一、用PAPD方法分析太湖大银鱼、太湖新银鱼和寡齿新银鱼的亲缘关系（论文文献综述）
唐富江,高文燕,李慧琴,刘伟[1]（2020）在《大银鱼生物学与渔业生态学研究进展》文中认为大银鱼是东亚特有的小型经济鱼类,相关研究工作主要由我国科技工作者开展。本文对大银鱼分类、生长、繁殖、孵化与胚胎发育、移植与产量波动以及对其他鱼类的影响等研究进展进行了归纳和总结。更正后的大银鱼拉丁学名存在尚未被广泛使用的问题。多年的移植增殖使大银鱼产生了大量新的遗传变异,形态上也有所改变,丰富了大银鱼的种质资源。不同纬度地区大银鱼快速生长的月份不同,虽然北方生长季节短,但大银鱼个体却不小于南方。大银鱼能否稳定地转变为食鱼性决定了其生长速率和最终个体大小,其种群内出现个体大小分化的饵料资源条件尚不清楚。种群内是否出现个体大小分化决定了大银鱼的性选择模式,而相关的研究尚未开展。大银鱼为一次性产卵鱼类,其自然受精率高于人工受精率,因此,在增养殖中若能保留合适的繁殖群体量则无需人工投放受精卵。大银鱼的胚胎发育及其影响因素已经比较清楚,足以指导受精卵的生产。大银鱼是耐盐碱鱼类,可用于发展盐碱水域渔业。饵料生物资源的过度消耗被认为是大银鱼产量跌入低谷的原因,但相关的定量生态学研究有待开展,以指导大银鱼的可持续稳产。本研究还针对大银鱼种群爆发对土着鱼类影响的问题,提出了应对策略。
李大命,唐晟凯,刘燕山,谷先坤,刘小维,殷稼雯,张彤晴,潘建林[2]（2021）在《基于Cytb基因的江苏省大银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析》文中提出为了解江苏省湖泊大银鱼（Protosalanx hyalocranius）种群遗传多样性及遗传结构,基于PCR扩增与测序技术对太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖等4个群体共160尾大银鱼的线粒体Cytb基因序列进行分析。结果显示,160条Cytb基因序列共发现25个变异位点,其中单一信息位点11个,简约信息位点14个。4个群体中共检测到23个单倍型,单倍型和核苷酸多样性分别为0.878±0.014和0.002 1±0.000 1,呈现出高单倍型多样性和低核苷酸多样性模式。4个群体中,高邮湖群体的单倍型多样性最高（0.871±0.031）,太湖群体的核苷酸多样性最高（0.002 9±0.000 1）。洪泽湖群体的单倍型和核苷酸多样性均最低,分别为0.755±0.455和0.001 3±0.000 1。分子方差分析结果显示,大银鱼群体间的遗传变异占15.13%,群体内的遗传变异占84.87%,遗传变异主要发生在群体内。遗传分化指数Fst值统计表明:高邮湖、洪泽湖和骆马湖群体之间无显着性差异,但均与太湖群体存在显着性差异,应将太湖群体与其他3个群体作为不同的进化单元进行管理和保护。核苷酸不配对分布和中性检验结果均显示大银鱼经历了近期的群体扩张事件,推测扩张时间在10.3万～4.1万年前,属于更新世晚期。虽然江苏省4个湖泊大银鱼种群的遗传多样性较高,但其资源量已经呈现出明显衰退迹象,应加强相应的渔业管理和保护措施,合理开发和利用大银鱼资源,做到可持续发展。
