导读:本文包含了重复序列预测论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献，主要关键词:生物信息学,富亮氨酸重复序列,序列算法,位点相关概率模型
重复序列预测论文文献综述
巩晶,李雪,陶超,魏天迪[1]（2015）在《基于位点相关概率模型的富亮氨酸重复序列预测》一文中研究指出富亮氨酸重复序列(leucine-rich repeat,LRR)是一种广泛存在的蛋白质结构基序,在诸多重要生命过程中起关键性作用并与诸多人类疾病紧密相关。研究LRR中各个位点之间的氨基酸分布的相关性,并基于此相关性建立概率模型,可应用于序列水平上的LRR预测,以提高LRR预测的准确度。本文从LRRML数据库中提取已知的LRR蛋白质序列作为训练集和测试集;为LRR各个位点上氨基酸的分布数据构建4种不同的概率模型,包括位点相关和位点不相关概率模型;再通过机器学习和K-折交叉验证的方法,确定可以用于LRR预测的最佳模型。结果表明,位点相关概率模型和位点不相关概率模型以不同权重相加之后的综合模型在LRR预测中显示出高的准确度。LRR中各个位点之间的氨基酸分布存在一定的相关性,此相关性可作为重要参数应用于LRR预测。(本文来源于《中国科技论文》期刊2015年06期）
陶志勇,徐岁,王媛媛,方强,夏惠[2]（2014）在《基于蛋白重复序列及线性B细胞表位预测筛选间日疟原虫特异性抗原肽》一文中研究指出目的建立一种基于蛋白重复序列及线性B细胞表位预测筛选间日疟原虫(Plasmodium vivax,P.vivax)特异性抗原肽的方法。方法以PlasmoDB数据为基础,建立间日疟原虫蛋白序列数据库。编写重复序列查找软件,逐一检索16 aa多肽在全部蛋白序列中的重复次数,统计出重复较高者进行连续B细胞表位预测,优选具有间日疟原虫特异性的肽进行合成,偶联钥孔戚血蓝蛋白(Keyhole limpet hemocyanin,KLH)后免疫小鼠,并检测抗体滴度。结果通过软件分析间日疟原虫全部5 432个蛋白序列中的16肽的重复次数,利用BcePred网站预测其中重复较高的1 000个序列,获得22个候选肽,经聚类分析和相似性比较,优选到5个潜在特异性肽,人工合成并偶联KLH后免疫小鼠诱生的抗体滴度均超过1:9 000。结论建立了一种基于蛋白重复序列联合线性B细胞表位预测筛选间日疟原虫特异性抗原肽的方法,得到的5个肽均能诱导小鼠产生高滴度抗体。(本文来源于《中国血吸虫病防治杂志》期刊2014年03期）
吴静,丁勇,刘成友[3]（2013）在《甲型H1N1流感病毒HA基因的简单重复序列预测》一文中研究指出目的:探讨应用ARIMA模型对甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因简单重复序列(simple sequencerepeats,SSRs)的相对丰度和相对密度值进行预测的可行性,为防控流感流行制定措施提供科学依据。方法:应用Eviews 6.0软件对1970～2007年38条同源性相对较高的甲流H1N1流感病毒HA核苷酸序列中SSRs的相对丰度和相对密度进行拟合,建立时间序列模型,用模型对2008～2010年SSRs的相对丰度和相对密度进行预测,并用实际数据评估模型预测效果,进而预测2011年数据。结果:ARIMA模型较好地拟合了既往相对丰度和相对密度的实际序列,对2008～2010年的相对丰度和相对密度的预测也获得了较好的预测效果。结论:ARIMA模型能较好地模拟甲型H1N1流感病毒HA基因中SSRs的相对丰度和相对密度的变动趋势,可用于SSRs相对丰度和相对密度值的短期预测和动态分析。(本文来源于《南京医科大学学报(自然科学版)》期刊2013年01期）
重复序列预测论文开题报告
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
目的建立一种基于蛋白重复序列及线性B细胞表位预测筛选间日疟原虫(Plasmodium vivax,P.vivax)特异性抗原肽的方法。方法以PlasmoDB数据为基础,建立间日疟原虫蛋白序列数据库。编写重复序列查找软件,逐一检索16 aa多肽在全部蛋白序列中的重复次数,统计出重复较高者进行连续B细胞表位预测,优选具有间日疟原虫特异性的肽进行合成,偶联钥孔戚血蓝蛋白(Keyhole limpet hemocyanin,KLH)后免疫小鼠,并检测抗体滴度。结果通过软件分析间日疟原虫全部5 432个蛋白序列中的16肽的重复次数,利用BcePred网站预测其中重复较高的1 000个序列,获得22个候选肽,经聚类分析和相似性比较,优选到5个潜在特异性肽,人工合成并偶联KLH后免疫小鼠诱生的抗体滴度均超过1:9 000。结论建立了一种基于蛋白重复序列联合线性B细胞表位预测筛选间日疟原虫特异性抗原肽的方法,得到的5个肽均能诱导小鼠产生高滴度抗体。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
重复序列预测论文参考文献
[1].巩晶,李雪,陶超,魏天迪.基于位点相关概率模型的富亮氨酸重复序列预测[J].中国科技论文.2015
[2].陶志勇,徐岁,王媛媛,方强,夏惠.基于蛋白重复序列及线性B细胞表位预测筛选间日疟原虫特异性抗原肽[J].中国血吸虫病防治杂志.2014
[3].吴静,丁勇,刘成友.甲型H1N1流感病毒HA基因的简单重复序列预测[J].南京医科大学学报(自然科学版).2013