染效率,进一步用Western blot验证Myf5基因在细胞内得到了成功表达。2.黄牛Pax7基因多态性检测及群体遗传学分析利用DNA池测序和PCR-RFLP技术系统检测了黄牛Pax7基因所有编码区和部分内含子区共9个基因座（P1-P9）在5个黄牛群体（南阳牛、郏县红牛、秦川牛、鲁西牛和草原红牛）中的遗传变异。试验中共检测到5个SNPs:NC007300: g.332 ins/del G, g.3531G>A, g.56626G>A, g.66117C>T和g.66251A>G,分别位于Pax7基因的内含子1、外显子3、外显子5、外显子7和内含子7。其中,外显子上的SNPs没有引起氨基酸的改变,属于同义突变。有趣的是,这5处突变位点均发生在某个特定的限制性内切酶识别位点上,可以分别通过EcoRII、HinfI、BspT104I、PstI和ApaI-RFLP方法直接检测。群体遗传学分析显示,g.332 ins/del G位点在五个黄牛群体中检测到AG和GG两种基因型,GG型在五个群体中均为优势基因型,频率在0.6520.983之间;g.3531G>A位点共检测到AA、AG和GG三种基因型,GG型在南阳牛、郏县红牛、秦川牛和鲁西牛群体中为优势基因型,频率在0.5540.724之间;g.56626G>A位点共检测到AA、AG和GG三种基因型,GG型在上述四个牛品种中为优势基因型,频率在0.3870.492之间;g.66117C>T位点共检测到TT、TC和CC三种基因型,CC型在南阳牛、郏县红牛、秦川牛和草原红牛群体中均为优势基因型,频率在0.0.4010.991之间;g.66251A>G位点共检测到AA、AG和GG三种基因型,GG型在南阳牛、郏县红牛、秦川牛和鲁西牛群体中为优势基因型,频率在0.5900.676之间。g.332 ins/del G位点在五个黄牛群体内均处于低度多态（PIC<0.25）,其他四个位点除了g.3531G>A在郏县红牛中处于低度多态外,其余均处于中度多态（0.25<PIC<0.50）;5个多态位点的不同基因型分布在南阳牛与草原红牛、郏县红牛与草原红牛、秦川牛与草原红牛和鲁西牛与草原红牛间均表现极显着差异。连锁不平衡分析表明,g.66117C>T和g.66251A>G在草原红牛群体中处于强连锁不平衡状态。3.黄牛Pax7基因多态位点与生长性状的关联分析利用GLM模型统计分析了Pax7基因5个SNPs位点与秦川牛成年个体、郏县红牛成年个体和南阳牛不同生长时期（6月龄、12月龄、18月龄和24月龄）各项生长指标的关联性。结果显示,g.332 ins/del G位点与秦川牛体重、郏县红牛体斜长和南阳牛12月龄的日增重显着相关,且GG型均显着高于AG型（P<0.05）;g.3531G>A位点的不同基因型对秦川牛体斜长、胸宽和尻长及南阳牛6月龄、12月龄的多项指标影响显着（P<0.05或P<0.01）;g.56626G>A位点只与秦川牛胸深显着相关,与郏县红牛和南阳牛的各项指标均不相关;g.66117C>T位点的不同基因型对秦川牛体高和十字部高及南阳牛6月龄、12月龄的胸围和日增重影响显着（P<0.05）;g.66251A>G位点的不同基因型对秦川牛体重、胸深和坐骨端宽及郏县红牛胸围、腰角宽和尻长及南阳牛6月龄、12月龄的多项指标均有显着影响（P<0.05或P<0.01）。
侯飞[10]（2011）在《黄牛ANGPTL4、GPIHBP1基因SNPs检测及其与生长性状的关联分析》文中研究指明本研究分别以南阳牛、郏县红牛、鲁西牛、秦川牛、中国荷斯坦牛5个品种共1062份血样为材料,提取基因组DNA。运用混合DNA池技术、PCR-RFLP和Forced PCR-RFLP相结合的方法。本研究分析了牛类血管生长因子4（ANGPTL4）基因和糖基化磷脂酰肌醇锚定高密度脂蛋白结合蛋白1（GPIHBP1）基因共2个候选基因的遗传变异;并对南阳牛、郏县红牛和秦川牛3个牛群体ANGPTL4基因的SNPs位点与生长性状进行了相关分析。以此来检验候选基因的SNPs位点对黄牛群体生长发育的遗传效应,以期发现对黄牛重要生长性状具有显着经济意义的遗传标记,为中国黄牛的选育和分子标记筛选种质资源保存提供遗传学依据。本研究得到以下结果:1.黄牛ANGPTL4基因的生物信息学分析通过氨基酸序列分析发现,牛ANGPTL4基因由7071个碱基组成,7个外显子6个内含子,编码410个氨基酸。同源性比较表明,该基因与猪ANGPTL4基因分子进化距离最近,亲缘关系最为密切。组织表达谱分析表明,黄牛ANGPTL4基因在肝脏和皮下脂肪组织样品中表达2. ANGPTL4基因SNPs检测及其与南阳牛,郏县红牛和秦川牛生长性状的相关分析。运用黄牛混合DNA池测序法寻找牛ANGPTL4基因的SNPs,在整个编码区共检测到4个SNPs。其中,1422T>C为错义突变,其它3个SNPs为同义突变。关联分析结果显示,南阳牛群体中,不同基因型对12月龄个体的体重、平均日增重和18月龄的坐骨端宽显着相关,突变型个体大于野生型个体（P<0.05）。在郏县红牛群体中,不同基因型对腰角宽和胸宽显着相关,突变型个体大于野生型个体（P<0.05）。在秦川牛群体中,不同基因型坐骨端宽和十字部高显着相关,突变型个体大于野生型个体（P<0.05）。3. GPIHBP1基因SNPs检测用混合DNA池的方法, PCR产物直接测序,分析测序结果,与GenBank（NC-00732.4）上的序列比对后发现,896 bp的片段碱基序列发现2处突变,第一处位于第一内含子的309位,鸟嘌呤突变为胞嘧啶,即G>C,属于碱基突变类型中的碱基颠换。第二处突变位于第1内含子的319位,胞嘧啶突变为胸腺嘧啶,即C>T,属于碱基突变类型中的碱基转换。G309C和C319T都位于GPIHBP1基因的第1内含子上,俩个突变距离很近,仅相差10 bp。664 bp的碱基序列上未发现突变,即第3外显子上未找到突变。445 bp的碱基序列上发现一处突变,分析测序结果发现突变位于第4外显子,即在编码区的1762 bp处存在一处突变,胞嘧啶突变为胸腺嘧啶,即C>T,属于碱基突变类型中的碱基转换,相应的使编码的氨基酸由GGC>GGT,即甘氨酸突变为甘氨酸,属于同义突变。
二、秦川牛血液型与生长性状关系的研究（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、秦川牛血液型与生长性状关系的研究（论文提纲范文）
（1）秦川牛CDC10基因多态性及其与生长性状的关联性分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 文献综述:CDC10基因与肉牛生长性状研究进展 |
| 一、肉牛生长性状分子育种相关研究进展 |