李大命,唐晟凯,刘燕山,谷先坤,刘小维,殷稼雯,张彤晴,潘建林[3]（2020）在《江苏省4个太湖新银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析》文中研究表明太湖新银鱼（Neosalanx taihuensis）是我国特有的银鱼种类,主要分布在长江和淮河中下游及其附属湖泊,近年来其资源量呈明显下降趋势。为了解太湖新银鱼遗传背景,本研究采用线粒体细胞色素b （Cytochrome b, Cyt b）基因序列,分析了江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个太湖新银鱼野生群体共144尾样本的遗传多样性及遗传结构。结果显示,太湖新银鱼Cyt b基因序列共发现29个变异位点,定义25个单倍型;平均单倍型多样性（Hd）为0.682±0.037,核苷酸多样性（π）为0.00231±0.00021;4个群体中,高邮湖群体的遗传多样性最高（Hd:0.609±0.078;π:0.00094±0.00027）,太湖群体的遗传多样性最低（Hd:0.343±0.107;π:0.00075±0.00033）。分子方差分析（AMOVA）显示,太湖新银鱼群体间遗传差异（71.53%）大于群体内遗传差异（28.47%）,遗传变异主要来自于群体间。遗传分化指数Fst值统计检验表明,骆马湖群体与太湖、高邮湖和洪泽湖群体之间有显着性差异。分子系统树和单倍型网络进化图分析显示,25个单倍型形成2个明显的地理分支,一支由太湖群体、高邮湖群体和洪泽湖群体组成,另一支由骆马湖群体组成。中性检验和错配分布图分析表明,太湖新银鱼历史上发生过群体扩张。整体来看,太湖新银鱼野生种群遗传多样性较低,应加强种质资源保护。建议将太湖、高邮湖群体和洪泽湖群体作为整体进行管理和保护,骆马湖群体单独管理和保护。
杨帆[4]（2019）在《短颌鲚、太湖新银鱼三峡库区与洞庭湖群体间遗传多样性比较》文中指出短颌鲚与太湖新银鱼都是具有重要经济价值的特有鱼类。近年来由于环境污染、过度捕捞和水利工程等原因,导致这两种鱼类的天然资源下降,遗传多样性水平降低。在三峡大坝建成以后,三峡库区的水域生态环境发生改变,短颌鲚与太湖新银鱼在三峡库区逐渐形成一定规模的种群。为更好的了解三峡库区这两种鱼的群体遗传多样性状况,为它们的资源保护和管理提供基础数据,本研究以从三峡库区和洞庭湖分别采集到的24尾、24尾短颌鲚,25尾和70尾太湖新银鱼为实验对象,运用形态学和分子生物学方法,比较了三峡库区群体和洞庭湖群体两种鱼类的形态学特征;分析测定了三峡库区短颌鲚线粒体基因组DNA全序列;根据两个短颌鲚群体线粒体D-Loop序列比较了它们之间遗传多样性差异;利用线粒体DNA的12sRNA、16sRNA、COⅠ、ND1的组合序列比较了两个群体太湖新银鱼的遗传多样性。主要研究结果如下:1.三峡库区的鲚属鱼类通过检索表进鉴定时因上颌骨长度标准不清晰而不能准确定位,但最终通过形态学观察和测量并依据袁传宓的分类依据鉴定为短颌鲚。形态学分析中两个短颌鲚群体中的16个性状中有6个性状有差异,三峡库区群体分析出5个主成分,洞庭湖群体分析出4个主成分,年龄结构显示两个群体均表现为低龄化,其中洞庭湖群体的低龄化较三峡库区群体更甚:三峡库区群体2龄个体占群体的大部分为56.7%,洞庭湖群体1龄个体占群体的大部分为60%。2.三峡库区短颌鲚的线粒体全序列长度为16865,包括13个编码蛋白、22个tRNA、2个rRNA和一个D-Loop序列。从线粒体基因组全序列来看,与下游洞庭湖短颌鲚的线粒体全序列较为相似,有17处碱基不同,仅为0.33%的差别。3.基于线粒体DNA的D-Loop序列比较两群体之间的多样性:短颌鲚48个样本中共检测到变异位点（S）16个,突变总数22个,共检测到19个不同的单倍型,单倍型多样性（Hd）为0.883±0.037,核苷酸多样性（π）为0.00523,平均核苷酸差异数（K）为2.771;其中三峡库区群体变异位点（S）9个、突变总数7个、核苷酸多样性（π）为0.00444,洞庭湖群体变异异位点（S）6个、突变总数7个、核苷酸多样性（π）为0.0017。