单体型检测论文-林国跃,王彦斌,傅强,左晓静

单体型检测论文-林国跃,王彦斌,傅强,左晓静

导读:本文包含了单体型检测论文开题报告文献综述及选题提纲参考文献,主要关键词:杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR),基因,基因型,单体型

单体型检测论文文献综述

林国跃,王彦斌,傅强,左晓静[1](2014)在《新疆地区汉族人群KIR基因型和单体型检测分析》一文中研究指出目的探讨新疆地区汉族人群杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)基因型和单体型分布特点及与内地汉族之间的差别,为进一步开展KIR基因在遗传学方面以及与某些疾病发生的关系等研究奠定基础。方法选取新疆汉族志愿者184例,使用PCR-SSP方法进行KIR基因检测,采用Hsu等建立的标准进行基因型和单体型分析。结果 (1)共检测已知的16个KIR基因,其中3DL3、2DL4、3DP1、3DL2基因存在于所有个体,其基因检测频率为100%;2DL1、2DP1、2DL3基因较为常见,检测频率为99.46%、99.46%、98.91%;3DL1、2DS4检测频率分别为91.30%、89.13%;3DS1和2DS1检测频率分别为44.0%和45.7%;2DS2基因检测频率最低为21.74%。(2)共检出21种基因型,其中以AJ(2,2)最常见,检测频率为42.39%;其次为AH(5,2)、AE(2,8)和H(2,4)型,检测频率分别为17.39%、11.96%和8.15%;发现有6种基因型共11例按Hsu的方法无法判定基因型别,这6种基因型在中国其他地区人群有报道,其ID分别为75、64、68、11、7、6。比对发现,J(1,21)、B(3,6)、R(6,9)、AA(4,4)基因型共5例在国内文献汉族人群研究中未见报道,其中J(1,21)检测频率为1.09%,后3种检测频率均为0.54%。(3)共检出9种单体型,最常见单体型2占61.3%;其次是单体型5占12.7%;另有11例样本共6种基因型,根据Hsu的方法无法判定其单体型组成,提示可能存在新的单体型。结论新疆地区汉族人群KIR基因与内地汉族人群具有相同点,同时也具有自身的基因型、单体型分布特征。(本文来源于《解放军预防医学杂志》期刊2014年06期)

林国跃,王彦斌[2](2014)在《新疆地区汉族KIR基因型和单体型检测分析》一文中研究指出目的探讨新疆地区汉族人群杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)基因型和单体型分布特点及与内地汉族之间的差别。方法选取新疆汉族志愿者184例,使用PCR-SSP方法进行KIR基因检测,采用Hsu等建立的标准进行基因型和单体型分析。结果 1)共检测已知的16个KIR基因,其中3DL3、2DL4、3DP1、3DL2基因存在于所有个体,其基因频率为100%;2DL1、2DP1、2DL3基因较为常见,基因频率为99.46%、(本文来源于《中国输血协会第七届输血大会论文专辑(摘要篇)》期刊2014-11-13)

梁彬彬[3](2013)在《个体单体型检测问题的研究》一文中研究指出分析单个SNP可以探寻等位基因与表型关联的方法,与单个SNP相比,单体型数据更蕴含了丰富的信息,因此,对单体型数据进行分析更能为此提供有效的方法。对于携带着丰富遗传变异信息的单体型数据,若直接通过生物学实验的手段来测定,代价过于昂贵,因此,利用DNA片段数据组装出单体型的计算问题深受关注,已有多个计算模型,这些模型绝大多数为NP-难及APX-难的。本文针对个体单体型检测问题进行研究。针对个体单体型检测问题,介绍了其相关背景知识和研究意义,阐述了其研究现状和进展,总结了其相关计算模型和研究算法,并给出了其相应参数。对个体单体型检测问题中的最少错误更正模型的有关数学定义进行了深入研究,给出了其数学表现形式,并针对最少错误更正模型提出了求解该问题的有效的算法,通过大量的实验对算法进行性能分析。由于原始的DNA片段数据很难得到,目前对于个体单体型检测问题研究的各种算法的测试主要采用模拟的生物数据作为算法实验所用的数据来源。本文根据指定的DNA测序错误率、单体型的长度、单体型之间的差异率、片段数等参数来生成与真实生物数据具有相同统计特性的模拟片段数据。具体内容如下:针对最少错误更正模型,提出了一种重建单体型的启发式算法H-MEC。该算法按照单体型的SNP位点顺序依次进行构建,根据某SNP位点取值将覆盖该SNP位点的片段划分为两个集合,且利用包含片段数较多的集合中的片段进行重建。利用HapMap计划发布的CEPH样本中60个个体在1号染色体上的单体型进行实验。结果表明,H-MEC算法在各种参数设置下,能获得较Fast Hare和DGS算法更高重建率的单体型。此外,在单体型长度较长的情况下,H-MEC算法的执行效率仍然很好,有很好的实用性。针对最少错误更正模型,引入禁忌搜索算法,结合H-MEC算法提出了基于禁忌搜索算法的个体单体型重建算法TSH-MEC。该TSH-MEC算法将H-MEC算法获得的解作为其初始解,通过设计一种新颖的邻域函数,对解进行迭代优化。实验结果显示,TSH-MEC算法的迭代优化是有效的,能获得较H-MEC算法更高精度的单体型。此外,该算法在低覆盖率、高错误率的情况下,仍具有较H-MEC算法更好的重建性能。本文针对最少错误更正模型提出的H-MEC算法和TSH-MEC算法均能在降低检测过程中的成本的同时有效地提高个体单体型检测问题检测的工作效率。TSH-MEC算法是对H-MEC算法的更进一步的优化,具有更好的适应性。(本文来源于《广西师范大学》期刊2013-04-01)