| 1.我国肉牛产业发展近况 |
| 2.家畜分子育种研究进展 |
| 2.1 国内家畜分子育种研究进展 |
| 2.2 国外家畜分子育种研究进展 |
| 3.肉牛分子育种研究进展 |
| 二、肉牛生长性状相关功能基因及突变位点 |
| 1.功能基因对肉牛生长性状的影响 |
| 2.肉牛生长性状相关分子标记 |
| 三、基因对肉牛成肌细胞增殖和分化的影响 |
| 1.相关功能基因对肉牛肌肉发育的影响 |
| 2.转录因子与牛成肌细胞增殖分化的关系 |
| 2.1 转录因子的概念和作用 |
| 2.2 转录因子相关研究进展 |
| 2.3 转录因子及其靶基因对肉牛肌肉发育的影响 |
| 3.ncRNA的调控作用对肉牛肌肉发育的影响 |
| 四、CDC10基因研究进展 |
| 1.CDC10基因的结构和表达 |
| 2.CDC10基因的相关功能 |
| 3.CDC10基因对肉牛生长发育的影响 |
| C位点对基因表达及生长性状的影响'>4.CDC10 基因g.61710450G>C位点对基因表达及生长性状的影响 |
| 五、小结 |
| 第二章 秦川牛CDC10基因多态性及其与生长性状的关联性分析 |
| 一、引言 |
| 二、材料与方法 |
| 1.主要仪器设备及耗材 |
| 2.实验动物 |
| 3.研究方法 |
| 3.1 肉牛生长性状的测定 |
| 3.2 血液全基因组DNA的提取和PCR反应 |
| 3.3 MassARRAY技术 |
| 3.4 生物信息学预测及分析方法 |
| 3.5 牛成肌细胞的培养和收集 |
| 3.6 细胞中对CDC10基因的过表达和干扰 |
| 3.7 实时定量PCR检测各基因表达量 |
| 3.8 EdU细胞增殖检测 |
| 3.9 成肌细胞MyHC免疫荧光检测 |
| 3.10 EMSA验证转录因子的结合 |
| 3.11 数据统计及分析方法 |
| 三、结果 |
| 1.牛 CDC10 基因启动子上游SNP位点与生长性状的关联性分析 |
| 2.siRNA干扰CDC10 基因表达效率的鉴定 |
| 3.CDC10过表达慢病毒载体颗粒转染及表达效率鉴定 |
| 4.CDC10基因表达量对牛成肌细胞增殖的影响 |
| 5.CDC10基因表达量对牛成肌细胞分化的影响 |
| C位点结合的转录因子的预测'>6.CDC10 基因g.61710450G>C位点结合的转录因子的预测 |
| C位点结合转录因子'>7.EMSA验证g.61710450G>C位点结合转录因子 |
| 四、讨论 |
| 1.CDC10基因分子标记的挖掘 |
| 2.CDC10基因对牛成肌细胞增殖和分化的调控 |
| C位点的结合'>3.转录因子与CDC10 基因g.61710450G>C位点的结合 |
| 五、结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（2）安格斯牛生长性状相关基因多态性及关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 前言 |
| 1.2 单核苷酸多态性(SNP)及分子标记辅助选择的应用 |
| 1.3 Sequenom SNP分型技术 |
| 1.4 生长性状相关基因的研究进展 |
| 1.4.1 生长激素受体蛋白 |
| 1.4.2 解耦联蛋白家族 |
| 1.4.3 FBXO32基因 |
| 1.4.4 Wnt8a基因 |
| 1.5 本研究内容及目的意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 试验材料与仪器试剂 |
| 2.1.1 试验动物血样采集及生长性状的测定 |
| 2.1.2 试验主要仪器 |
| 2.1.3 试验主要试剂及药品 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 血液基因组试剂盒法提取DNA |
| 2.2.2 琼脂糖凝胶电泳检测DNA |
| 2.2.3 Sequenom SNP质谱分型检测 |
| 2.3 数据统计及分析方法 |
| 2.3.1 基因型频率及等位基因频率的计算 |
| 2.3.2 遗传杂合度(He)计算 |
| 2.3.3 有效等位基因数(Ne)计算 |
| 2.3.4 多态信息含量(PIC)计算 |
| 2.3.5 Hardy-Weinberg平衡检测 |
| 2.3.6 基因多态性与安格斯牛生长性状的关联分析 |
| 2.3.7 基因多态位点连锁不平衡构建与单倍型分析 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 安格斯牛血液DNA的提取结果 |
| 3.2 安格斯牛生长相关基因位点分型检测结果 |
| 3.2.1 GHR-149位点分型检测结果 |
| 3.2.2 UCP2-655位点分型检测结果 |
| 3.2.3 UCP3基因5465、7921和8018位点分型检测结果 |
| 3.2.4 FBXO32-53423位点分型检测结果 |
| 3.2.5 Wnt8a基因244和910位点分型检测结果 |
| 3.3 宁夏安格斯牛群体基因型频率、等位基因频率 |
| 3.4 SNPs与安格斯牛生长性状关联分析 |
| 3.4.1 GHR基因149位点与宁夏地区安格斯牛生长性状的关联分析 |
| 3.4.2 UCP2基因655位点与宁夏地区安格斯牛生长性状的关联分析 |
| 3.4.3 UCP3基因5465、7921和8018位点与宁夏地区安格斯牛生长性状的关联分析 |
| 3.4.4 FBXO32基因53423位点与宁夏地区安格斯牛生长性状的关联分析 |
| 3.4.5 Wnt8a基因244和910位点与安格斯牛生长性状的关联分析 |
| 3.5 单倍型与连锁不平衡分析 |
| 3.6 单倍型与生长性状的关联分析 |
| 3.6.1 单倍型H1、H2与安格斯牛生长性状的关联分析 |
| 3.6.2 单倍型H3、H4与安格斯牛生长性状的关联分析 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 牛生长性状的相关研究 |
| 4.2 候选基因遗传特性 |
| 4.3 候选基因多态性与生长性状的关联分析 |
| 4.4 单倍型与连锁不平衡分析 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 个人简介 |
（3）延边黄牛肉质候选基因标记效应及表达分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| Ⅰ. 前言 |