两群体之间的遗传距离为0.00454。4.基于线粒体DNA的12sRNA、16sRNA、COⅠ、ND1的组合序列对两太湖新银鱼群体多样性分析:在两个群体的95太湖新银鱼样中（其中100尾银鱼样本中有5尾是短吻间银鱼）,共检测到变异位点（S）36个,突变总数37个,共检测到18个不同的单倍型,单倍型多样性（Hd）为0.558±0.058,核苷酸多样性（π）为0.00060,平均核苷酸差异数（K）为1.409。洞庭湖群体单倍型数24个、变异异位点（S）24个、突变总数59个、单倍型多样性0.730核苷酸多样性（π）为0.0013、平均核苷酸差异3.158;三峡库区群体单倍型数3、变异异位点（S）3个、突变总数2个、单倍型多样性0.075、核苷酸多样性（π）为0.00023、平均核苷酸差异0.533。两群体之间的遗传距离为0.0049。综上,本研究首次对长江三峡库区三峡库区新发现的鲚属鱼类种群样本进行了物种的形态学和线粒体全基因组序列分析鉴定确定其为短颌鲚（Coilia brachygnathus）,通过线粒体D-Loop序列对三峡库区短颌鲚群体和洞庭湖的遗传多样性进行分析发现两个群体遗传距离高度相近,提示库区群体很可能来源于下游;利用线粒体基因组中的4个保守基因序列比较分析了三峡库区采集到的太湖新银鱼（Neosalanx taihuensis）与洞庭湖群体的遗传多样性和遗传距离。结果表明两群体之间亲缘关系较近。研究结果提示,三峡水库建成后,鱼类生境发生巨大改变,导致库区鱼类群落结构逐渐向“湖泊化”方向演变,大坝建设对水生态系统的影响效果开始显现。
刘红艳,李存耀,熊飞[5]（2016）在《入侵地和原产地太湖新银鱼群体遗传结构》文中研究表明为了探讨太湖新银鱼快速适应新环境和快速入侵的遗传学机制,本研究利用10个微卫星位点对5个入侵地和2个原产地的群体遗传结构进行了分析。遗传多样性参数结果显示,入侵地滇池、邛海、抚仙湖和三峡库区群体的遗传多样性水平比原产地高,入侵地洱海群体的遗传多样性水平低于原产地太湖而高于巢湖群体,原产地巢湖群体的遗传多样性最低。遗传距离和UPGMA聚类结果表明邛海群体和其他群体的遗传关系最远,太湖与抚仙湖的遗传关系最近。ANOVA显示大多数遗传变异存在于太湖新银鱼群体内（95.78%）,群体间的遗传变异为4.22%,固定系数（Fst=0.0422）显着,表明太湖新银鱼群体间存在显着的小尺度遗传分化,两两遗传分化指数也证实了这一点。MVSP主成分分析显示邛海、三峡库区、巢湖和滇池群体有明显的分化。由此推断,高水平的遗传多样性和显着的遗传结构差异性可能是太湖新银鱼成功入侵的重要原因。
赵琳,张敏莹,徐东坡,周彦锋,方弟安,段金荣,刘凯[6]（2016）在《2个地理种群大银鱼COⅠ基因序列变异与遗传分化》文中认为为探究大银鱼Protosalanx hyalocranius不同地理种群的遗传变异情况,采用PCR产物纯化测序方法,测定了太湖、洪泽湖两个种群共96尾大银鱼线粒体细胞色素C氧化酶Ⅰ亚基（cytochrome oxidaseⅠ,COⅠ）基因的部分序列。结果表明:在638 bp序列中共检测到6个变异位点,占核苷酸总数的0.94%;A、G、T、C平均含量依次为26.2%、34.0%、21.3%和18.5%,A+T含量（47.5%）低于G+C含量（52.5%）;共发现7种单倍型,其中hap1、hap5和hap7为共享单倍型,hap6为洪泽湖种群特有,hap2、hap3和hap4为太湖种群特有,在7种单倍型中,hap1为明显的优势单倍体型,共54个个体（占总个体数的56.25%）;平均单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.642和0.001 48,遗传多样性较低;AMOVA分析显示,种群内遗传变异为79.82%,种群间变异为20.18%,两种群间遗传分化系数（Fst）为0.201 79,表明两种群间遗传分化程度较高。本研究结果可为合理开发和利用大银鱼野生资源提供参考。