姚雄武[4](2009)在《进化算法在单体型检测和多变量递归中的应用研究》一文中研究指出进化算法是模拟生物在自然环境中的遗传和进化过程而形成的一种自适应全局优化概率搜索算法。二十世纪六十年代以来被广泛应用于工业工程优化领域,并产生了深远的影响。单体型检测是生物信息学的一个重要分支,其中,单体型组装加权最小字符翻转(WMLF)问题指定个体联配的加权DNA片断数据、翻转权值和最小的SNP位点以推测出该个体的一对单体型。该问题是NP-难的,至今尚无实用的搜索寻优算法。NP-难问题一直是计算机理论研究的热点和难点。分支定界法是常分析求解NP-难问题的一种精确算法。而用分支定界法求解NP-难问题,所得待求解表达式在形式上则表现为回溯算法所衍生的一系列多变量递归。通过分析求解这些多变量递归式,我们可以得出算法的上界或下界,我们把此类问题称为多变量递归求解问题。传统的一些分析方法或者有缺陷,或者太复杂。本文主要的工作是针对上述的两个问题用进化算法来进行优化和求解。1.针对单体型组装的WMLF模型问题,本文提出了一种单目标的进化算法,该算法引入了权值矩阵并且设计了新的适应度函数。衡量算法好坏的评价指标有两个:重构率和运行时间。为了凸现进化算法的优越性又把解决单体型组装问题WMLF模型的经典算法-动态类聚算法来和进化算法作比较,可以从试验图表看出:无论是否存在空隙率,在两种算法运行时间相当的情况下,进化算法的重构率要明显高一些。结论是:用进化算法来处理单体型检测的WMLF模型问题比传统的方法要更加优越。2.针对多变量递归求解问题,相比于传统的分析方法提出了一种更为精确和简单的分析方法:首先引入适当的赋权函数,把多变量递归函数转化为单变量递归函数,然后提出有效的优化模型,把求解单变量递归函数问题进一步转化为一般的带约束条件的函数优化问题。传统的算法求得的解多为局部最优解,而本文采用的多目标进化算法采用多点并行搜索的搜索机制,每次迭代时借助交换和突变产生新个体,不断扩大搜索范围,因此很容易跳过局部最优解,而收敛于全局最优解。实验表明:在十次试验中,各个约束条件和目标函数的取值都是收敛的。从而证明了用进化算法解决此类问题的有效性。(本文来源于《湘潭大学》期刊2009-05-01)

王丽娟,梁秀龄,刘焯霖,沈福民,孟炜[5](1998)在《应用微卫星DNA单体型检测Wilson病症状前患者及杂合子》一文中研究指出目的建立快速、准确、有效的Wilson病(Wilsondisease,WD)患者早期诊断及杂合子检测的基因诊断技术。方法应用D13S301、D13S316、D13S296、AFM238vc3、AFM084xc5等5个微卫星DNA(shorttandemrepeat,STR),经聚合酶链反应(PCR),扩增片段长度多态性-聚丙烯酰胺凝胶电泳(AFLP-PAGE),对23个WD家系120名成员的DNA进行单体型分析。结果2例拟诊患者得到确诊。在31例WD同胞中,检出肯定症状前患者4例、杂合子8例、正常人17例、可疑患者2例。结论STR单体型可提供高信息量的遗传诊断信息,为WD基因诊断提供了重要的新途径(本文来源于《中华医学遗传学杂志》期刊1998年04期)

单体型检测论文开题报告

(1)论文研究背景及目的

此处内容要求:

首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。

写法范例:

目的探讨新疆地区汉族人群杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)基因型和单体型分布特点及与内地汉族之间的差别。方法选取新疆汉族志愿者184例,使用PCR-SSP方法进行KIR基因检测,采用Hsu等建立的标准进行基因型和单体型分析。结果 1)共检测已知的16个KIR基因,其中3DL3、2DL4、3DP1、3DL2基因存在于所有个体,其基因频率为100%;2DL1、2DP1、2DL3基因较为常见,基因频率为99.46%、

(2)本文研究方法

调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。

观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。

实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。

文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。

实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。

定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。

定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。

跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。

功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。

模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。

单体型检测论文参考文献

[1].林国跃,王彦斌,傅强,左晓静.新疆地区汉族人群KIR基因型和单体型检测分析[J].解放军预防医学杂志.2014

[2].林国跃,王彦斌.新疆地区汉族KIR基因型和单体型检测分析[C].中国输血协会第七届输血大会论文专辑(摘要篇).2014

[3].梁彬彬.个体单体型检测问题的研究[D].广西师范大学.2013

[4].姚雄武.进化算法在单体型检测和多变量递归中的应用研究[D].湘潭大学.2009

[5].王丽娟,梁秀龄,刘焯霖,沈福民,孟炜.应用微卫星DNA单体型检测Wilson病症状前患者及杂合子[J].中华医学遗传学杂志.1998

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