| 1.1 延边黄牛的研究现状及发展趋势 |
| 1.2 相关基因研究进展 |
| 1.3 单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism) |
| 1.4 本试验研究的目的及意义 |
| Ⅱ. 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.3 统计分析 |
| Ⅲ. 结果与分析 |
| 3.1 牛血液基因组DNA提取与纯度检测 |
| 3.2 ANGPTL4基因SNP检测结果 |
| 3.3 FABP4基因SNP检测结果 |
| 3.4 PLIN基因SNP检测结果 |
| 3.5 延边黄牛FABP4不同基因型FABP4、ANGPTL4、PPARγ和LPL基因的表达分析 |
| Ⅳ. 讨论 |
| 4.1 延边黄牛ANGPTL4基因SNP及与肉质性状关联分析 |
| 4.2 延边黄牛FABP4基因SNP及与肉质性状关联分析 |
| 4.3 延边黄牛PLIN基因SNP及与肉质性状关联分析 |
| 4.4 延边黄牛FABP4基因不同基因型脂代谢基因表达分析 |
| Ⅴ. 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
（4）中国肉牛分子与基因修饰育种研究进展（论文提纲范文）
| 1 我国肉牛分子标记辅助育种技术 |
| 1.1 肉牛生长发育相关性状调控基因 |
| 1.2 肉牛屠宰与肉质性状相关基因 |
| 1.3 肉牛繁殖性状相关基因 |
| 1.4 肉牛抗病相关基因 |
| 2 我国肉牛基因组选择育种技术研究进展 |
| 3 我国肉牛表观遗传学研究进展 |
| 3.1 肉牛DNA甲基化研究 |
| 3.2 肉牛组蛋白修饰相关研究 |
| 3.3 肉牛mi RNAs相关研究 |
| 4 我国肉牛基因修饰技术研究进展 |
| 4.1 改善肉牛肉质品质 |
| 4.2 促进肉牛肌肉发育 |
| 5 结语与展望 |
（5）黄牛ACTL8基因的遗传变异及组织表达谱研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 引言 |
| 文献综述 |
| 第一章 黄牛ACTL8基因遗传变异与功能的研究进展 |
| 1.1 黄牛品种简介 |
| 1.2 ACTL8基因的研究进展 |
| 1.2.1 肌动蛋白概况 |
| 1.2.2 ACTL8基因研究进展 |
| 1.2.3 ACTL8的生物学功能 |
| 1.2.4 ACTL8与细胞骨架 |
| 1.2.5 ACTL8与细胞运动 |
| 1.2.6 ACTL8与细胞分裂 |
| 1.2.7 ACTL8与肌肉 |
| 1.2.8 ACTL8与肿瘤 |
| 1.3 基因的单核苷酸多态性 |
| 1.4 聚合酶链式反应 |
| 1.5 全基因组选择技术 |
| 试验研究 |
| 第二章 黄牛ACTL8基因的遗传多样性 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 黄牛血样样品 |
| 2.1.2 黄牛生长发育性状 |
| 2.1.3 试验所需试剂及仪器设备 |
| 2.1.4 试验所需试剂及溶液的配置 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 牛基因组DNA的提取 |
| 2.2.2 DNA质量的检测 |
| 2.2.3 PCR引物的设计 |
| 2.2.4 PCR反应体系和扩增条件 |
| 2.2.5 酵切引物的设计 |
| 2.2.6 对酵切位点进行PCR扩增 |
| 2.2.7 酵切分析 |
| 2.3 统计分析 |
| 2.3.1 相关统计分析 |
| 2.3.2 相关分析统计模型 |
| 2.3.3 相关分析软件 |
| 2.4 结果与分析 |
| 2.4.1 牛基因组DNA样品质量的检测 |
| 2.4.2 牛ACTL8基因多态位点的检测分析 |
| 2.4.3 牛ACTL8基因插入缺失位点的验证分析 |
| 2.4.4 牛ACTL8基因多态位点酶切引物的设计 |
| 2.4.5 牛ACTL8基因多态位点酶切的鉴定结果 |
| 2.5 讨论 |
| 2.5.1 关于牛ACTL8基因多态位点检测方法的选择 |
| 2.5.2 牛ACTL8基因SNPs位点的分析 |
| 2.6 小结 |
| 第三章 黄牛ACTL8基因多态位点的群体遗传学数据分析 |
| 3.1 牛ACTL8基因SNP 1 位点的遗传多样性统计 |
| 3.2 牛ACTL8基因SNP 4 位点的遗传多样性统计 |
| 3.3 牛ACTL8基因SNP 5 位点的遗传多样性统计 |
| 3.4 牛ACTL8基因SNP 7 位点的遗传多样性统计 |
| 3.5 牛ACTL8基因SNP 8 位点的遗传多样性统计 |
| 3.6 牛ACTL8基因SNP 11位点的遗传多样性统计 |
| 3.7 牛ACTL8基因SNP 12位点的遗传多样性统计 |
| 3.8 牛ACTL8基因SNPS位点的连锁不平衡分析 |
| 3.8.1 秦川牛ACTL8基因SNPs位点的连锁不平衡分析 |
| 3.8.2 夏南牛ACTL8基因SNPs位点的连锁不平衡分析 |
| 3.8.3 德南牛ACTL8基因SNPs位点的连锁不平衡分析 |
| 3.8.4 南阳牛ACTL8基因SNPs位点的连锁不平衡分析 |
| 3.8.5 郏县红牛ACTL8基因SNPs位点的连锁不平衡分析 |
| 3.8.6 晋南牛ACTL8基因SNPs位点的连锁不平衡分析 |
| 3.9 讨论 |
| 3.9.1 哈代-温伯格平衡定律的生物学意义 |
| 3.9.2 连锁不平衡分析的生物学意义 |
| 3.10 小结 |
| 第四章 ACTL8基因多态性与六个黄牛品种主要生长性状的关联分析 |
| 4.1 黄牛部分生长性状和ACTL8基因SNPS的关联分析 |
| 4.1.1 秦川牛群体内ACTL8基因的SNPs突变位点与主要生长性状的关联分析 |
| 4.1.2 夏南牛群体内ACTL8基因的SNPs突变位点与主要生长性状的关联分析 |
| 4.1.3 郏县红牛群体内ACTL8基因的SNPs突变位点与主要生长性状的关联分析.414.1.4 德南牛群体内ACTL8基因的SNPs突变位点与主要生长性状的关联分析 |
| 4.1.5 南阳牛群体内ACTL8基因的SNPs突变位点与主要生长性状的关联分析 |
| 4.1.6 晋南牛群体内ACTL8基因的SNPs突变位点与主要生长性状的关联分析 |
| 4.2 讨论 |
| 4.3 小结 |
| 第五章 黄牛ACTL8基因的组织表达规律 |