薛丹[7]（2015）在《基于细胞色素b的中国9个大银鱼群体遗传多样性研究》文中认为大银鱼（Protosalanx hyalocranius）是东亚特有一年生小型鱼类,有河海洄游和淡水定居2种生态型,是我国重要的出口创汇鱼类。近年来受自然和人为因素影响,土着大银鱼资源枯竭,同时全国范围内广泛移植使很多水体的大银鱼来源复杂。本文测定了6水系9群体180尾大银鱼的线粒体Cytb序列,旨在了解中国大银鱼的遗传背景,为种质资源的有效保护和合理利用提供理论依据,结果如下:1、大银鱼Cytb序列全长1141bp,多态位点26个,简约信息位点16个,单倍型27个,其中单倍型1、5、6、14为优势单倍型,单倍型1在全部流域均有分布,单倍型5和单倍型6主要分布在移植区,其余局域分布。2、中国大银鱼单倍型多样性高而核苷酸多样性低（Hd=0.789±0.021,π=0.0014±0.0001）,总体遗传多样性偏低,也没有明显的谱系结构和地理结构。就土着群体而言,洄游型的辽河口、鸭绿江口和长江口群体间不存在明显分化（Fst=0.0544-0.0834,P>0.05）;长江流域陆封型巢湖和太湖群体间存在显着分化（Fst=0.1394,P<0.01）;洄游型和陆封型大银鱼不存在显着分化（FCT=0.009,P>0.05）;水系间存在微弱但极显着差异的分化（FCT=0.050,P<0.01）,表明遗传分化与生活类型、水系分布格局无密切关联,但在一定程度上受到地理隔离的影响。移植群体虽形成时间短,但兴凯湖、水丰水库和微山湖群体间以及与原产地群体间均存在显着分化（Fst=0.1111-0.4673,P<0.05）,可能是移植的大银鱼小群体内近交繁殖,出现了遗传漂变和上位选择作用。4、大银鱼整体和鸭绿江口、辽河口以及长江口等群体的歧点分布图呈单峰,中性检验Tajima’s D值和Fu’s Fs值为显着负值,R2的检验结果为0.080-0.101（P<0.05）,表明在近期历史上发生过扩张,扩张时间为晚更新世（8.0-6.4万年前）,可能是受到晚更新世海侵和海退的影响。巢湖和太湖群体的歧点分布图呈多峰,中性检验Tajima’s D值和Fu’s Fs值没有呈现显着负值,R2的检验结果为0.129-0.161（P>0.05）,表明种群相对稳定,可能与巢湖、太湖形成的历史较短有关。5、辽河口群体遗传多样性最高（Hd=0.911±0.034,π=0.0018±0.0002）,应优先保护;太湖有我国现存最大的野生陆封型群体,也应重点保护。
李存耀,刘红艳,熊飞[8]（2015）在《太湖新银鱼微卫星位点的分离与序列特征分析》文中认为为了开发太湖新银鱼（Neosalanx taihuensis）的微卫星分子标记,采用生物素标记探针（AC）12、（AAC）10、（AAG）10和（GATA）8对其微卫星位点进行了筛选,并对其序列特征进行了分析。共获得490个微卫星序列,筛选的总效率为78.09%。筛选出725个微卫星位点,其中完美型592个,占81.66%;混合型82个,占11.31%;非完美型51个,占7.03%。探针（AC）12富集到的微卫星重复次数大多集中在1426次,最高44次;探针（AAC）10和探针（AAG）10富集得到的微卫星重复次数主要集中在820次,最高42次;探针（GATA）8富集得到的微卫星重复次数一般在615次,最高32次。探针（AC）12、（AAC）10、（AAG）10和（GATA）8的杂交效率分别为85.19%、60.19%、5.16%和10.64%。筛选得到的725个微卫星位点中,二碱基重复位点390个（53.79%）,三碱基重复位点284个（39.17%）,四碱基重复位点47个（6.48%）,五碱基重复位点1个（0.14%）和六碱基重复位点3个（0.42%）。根据二碱基重复核心序列进行引物设计,对抚仙湖24尾太湖新银鱼样本进行PCR扩增,电泳结果显示部分微卫星位点有较高的多态性,同时本研究获得的三碱基、四碱基、五碱基和六碱基重复位点也可为长重复单元微卫星引物的开发提供基础。
胡亚洲[9]（2014）在《五强溪水库太湖新银鱼繁殖特性及资源恢复技术研究》文中研究说明2011～2013年对五强溪水库水环境状况和太湖新银鱼的繁殖特性作了连续调查研究。对水质进行了等级评价,调查了浮游生物组成并评估了鱼产力,研究了银鱼繁殖力与体长、体重的关系,探讨了影响银鱼资源量变动因子与恢复利用措施和技术。主要结果如下：1、采用化学方法对五强溪水库进行了水质指标检测,选择单因子指数法对水质进行评价,结果显示：总磷和总氮的四季变化范围分别为1.109mg/L-1.41mg/L,1.168mg/L～1.728mg/L,含量严重超标,四季水质较差,为Ⅳ～Ⅴ类水。五强溪水库的浮游动植物生物量平均值为5.71mg/L,通过计算得水库鲢鳙鱼鱼产力理论值为2951608kg,太湖新银鱼鱼产力理论值为2635583kg。2、观察太湖新银鱼卵巢组织切片,结果显示太湖新银鱼为分批产卵类型,春群产卵期为2月-4月,秋季产卵盛期为9月～10月。五强溪水库太湖新银鱼怀卵量平均值为1416粒,相对怀卵量为19.6粒/mm和1287粒/g。通过数据分析软件SPSS17.0分析得知,绝对怀卵量与体长呈幂函数关系,求得关系式为：F=2.464967L2439383, r统计值为0.934776；绝对怀卵量与体重呈直线相关关系,求得关系式为：F=-72.2054&+1353.384W,r统计值为0.95782。3、根据鱼产力制定银鱼生产指标,然后估算银鱼留存量,最终得出比较准确的合理捕捞量。合理捕捞量=银鱼资源实际监测量-留存量。影响银鱼资源变动的主要因子为水文条件、饵料丰度、捕食以及捕捞强度等。合理捕捞期为秋季9月～10月,春群产卵季节定为禁渔期（2月-4月）。通过调整水库鱼类结构、加强渔业管理、制定禁渔期、人工增殖放流等措施,恢复并合理利用银鱼资源。
张迪,雷光春,龚成,王忠锁[10]（2012）在《基于COI基因序列的太湖新银鱼遗传多样性》文中认为利用线粒体细胞色素C氧化酶I（COI）分子标记分析长江中下游太湖新银鱼（Neosalanx taihuensis）8个地理种群132个样本的遗传多样性.该基因630 bp片段的碱基序列共检出8个核苷酸变异位点（变异率1.27%）,其中局域性单倍型居多（75%）,群体单倍型多样性较高（h=0.576±0.036）,而核苷酸多样性较低（π=0.00112±0.00204）.不同地理种群遗传多样性差异显着:有人工移植历史种群遗传多样性较高、隔离度较高的种群遗传多样性较低,但大部分的遗传变异来自于种群内（54.83%）,反映出地理隔离和人为干扰对太湖新银鱼遗传格局影响显着.研究表明COI基因适于银鱼科鱼类物种鉴别和系统发育研究,同时可为同种种群间遗传关系分析提供一定的信息.