| 5.1 试验材料和方法 |
| 5.1.1 试验动物和所需组织 |
| 5.1.2 试验所需试剂及溶液的配制和仪器设备 |
| 5.1.3 试验方法 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 组织RNA质量检测结果 |
| 5.2.2 定量引物质量检验结果 |
| 5.2.3 ACTL8基因在秦川牛不同生长阶段、不同组织的表达量 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 内参基因β-actin的选择 |
| 5.3.2 牛ACTL8基因的组织表达谱分析 |
| 5.4 小结 |
| 结论和创新点 |
| 试验结论 |
| 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（6）秦川牛PSMC基因家族遗传变异、可变剪切及启动子区甲基化研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 秦川牛简介 |
| 1.2 SNP |
| 1.2.1 SNP简介 |
| 1.2.2 SNP在家畜遗传育种中的应用 |
| 1.2.3 本研究中检测SNP的方法 |
| 1.3 可变剪切 |
| 1.3.1 可变剪切简介 |
| 1.3.2 可变剪切在遗传育种中的作用 |
| 1.3.3 可变剪切的研究方法 |
| 1.4 DNA甲基化 |
| 1.4.1 DNA甲基化简介 |
| 1.4.2 DNA甲基化在遗传育种中作用 |
| 1.4.3 甲基化检测方法 |
| 1.5 PSMC基因家族研究进展 |
| 1.6 研究目的及意义 |
| 试验研究 |
| 第二章 秦川牛PSMC基因家族的遗传变异相关研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.1.3 数据统计与分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 PSMC家族基因的遗传变异检测 |
| 2.2.2 PSMC基因家族的群体遗传参数分析 |
| 2.2.3 两个候选基因SNPs的连锁不平衡及单倍型分析 |
| 2.2.4 五个候选基因的SNPs与体尺及胴体性状的关联分析 |
| 2.2.5 PSMC2与PSMC3基因SNPs组合基因型与体尺和胴体性状的关联分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 PSMC家族基因的遗传变异 |
| 2.3.2 PSMC家族基因多态性对秦川牛体尺、胴体性状的影响 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 秦川牛PSMC基因家族的可变剪切相关研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 试验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 秦川牛PSMC5基因可变剪切体的克隆与鉴定 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 可变剪切在生物进化中的重要性 |
| 3.3.2 可变剪切在牛育种中的重要性 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 秦川牛PMSC基因家族mRNA表达与甲基化的相关研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 方法 |
| 4.1.3 数据统计分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 PSMC家族基因实时定量结果 |
| 4.2.2 重亚硫酸盐转化后PCR及测序结果 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 DNA甲基化在生物体中的重要性 |
| 4.3.2 DNA甲基化在牛育种中的重要性 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 结论与创新点 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 缩略词 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（7）牛FOXA2基因组织表达规律及遗传变异研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 我国黄牛资源及传统育种现状 |
| 1.1.1 秦川牛 |
| 1.1.2 南阳牛 |
| 1.1.3 郏县红牛 |
| 1.1.4 中国荷斯坦牛 |
| 1.2 分子标记与肉牛育种 |
| 1.2.1 分子标记概述 |
| 1.2.2 DNA 分子标记方法 |
| 1.2.2.1 PCR-RFLP |
| 1.2.2.2 SNP |
| 1.2.3 分子标记在牛育种中的应用 |
| 1.3 营养水平与养牛业 |
| 1.3.1 营养水平与肉质性状 |
| 1.3.2 营养水平与肉牛肥育 |
| 1.3.3 营养水平与产奶性能 |
| 1.3.4 营养水平与生长和繁殖 |
| 1.4 实时荧光定量 PCR 研究进展及应用 |
| 1.4.1 实时荧光定量 PCR 技术原理 |
| 1.4.2 实时荧光定量 PCR 的检测方法及特点 |
| 1.4.2.1 荧光染料嵌入法 |
| 1.4.2.2 荧光杂交探针法 |
| 1.4.3 实时荧光定量 PCR 的定量方法 |
| 1.4.3.1 标准曲线法的绝对定量 |
| 1.4.3.2 无参照基因法的相对定量 |
| 1.4.3.3 以参照基因为标准的相对定量 |
| 1.4.4 荧光定量 PCR 在牛上的应用研究 |
| 1.5 目的基因 FOXA2 研究进展 |
| 1.5.1 FOXA2 基因及其家族概述 |
| 1.5.2 FOXA2 的分子结构 |
| 1.5.3 FOXA2 的活性和定位 |
| 1.5.4 FOXA2 生物学功能 |
| 1.5.4.1 FOXA2 与脂代谢 |
| 1.5.4.2 FOXA2 与糖代谢 |
| 1.5.4.3 FOXA2 与胰岛素敏感性 |
| 1.5.4.4 FOXA2 与胰腺发育 |
| 1.5.4.5 FOXA2 的其他作用 |
| 第二章 不同发育阶段的秦川牛 FOXA2 基因组织表达规律 |