二、用PAPD方法分析太湖大银鱼、太湖新银鱼和寡齿新银鱼的亲缘关系（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、用PAPD方法分析太湖大银鱼、太湖新银鱼和寡齿新银鱼的亲缘关系（论文提纲范文）
（2）基于Cytb基因的江苏省大银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样本采集 |
| 1.2 DNA提取、PCR扩增与测序 |
| 1.3 序列整理与数据处理 |
| 2 结果 |
| 2.1 序列变异及遗传多样性 |
| 2.2 大银鱼群体单倍型组成及系统发育 |
| 2.3 群体遗传结构 |
| 2.4 群体历史动态 |
| 3 讨论 |
| 3.1 大银鱼群体遗传多样性分析 |
| 3.2 大银鱼群体遗传结构分析 |
| 3.3 大银鱼群体历史动态研究 |
| 3.4 大银鱼种质资源保护与管理 |
（3）江苏省4个太湖新银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 DNA提取、PCR扩增与测序 |
| 1.3 数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 Cyt b基因序列变异 |
| 2.2 太湖新银鱼群体遗传多样性 |
| 2.3 太湖新银鱼群体遗传结构 |
| 2.4 太湖新银鱼分子系统发育 |
| 2.5 群体历史动态分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 太湖新银鱼种群遗传多样性 |
| 3.2 太湖新银鱼种群的历史动态 |
| 3.3 太湖新银鱼种群遗传结构 |
| 3.4 太湖新银鱼种质资源保护 |
（4）短颌鲚、太湖新银鱼三峡库区与洞庭湖群体间遗传多样性比较（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 鲚属鱼类的研究现状 |
| 1.1.1 鲚属鱼类简介 |
| 1.1.2 国外研究概况 |
| 1.1.3 国内研究概况 |
| 1.2 银鱼研究现状 |
| 1.2.1 银鱼简介 |
| 1.2.2 国外对银鱼的研究 |
| 1.2.3 国内对银鱼的研究概况 |
| 1.3 线粒体的遗传多样性研究 |
| 1.3.1 线粒体DNA的结构与特点 |
| 1.3.2 动物线粒体的遗传特性 |
| 1.3.3 线粒体DNA的研究方法 |
| 1.3.4 线粒体DNA12SRNA、16SRNA、ND1、CO I基因和D-Loop区 |
| 1.3.5 线粒体DNA在鱼类群体遗传学中的应用 |
| 第二章 绪论 |
| 2.1 研究的目的及意义 |
| 2.2 研究的内容 |
| 第三章 三峡库区短颌鲚与洞庭湖短颌鲚形态差异分析 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 样品的采集和处理 |
| 3.1.2 种类的鉴定 |
| 3.1.3 可量性状的测量 |
| 3.1.4 短颌鲚的年龄鉴定 |
| 3.2 数据分析 |
| 3.3 结果及分析 |
| 3.3.1 种类鉴定结果 |
| 3.3.2 单因素方差分析 |
| 3.3.3 主成份分析 |
| 3.3.4 鳞片观察及年龄组成鉴定 |
| 3.4 讨论与分析 |
| 第四章 三峡库区短颌鲚线粒体全序列的测定 |
| 4.1 样本收集与处理 |
| 4.1.1 主要仪器 |
| 4.1.2 主要试剂 |
| 4.1.3 主要溶液配制 |
| 4.1.4 DNA的提取、PCR扩增及测序 |
| 4.2 数据处理 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 全序列比较 |
| 4.3.2 系统发育树的构建 |
| 4.3.3 讨论 |
| 第五章 基于线粒体D-Loop序列对三峡库区短颌群体与洞庭湖群体的遗传多样性比较 |
| 5.1 材料和方法 |
| 5.1.1 样本收集与处理 |
| 5.1.2 基因组的提取与检测 |
| 5.1.3 PCR扩增及测序 |
| 5.2 实验结果 |
| 5.2.1 D-Loop第2 高变区PCR扩增结果及序列特征分析 |
| 5.2.2 群体遗传多样性和遗传差异性的分析 |
| 5.2.3 单倍型分析 |
| 5.2.4 分子间方差分析 |
| 5.2.5 遗传距离 |
| 5.2.6 分子系统发育树的构建 |
| 5.2.7 单倍型网络图的构建 |
| 5.2.8 种群历史 |
| 5.3 讨论与分析 |
| 第六章 基于4个线粒体基因对三峡库区银鱼的种类鉴定及和洞庭湖群体的遗传多样性比较 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 样本收集与处理 |
| 6.1.2 基因组的提取与检测 |
| 6.1.3 PCR |
| 6.2 数据分析 |
| 6.3 实验结果 |
| 6.3.1 银鱼线粒体DNA四个基因序列组合碱基组成比例分析 |
| 6.3.2 太湖新银鱼线粒体DNA4 段序列的进化速率比较 |
| 6.3.3 群体遗传多样性和遗传差异性的分析 |
| 6.3.4 单倍型分析 |
| 6.3.5 遗传距离分析 |
| 6.3.6 分子系统发育树的构建 |
| 6.3.7 分子间方差分析 |
| 6.3.8 种群历史 |
| 6.4 分析讨论 |
| 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
（6）2个地理种群大银鱼COⅠ基因序列变异与遗传分化（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 DNA提取 |
| 1.2.2 PCR扩增与测序 |
| 1.3 数据处理 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 大银鱼群体COⅠ基因序列的多样性 |
| 2.2 单倍型分析 |
| 2.3 种群的遗传多样性及中性检验 |
| 2.4 种群AMOVA分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 COⅠ基因的应用 |
| 3.2 大银鱼单倍型多样性和核苷酸多样性 |
| 3.3 大银鱼种群的中性检验遗传分化 |
（7）基于细胞色素b的中国9个大银鱼群体遗传多样性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 大银鱼的生活习性 |
| 1.2 野生大银鱼的资源情况 |
| 1.3 大银鱼的移植情况 |
| 1.4 大银鱼的研究历程 |
| 1.6 遗传多样性 |
| 1.7 本研究的目的与意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验样品采集与保存 |
| 2.2 实验室常用的仪器设备 |
| 2.3 实验药品及试剂 |
| 2.3.1 DNA提取相关药品和试剂 |
| 2.3.2 PCR和电泳相关试剂 |
| 2.4 大银鱼DNA的提取 |
| 2.5 DNA检测 |
| 2.6 PCR扩增 |
| 2.6.1 PCR扩增引物 |
| 2.6.2 PCR反应体系 |
| 2.6.3 PCR反应程序 |
| 2.6.4 琼脂糖凝胶检测 |
| 2.6.5 扩增产物测序 |
| 2.7 数据处理 |
| 2.7.1 序列比对及人工校对 |
| 2.7.2 遗传多样性及遗传结构 |
| 2.7.3 系统发育树及单倍型网络图 |
| 2.7.4 种群历史动态分析 |
| 3. 结果与分析 |
| 3.1 大银鱼线粒体Cytb序列分析 |
| 3.1.1 大银鱼线粒体Cytb序列的组成 |
| 3.1.2 大银鱼Cytb序列的密码子偏倚性分析 |
| 3.2 大银鱼的单倍型空间分布格局分析 |
| 3.3 大银鱼的遗传多样性分析 |
| 3.4 大银鱼的遗传结构 |
| 3.4.1 大银鱼的遗传距离 |
| 3.4.2 大银鱼群体间系统树 |
| 3.4.3 大银鱼遗传分化系数和基因流 |
| 3.4.4 分子变异分析 |
| 3.5 大银鱼的种群动态 |
| 3.5.1 大银鱼单倍型间网状支系分析 |
| 3.5.2 大银鱼的歧点分布 |
| 3.5.3 大银鱼中性检验 |
| 4 讨论 |
| 4.1 大银鱼群体的遗传多样性 |
| 4.2 大银鱼群体的遗传结构 |
| 4.3 大银鱼群体的种群动态 |
| 4.4 大银鱼种群的遗传多样性保护策略 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 硕士期间发表的论文 |
| 致谢 |
（8）太湖新银鱼微卫星位点的分离与序列特征分析（论文提纲范文）
| 1材料与方法 |
| 1.1样品采集及基因组DNA提取 |
| 1.2微卫星富集文库构建、阳性克隆筛选及序列测定 |
| 1.3微卫星位点查找分析与引物设计 |
| 2结果与分析 |
| 2.1阳性克隆的筛选及测序结果分析 |
| 2.2微卫星DNA序列类型 |
| 2.4二碱基重复微卫星位点的多态性检测 |
| 3讨论 |
| 3.1序列类型 |
| 3.2重复单元的丰度 |
（9）五强溪水库太湖新银鱼繁殖特性及资源恢复技术研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 太湖新银鱼的生物学特性 |
| 1.1.1 银鱼的分布及生长特性 |
| 1.1.2 银鱼的饵料生物组成 |
| 1.1.3 银鱼的种群特点 |