| 2.1 试验材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.1.1 试验样本 |
| 2.1.1.2 试验所需仪器设备与试剂 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.1.2.1 总 RNA 的提取及其质量检测 |
| 2.1.2.2 反转录及 cDNA 质量检测 |
| 2.1.2.3 qRT-PCR 引物的设计及其质量检测 |
| 2.1.2.4 qRT-PCR 检测 FOXA2 基因的组织表达差异 |
| 2.1.2.5 实时定量数据处理 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 总 RNA 质量检测结果 |
| 2.2.2 cDNA 质量及 qRT-PCR 引物特异性检测结果 |
| 2.2.3 FOXA2 基因在秦川牛中的组织表达谱 |
| 2.2.3.1 秦川牛 FOXA2 基因在胎牛时期的组织表达谱 |
| 2.2.3.2 秦川牛 FOXA2 基因在犊牛时期的组织表达谱 |
| 2.2.3.3 秦川牛 FOXA2 基因在成年牛时期的组织表达谱 |
| 2.2.3.4 三个时期的秦川牛 FOXA2 基因在相同组织中的表达谱 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 组织表达谱的研究方法 |
| 2.3.2 秦川牛 FOXA2 基因的时空表达差异分析 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 不同营养水平的中国荷斯坦牛 FOXA2 基因组织表达规律 |
| 3.1 试验材料与方法 |
| 3.1.1 试验动物 |
| 3.1.2 实验设计与管理 |
| 3.1.3 样品采集 |
| 3.1.4 试验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 中国荷斯坦牛犊牛时期 FOXA2 基因的组织表达谱分析 |
| 3.2.2 三种饲养条件的中国荷斯坦牛 FOXA2 基因的组织表达谱 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 营养水平对黄牛育肥影响的研究方法 |
| 3.3.2 中国荷斯坦牛犊牛时期 FOXA2 基因的表达差异分析 |
| 3.3.3 不同营养水平的中国荷斯坦牛 FOXA2 基因的表达差异分析 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 黄牛 FOXA2 基因的遗传变异及其与生长性状的关联分析 |
| 4.1 试验材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.1.1 试验动物及生长性状相关资料 |
| 4.1.1.2 试验所需仪器设备与试剂 |
| 4.1.2 试验方法 |
| 4.1.2.1 血样采集及基因组 DNA 的提取 |
| 4.1.2.2 基因组 DNA 质量检测 |
| 4.1.2.3 引物的设计及合成 |
| 4.1.2.4 PCR 反应体系和扩增条件 |
| 4.1.2.5 根据测序结果设计酶切引物 |
| 4.1.2.6 多态位点的 PCR-RFLP 分析 |
| 4.1.2.7 数据统计与分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 黄牛基因组 DNA 样品质量检测 |
| 4.2.2 黄牛 FOXA2 基因片段的扩增及混合池 DNA 测序 |
| 4.2.3 混合 DNA 池测序检测黄牛 FOXA2 基因多态位点 |
| 4.2.4 黄牛 FOXA2 基因多态位点的 PCR-RFLP 分析 |
| 4.2.4.1 FOXA2 基因 SV1 和 SV2 位点的 PCR-RFLP 联合分析及测序验证 |
| 4.2.4.2 FOXA2 基因 SV3 位点的 PCR-RFLP 分析及测序验证 |
| 4.2.4.3 FOXA2 基因 SV4 位点的 PCR-RFLP 分析及测序验证 |
| 4.2.5 黄牛 FOXA2 基因多态位点的群体遗传学数据分析 |
| 4.2.6 黄牛 FOXA2 基多态位点的单倍型及连锁不平衡分析 |
| 4.2.6.1 黄牛 FOXA2 基因多态位点在三个黄牛品种中的单倍型分析 |
| 4.2.6.2 黄牛 FOXA2 基因多态位点的连锁不平衡分析 |
| 4.2.7 黄牛 FOXA2 基因各多态位点与生长性状的关联分析 |
| 4.2.7.1 秦川牛 FOXA2 基因各多态位点与生长性状的关联分析 |
| 4.2.7.2 南阳牛 FOXA2 基因各多态位点与生长性状的关联分析 |
| 4.2.7.3 郏县红牛 FOXA2 基因各多态位点与生长性状的关联分析 |
| 4.2.7.4 夏郏牛 FOXA2 基因各多态位点与生长性状的关联分析 |
| 4.2.7.5 德南牛 FOXA2 基因各多态位点与生长性状的关联分析 |
| 4.2.8 黄牛 FOXA2 基因多态位点组合基因型与生长性状的关联分析 |
| 4.2.8.1 秦川牛 FOXA2 基因多态位点组合基因型与生长性状的关联分析 |
| 4.2.8.2 郏县红牛 FOXA2 基因多态位点组合基因型与生长性状的关联分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 黄牛 FOXA2 基因 SNPs 检测的方法 |
| 4.3.2 黄牛 FOXA2 基因多态位点的分析 |
| 4.3.3 黄牛 FOXA2 基因的群体遗传学分析 |
| 4.3.4 FOXA2 基因的单倍型及连锁不平衡分析 |
| 4.3.5 FOXA2 基因多态位点的遗传效应分析 |
| 4.4 小结 |
| 试验结论与创新点 |
| 1 试验结论 |
| 2 创新点 |
| 3 有待进一步研究的问题 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 缩略词 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（8）秦川牛PPARGC1A基因功能验证及遗传变异研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 PPARGC1A基因研究进展 |
| 1.1.1 PPARGC1A基因结构 |
| 1.1.2 PPARGC1A基因的生理功能 |
| 1.1.3 PPARGC1A基因在人类中的多态性研究 |
| 1.1.4 PPARGC1A基因在畜禽上的研究进展 |
| 1.2 腺病毒载体的研究进展 |
| 1.2.1 腺病毒生物学特性 |
| 1.2.2 腺病毒载体的发展 |
| 1.3 展望 |
| 第二章 秦川牛PPARGC1A基因克隆、过表达腺病毒载体的构建及功能验证 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料与主要试剂 |
| 2.1.2 引物设计 |
| 2.1.3 RNA的提取和cDNA的合成 |
| 2.1.4 秦川牛PPARGC1A基因CDS区克隆 |
| 2.1.5 pGMT-PPARGC1A载体构建 |
| 2.1.6 pAdTrack-CMV-PPARGC1A载体的构建 |
| 2.1.7 pAdeasy-1-CMV-PPARGC1A载体的构建 |
| 2.1.8 腺病毒Ad-PPARGC1A的包装 |
| 2.1.9 腺病毒Ad-PPARGC1A的收获及扩增 |
| 2.1.10 腺病毒Ad-PPARGC1A滴度的测定 |
| 2.1.11 最佳MOI(Multiplicity of Infection)的确定 |
| 2.1.12 PPARGC1A基因过表达对牛肌肉细胞代谢和分化基因表达的影响 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 RNA提取 |
| 2.2.2 秦川牛PPARGC1A基因CDS区克隆及pGMT-PPARGC1A载体构建 |
| 2.2.3 pAdTrack-CMV-PPARGC1A载体的构建 |
| 2.2.4 pAdeasy-1-CMV-PPARGC1A载体的构建 |
| 2.2.5 腺病毒Ad-PPARGC1A的包装 |
| 2.2.6 腺病毒Ad-PPARGC1A的扩增及滴度测定 |
| 2.2.7 最佳MOI(Multiplicity Of Infection)的确定 |
| 2.2.8 PPARGC1A基因过表达后对牛肌肉细胞代谢和分化相关基因的影响 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 腺病毒介导的基因过表达 |
| 2.3.2 PPARGC1A基因过表达对牛肌肉细胞相关基因的影响 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 秦川牛PPARGC1A基因干扰腺病毒载体的构建及功能验证 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料与主要试剂 |
| 3.1.2 靶向PPARGC1A基因的shRNAs干扰序列的设计及合成 |
| 3.1.3 pENTR/CMV-GFP/U6-shRNAs载体的构建 |
| 3.1.4 pDsRed1-C1-PPARGC1A表达载体的构建 |
| 3.1.5 有效shRNAs序列的筛选 |
| 3.1.6 pAd/PL-DEST/CMV-GFP/U6-shRNAs重组腺病毒载体的构建及鉴定 |
| 3.1.7 腺病毒的包装、扩增及滴度测定 |
| 3.1.8 最佳MOI(Multiplicity Of Infection)的确定 |
| 3.1.9 PPARGC1A基因沉默后对肌肉细胞代谢和分化相关基因表达的影响 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 pENTR/CMV-GFP/U6-shRNAs载体的构建 |
| 3.2.2 pDsRed1-C1-PPARGC1A载体的构建 |
| 3.2.3 有效shRNAs序列的筛选 |
| 3.2.4 pAd/PL-DEST/CMV-GFP/U6-shRNAs重组腺病毒骨架载体的构建 |
| 3.2.5 腺病毒的包装、扩增及滴度测定 |
| 3.2.6 最佳MOI(Multiplicity Of Infection)的确定 |
| 3.2.7 PPARGC1A基因沉默后对肌肉细胞代谢和分化相关基因表达的影响 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 腺病毒载体介导的RNAi |
| 3.3.2 干扰腺病毒对牛肌肉细胞代谢和增殖分化相关基因的影响 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 秦川牛PPARGC1A基因启动子区的克隆及活性研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料与主要试剂 |
| 4.1.2 引物设计与合成 |
| 4.1.3 秦川牛全血DNA的提取 |
| 4.1.4 秦川牛PPARGC1A基因启动子区全长扩增 |
| 4.1.5 pGMT-Promoter载体的构建 |
| 4.1.6 pGL3-Basic-Promoter不同截短载体的构建 |
| 4.1.7 pRL-TK和pGL3-Control载体的扩增与纯化 |
| 4.1.8 HEK293和C2C12细胞的培养 |
| 4.1.9 pGL3-Basic-Promoter重组系列质粒与对照质粒pR-TK共转染HEK293和C2C12细胞 |
| 4.1.10 荧光素酶活性检测 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 秦川牛PPARGC1A基因启动子区全长扩增 |
| 4.2.2 pGMT-Promoter载体的构建 |
| 4.2.3 pGL3-Basic-Promoter不同截短载体的构建 |
| 4.2.4 荧光素酶活性检测 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 秦川牛PPARGC1A基因启动子活性在HEK293及C2C12细胞系中的差异 |
| 4.3.2 秦川牛PPARGC1A基因启动子不同截短体的活性差异 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 牛PPARGC1A基因遗传变异及其与生长性状的关联分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验动物与主要试剂 |
| 5.1.2 血液样品中基因组DNA提取 |
| 5.1.3 引物设计及PCR反应 |
| 5.1.4 利用DNA池技术扫描SNPs |
| 5.1.5 利用PCR-SSCP和PCR-RFLP检测突变在群体中的分布规律 |