| 1.2 银鱼国内外研究现状 |
| 1.3 银鱼繁殖生物学特性研究 |
| 1.4 银鱼资源量波动研究 |
| 1.5 银鱼移植对本土生物的影响 |
| 1.6 银鱼资源利用现状 |
| 1.7 本研究的目的和意义 |
| 第二章 五强溪水库水环境调查与水质评价 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 设置采样点 |
| 2.1.2 水质分析样的采集和处理 |
| 2.1.3 浮游生物采集 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 五强溪水库水体理化指标 |
| 2.2.2 五强溪水库水质评价 |
| 2.2.3 浮游生物组成 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 五强溪水库水质等级评价 |
| 2.3.2 水库富营养化成因分析 |
| 2.3.3 水环境保护对策 |
| 2.3.4 水资源利用 |
| 第三章 太湖新银鱼繁殖特性研究 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 采样点设置 |
| 3.1.2 样品采集 |
| 3.1.3 实验室分析内容 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 雌雄银鱼形态区别及副性征 |
| 3.2.2 卵巢周年变化 |
| 3.2.3 繁殖力 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 太湖新银鱼的繁殖力 |
| 3.3.2 怀卵量与体长、体重的关系 |
| 3.3.3 太湖新银鱼的产卵类型与繁殖期 |
| 第四章 太湖新银鱼资源恢复利用技术探讨 |
| 4.1 方法 |
| 4.1.1 银鱼基础群体的补充 |
| 4.1.2 其他鱼类的合理放养 |
| 4.1.3 银鱼合理捕捞量和留存量的估算 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 基础群体的补充 |
| 4.2.2 银鱼留存量 |
| 4.2.3 银鱼合理的年捕捞量 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 水库条件对太湖新银鱼资源变动的影响 |
| 4.3.2 增殖保护措施 |
| 结语 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（10）基于COI基因序列的太湖新银鱼遗传多样性（论文提纲范文）
| 1 材料和方法 |
| 1.1 研究区域及样点位置 |
| 1.2 COI序列分析 |
| 1.3 数据分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 太湖新银鱼群体COI基因序列多态性 |
| 2.2 单倍型分析 |
| 2.3 种群遗传多样性分析 |
| 2.4 种群遗传距离和AMOVA分析 |
| 3 讨论 |
四、用PAPD方法分析太湖大银鱼、太湖新银鱼和寡齿新银鱼的亲缘关系（论文参考文献）
- [1]大银鱼生物学与渔业生态学研究进展[J]. 唐富江,高文燕,李慧琴,刘伟. 水产学报, 2020(12)
- [2]基于Cytb基因的江苏省大银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析[J]. 李大命,唐晟凯,刘燕山,谷先坤,刘小维,殷稼雯,张彤晴,潘建林. 上海海洋大学学报, 2021(03)
- [3]江苏省4个太湖新银鱼种群遗传多样性和遗传结构分析[J]. 李大命,唐晟凯,刘燕山,谷先坤,刘小维,殷稼雯,张彤晴,潘建林. 渔业科学进展, 2020(05)
- [4]短颌鲚、太湖新银鱼三峡库区与洞庭湖群体间遗传多样性比较[D]. 杨帆. 西南大学, 2019(01)
- [5]入侵地和原产地太湖新银鱼群体遗传结构[J]. 刘红艳,李存耀,熊飞. 水产学报, 2016(10)
- [6]2个地理种群大银鱼COⅠ基因序列变异与遗传分化[J]. 赵琳,张敏莹,徐东坡,周彦锋,方弟安,段金荣,刘凯. 大连海洋大学学报, 2016(03)
- [7]基于细胞色素b的中国9个大银鱼群体遗传多样性研究[D]. 薛丹. 暨南大学, 2015(12)
- [8]太湖新银鱼微卫星位点的分离与序列特征分析[J]. 李存耀,刘红艳,熊飞. 水生态学杂志, 2015(02)
- [9]五强溪水库太湖新银鱼繁殖特性及资源恢复技术研究[D]. 胡亚洲. 湖南农业大学, 2014(09)
- [10]基于COI基因序列的太湖新银鱼遗传多样性[J]. 张迪,雷光春,龚成,王忠锁. 湖泊科学, 2012(02)