| 5.1.6 数据统计分析模型 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 牛血液样品中基因组DNA的提取 |
| 5.2.2 PCR扩增结果 |
| 5.2.3 DNA池扫描SNPs |
| 5.2.4 不同SNPs分型结果 |
| 5.2.5 PPARGC1A基因多态位点频率分布的群体遗传学分析 |
| 5.2.6 PPARGC1A基因SNPs与牛生长性状的关联分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.3.1 PPARGC1A基因多态性在中国地方牛品种与外国牛品种的比较 |
| 5.3.2 牛PPARGC1A基因多态性与生长性状之间的关联 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 结论与创新点 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（9）黄牛Myf5、Pax7基因的克隆、多态性检测及其遗传效应分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 我国畜禽遗传资源概况 |
| 1.2 我国肉牛资源及育种现状 |
| 1.3 转基因技术与家畜育种 |
| 1.3.1 转基因技术概况 |
| 1.3.2 转基因技术在动物育种中的应用 |
| 1.4 分子遗传标记技术与家畜育种 |
| 1.4.1 分子标记技术概述 |
| 1.4.2 分子标记的分类 |
| 1.4.3 标记辅助选育及其应用 |
| 1.5 候选基因的研究进展 |
| 1.5.1 肌肉卫星细胞概述 |
| 1.5.2 Myf5 基因研究进展 |
| 1.5.3 Pax7 基因研究进展 |
| 1.6 研究的目的及意义 |
| 第二章 黄牛Myf5 基因克隆与表达研究 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 基因克隆及载体构建方面 |
| 2.1.2 蛋白表达方面 |
| 2.1.3 仪器 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 引物设计 |
| 2.2.2 Myf5 基因CDS 区扩增 |
| 2.2.3 原核表达载体的构建及表达 |
| 2.2.4 真核表达载体的构建及表达 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 Over-lap 法扩增Myf5 基因CDS 区 |
| 2.3.2 载体的构建与鉴定 |
| 2.3.3 目的基因的原核表达 |
| 2.3.4 重组蛋白Western blot 检测 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 关于目的基因的获得 |
| 2.4.2 关于载体的选择和蛋白表达 |
| 2.4.3 关于脂质体转染细胞 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 黄牛Pax7 基因多态性检测及其遗传效应研究 |
| 3.1 试验材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 试验方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 黄牛基因组DNA 的检测 |
| 3.2.2 黄牛Pax7 基因片段的扩增及琼脂糖电泳检测 |
| 3.2.3 混合DNA 池测序检测黄牛Pax7 基因多态位点 |
| 3.2.4 黄牛Pax7 基因多态位点的PCR-RFLP 分析 |
| 3.2.5 黄牛Pax7 基因多态位点的群体遗传结构分析 |
| 3.2.6 黄牛Pax7 基因多态位点的单倍型分析 |
| 3.2.7 黄牛Pax7 基因5 个多态位点间的连锁不平衡分析 |
| 3.2.8 黄牛Pax7 基因多态位点与生长性状的关联分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 关于DNA 池测序检测SNPs |
| 3.3.2 关于Pax7 基因SNP 位点的分析 |
| 3.3.3 关于Pax7 基因多态位点的群体遗传学分析 |
| 3.3.4 关于Pax7 基因多态位点间的连锁不平衡分析 |
| 3.3.5 关于Pax7 基因的遗传效应分析 |
| 3.4 小结 |
| 结论与创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（10）黄牛ANGPTL4、GPIHBP1基因SNPs检测及其与生长性状的关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 基因组学的定义和历史 |
| 1.2 基因组技术在家畜育种中的应用 |
| 1.2.1 动物基因组学的发展 |
| 1.2.2 动物育种的技术和战略 |
| 1.3 ANGPTL4 基因研究进展 |
| 1.3.1 ANGPTL4 基因发现和命名 |
| 1.3.2 ANGPTL4 基因的结构与功能 |
| 1.4 GPIHBP1 基因研究进展 |
| 1.5 本研究的意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 组织样品的采集 |
| 2.1.2 用于分子标记的DNA 样品来源 |
| 2.1.3 主要试剂和药品 |
| 2.1.4 普通试剂和药品 |
| 2.1.5 仪器设备及来源 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 SNPs 的分型 |
| 2.2.2 血液 DNA 的提取 |
| 2.2.3 引物设计 |
| 2.2.4 样品的PCR 扩增 |
| 2.2.5 PCR 扩增产物的酶切分析 |
| 2.2.6 主要分子生物学数据库及软件 |
| 2.3 数据统计方法 |
| 2.3.1 基因频率和基因型频率的计算 |
| 2.3.2 基因型频率的x2 独立性检验 |
| 2.3.3 位点遗传杂合度、纯合度和有效等位基因数的计算 |
| 2.3.4 多态信息含量计算 |
| 2.3.5 Hardy-Weinberg 平衡检测 |
| 2.3.6 SNPs 与经济性状的关联分析统计模型 |
| 第三章 黄牛ANGPTL4 基因的生物信息学分析 |
| 3.1 ANGPTL4 同源性分析 |
| 3.2 牛ANGPTL4 蛋白质信息分析 |
| 3.2.1 牛ANGPTL4 蛋白的二级结构 |
| 3.2.2 牛ANGPTL4 蛋白跨膜结构的分析 |
| 第四章 候选基因SNPS的检测 |
| 4.1 牛血液基因组DNA 的检测 |
| 4.2 牛ANGPTL4 基因SNPS 检测 |
| 4.2.1 琼脂糖凝胶电泳检测 |
| 4.2.2 黄牛混合DNA 池测序分析 |
| 4.2.3 候选基因PCR 产物不同基因型序列测定 |
| 第五章 ANGPTL4 基因PCR-RFLP 分析 |
| 5.1 PCR-RFLP 分析引物设计 |
| 5.2 ANGPTL4 基因的PCR-RFLP 检测 |
| C 突变的MspΙ酶切分析'>5.2.1 ANGPTL4 基因g. 1422 T> C 突变的MspΙ酶切分析 |
| T 突变的BamHΙ酶切分析'>5.2.2 ANGPTL4 基因g.4899C>T 突变的BamHΙ酶切分析 |
| A 突变的TaqΙ酶切分析'>5.2.3 ANGPTL4 基因g.5095T>A 突变的TaqΙ酶切分析 |
| T 突变的HindⅢ酶切分析'>5.2.4 ANGPTL4 基因g. 5200C>T 突变的HindⅢ酶切分析 |
| 第六章 ANGPTL4 基因多态位点的群体遗传学分析 |
| C 突变位点'>6.1 ANGPTL4 基因G.1422T>C 突变位点 |
| T 突变位点'>6.2 ANGPTL4 基因4899C>T 突变位点 |
| A 突变位点'>6.3 ANGPTL4 基因5095T>A 突变位点 |
| T 突变位点'>6.4 ANGPTL4 基因5200C>T 突变位点 |
| 第七章 ANGPTL4 多态性与三个黄牛品种主要生长性状关联分析 |
| C 多态性与生长性状的关联分析'>7.1 ANGPTL4 基因的1422T>C 多态性与生长性状的关联分析 |
| C 突变位点与生长性状相关分析'>7.1.1 南阳牛群体内ANGPTL4 基因1422T>C 突变位点与生长性状相关分析 |
| C 突变位点与生长性状相关分析'>7.1.2 郏县红牛群体内ANGPTL4 基因1422T>C 突变位点与生长性状相关分析 |
| C 突变位点与生长性状相关分析'>7.1.3 秦川牛群体内ANGPTL4 基因1422T>C 突变位点与生长性状相关分析 |
| T 多态性与生长性状的关联分析'>7.2 ANGPTL4 基因的G. 4899C>T 多态性与生长性状的关联分析 |
| T 突变位点与生长性状相关分析'>7.2.1 南阳牛群体内ANGPTL4 基因4899C>T 突变位点与生长性状相关分析 |
| T 突变位点与生长性状相关分析'>7.2.2 郏县红牛群体内ANGPTL4 基因4899C>T 突变位点与生长性状相关分析 |
| T 突变位点与生长性状相关分析'>7.2.3 秦川牛群体内ANGPTL4 基因4899C>T 突变位点与生长性状相关分析 |
| A 多态性与生长性状的关联分析'>7.3 ANGPTL4 基因的 g. 5095 T>A 多态性与生长性状的关联分析 |
| A 突变位点与生长性状相关分析'>7.3.1 南阳牛群体内ANGPTL4 基因5095 T>A 突变位点与生长性状相关分析 |
| A 突变位点与生长性状相关分析'>7.3.2 郏县红牛群体内ANGPTL4 基因5095 T>A 突变位点与生长性状相关分析 |
| A 突变位点与生长性状相关分析'>7.3.3 秦川牛群体内ANGPTL4 基因5095 T>A 突变位点与生长性状相关分析 |
| T 多态性与生长性状的关联分析'>7.4 ANGPTL4 基因的 g. 5200C>T 多态性与生长性状的关联分析 |
| T 突变位点与生长性状相关分析'>7.4.1 南阳牛群体内ANGPTL4 基因5200C>T 突变位点与生长性状相关分析 |
| T 突变位点与生长性状相关分析'>7.4.2 郏县红牛群体内ANGPTL4 基因5200C>T 突变位点与生长性状相关分析 |
| T 突变位点与生长性状相关分析'>7.4.3 秦川牛群体内ANGPTL4 基因5200C>T 突变位点与生长性状相关分析 |
| 第八章 讨论 |
| 8.1 GPIHBP1 基因遗传变异 |
| 8.2 ANGPTL4 基因遗传变异 |
| 8.3 ANGPTL4 基因与黄牛生长性状的关系 |
| 8.4 小结 |
| 8.5 结论与创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 黄牛体尺测量的项目与方法. |
| 附录2 DNA 提取所用试剂配方 |
| 附录3 琼脂糖凝胶电泳分析所用溶液配方. |
| 附录4 聚丙烯酰胺凝胶电泳分析所用溶液配方. |
| 附录5 黄牛全血基因组DNA 提取步骤 |
| 附录6 资料的统计与分析 |
| 附表 |
| 附表1 实验中主要的仪器设备 |
| 附表2 PCR 反应体系 |
| 附表3 PCR 反应程序 |
| 附表4 限制性内切酶的酶切体系 |
| 缩略词 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
四、秦川牛血液型与生长性状关系的研究（论文参考文献）
- [1]秦川牛CDC10基因多态性及其与生长性状的关联性分析[D]. 孔晓卉. 内蒙古大学, 2020(01)
- [2]安格斯牛生长性状相关基因多态性及关联分析[D]. 国鹏. 宁夏大学, 2019(02)
- [3]延边黄牛肉质候选基因标记效应及表达分析[D]. 徐畅. 延边大学, 2018(01)
- [4]中国肉牛分子与基因修饰育种研究进展[J]. 佟彬,张立,李光鹏. 遗传, 2017(11)
- [5]黄牛ACTL8基因的遗传变异及组织表达谱研究[D]. 蔡翠翠. 西北农林科技大学, 2016(11)
- [6]秦川牛PSMC基因家族遗传变异、可变剪切及启动子区甲基化研究[D]. 梁巍. 西北农林科技大学, 2016(11)
- [7]牛FOXA2基因组织表达规律及遗传变异研究[D]. 刘梅. 西北农林科技大学, 2014(02)
- [8]秦川牛PPARGC1A基因功能验证及遗传变异研究[D]. 李密杰. 西北农林科技大学, 2013(05)
- [9]黄牛Myf5、Pax7基因的克隆、多态性检测及其遗传效应分析[D]. 徐瑶. 西北农林科技大学, 2011(05)
- [10]黄牛ANGPTL4、GPIHBP1基因SNPs检测及其与生长性状的关联分析[D]. 侯飞. 西北农林科技大学, 2011(05)